Quando King K. Rool e i suoi compari hanno incastrato Donkey Kong per aver fatto del male con i suoi amici, funziona anche meglio di quanto si aspettassero Cranky bandisce Donkey Kong sulle Montagne Bianche e Diddy lo sostituisce per diventare il futuro sovrano.
Knuckles salva un uomo di nome Hawk da antiche rovine. Scoprendo in seguito che Hawk aveva scoperto uno smeraldo del caos, Knuckles lo cerca ancora una volta a Oriental City. Lì si confronta con alcuni teppisti locali Li Yan e i Bruiser Boys.
Donkey Kong, Diddy e Funky trovano una mappa e presto tutti vogliono ottenere il tesoro implicito. Tutti vanno a caccia di tesori e combattono per ottenerlo.
Sonic e i suoi amici sono in crociera quando il Forte delle Uova appare all'interno di un ghiacciaio. Mentre Sonic affronta i suoi nemici, riceve aiuto da Knuckles.
Dopo l'esame di Cranky, Bluster crede che morirà presto, quindi cerca di comportarsi bene per essere ricordato bene.
Il Presidente chiede la ricerca del Dr. Eggman dopo che Sonic ha distrutto il Forte delle Uova. Nel frattempo, Sonic e i suoi amici si stanno prendendo una meritata vacanza dove scoprono che un altro Chaos Emerald è nelle vicinanze.
Kaptain Skurvy e la sua ciurma invadono l'isola di Kongo Bongo e tengono Donkey Kong e Diddy nella loro nave e cercano di rubare la Crystal Coconut.
Risorgendo dalle macerie della sua ex base, il Dr. Eggman rivela la sua nuova corazzata, l'Egg Fort, e attacca Station Square. Sonic affronta ancora una volta la sua nemesi su X-Tornado.
Cranky crea una pozione di giovinezza, in modo da potersi prendere cura del Cocco di Cristallo da solo. Donkey Kong lo beve accidentalmente, facendolo diventare un cucciolo di scimmia.
Sonic decide di portare la sua nuova amica Helen a raccogliere fiori invece di partecipare alla festa del presidente a cui è stato invitato. L'aiutante del Presidente risponde inviando un'unità militare per catturare Sonic!
King K. Rool scopre che qualcuno può indebolirsi tagliandosi i capelli e crea il robot Candy Clone per tagliare i capelli di Donkey Kong e rimuovere la sua forza.