Jeannie è gelosa di una bella dottoressa che potrebbe partire per la luna con Tony. La sorella, Jeannie II, promette di occuparsene e prende il posto della dottoressa. Avrà però dei problemi nell'addestramento.
La sorella malvagia di Jeannie le dà due bottiglie di pozione magica: una per l'amore e una per l'odio, ma le scambia prima che Jeannie ne spruzzi un po' su Tony. Ora Jeannie lo odia e cerca di arrostirlo in forno e decapitarlo con la ghigliottina.
Tony fa una scommessa con Roger che Jeannie non s'innamorerà mai di un altro e si traveste da bell'ufficiiale inglese. Ad ogni modo, le cose si complicano quando Jeannie si innamora dell'ufficiale e Tony si ingelosisce.
Jeannie è determinata ad essere una brava casalinga, allora chiede ad Haji di toglierle i poteri. Per una settimana rimane senza poteri e va tutto storto, a danno di Tony. La signora Bellows crede che Jeannie debba divorziare.
Tony eredita una vecchia casa di campagna inglese e allora va in Inghilterra con Jeannie e Roger per visitarla. Dopo qualche terribile incidente, giungono alla conclusione che la casa è infestata.
Agli ordini del Commandante Porter, Roger e Tony vengono mandati all'Isola del Teschio per una missione di sopravvivenza di cinque giorni. Potranno nutrirsi solo di quello che trovano sull'isola. Nel tentativo di aiutrali, Jeannie crea un villaggio arabo dove i due potranno rifornirsi.
Dato che Jeannie è dentro la cassaforte da quattro settimane, apparterrà a chiunque la liberi. Allora Tony deve impedire al dottor Wedemeyer, esperto dii demolizioni, di aprire la cassaforte. Cono la scusa di un terremoto, Tony si porta la cassaforte a casa.
La sorella malvagia di Jeannie si offre di liberare Jeannie dalla cassaforte in cambio di Tony. Quando però Jeannie rifiuta, Jeannie II manda tony a Baghdad dove cerca di trovare Habib, capo dei geni che sarà in grado di aiutarli.
Tony crede che Jeannie sia stata spedita sulla luna dentro a una cassaforte mentre poi invece la trova in magazzino. Per tirarla fuori, assolda due ladri, la cassaforte però finisce diretta ad una pressa.
Tony chiude per sbaglio Jeannie nella cassaforte destinata alla luna. Disperato, prova di tutto per liberarla, la cassaforte però esplode se qualcuno la manomette. Mentre parte il razzo con la cassaforte dentro, Tony sviene distrutto dal dolore.
Jeannie fa apparire il Re Kamehameha, che decide di riprendersi le Hawaii.
Tony dice a Jeannie di essere al Polo Nord ma lei lo trova in spiaggia a Waikiki.
La sorella di Jeannie arriva in città le due non si vedono da oltre 200 anni. Affascinata da Tony, la sorella imprigiona Jeannie nella bottiglia e inizia a progettare di portarglielo vvia.
La NASA sta addestrando uno scimpanzè per il primo volo sulla luna. Allora per scherzo Jeannie lo trasforma in un umano. Felice di non trovarsi più in gabbia, lo scimpanzè scappa e, tentando di ritrasformarlo in animale, Jeannie per sbagliio trasforma Tony in uno scimpanzè.
Roger organizza una festa per i suoi vecchi compagni di scuola. Il Capitano Yardley (la guest star Dabney Coleman) però gli ricorda che quella sera hanno un'importante riunione alla NASA. Tony e Roger allora si inventano una scusa per poter andare alla festa.
I Bellows si autoinvitano a cena e Tony cerca di liberarsi di Jeannie in modo da avere una cena leggermente più 'normale'. Furiosa, lei prepara una torta che avrà strani effetti su tutti gli ospiti.
Leggendo un libro, Tony scopre che se i geni sposano i mortali perdono i poteri. Allora, si propone immediatamente a Jeannie. Lei, ovviamente, accetta. Haji però non è d'accordo e gli mostra come sarà il loro futuro.
Tony desidera di poter parlare con Napoleone solo per un'ora, allora Jeannie lo rimanda indietro nel tempo. Napoleone però pensa che Tony sia una spia e progetta di ucciderlo. Tony deve tentare di convincerlo di non essere una spia.
Jeannie, vuole disperatamente sposare Tony e si affida ad un antico, potente e pericoloso incantesimo. Haji, il padrone di tutti i geni, le scombina i piani in quanto Jeannie ha disobbetito all'ordine di non fare incantesimi d'amore sui padroni.
La sorella cattiva di Jeannie la convince di essere nata sotto il segno della jella e che questo è un brutto segno per Tony. Cercando di renderlo felice sistemandolo con una bella ragazza, Jeannie lotta con la sorella che fa adar tuttto male.