Jeannie sbatte la testa al Centro Spaziale e perde la memoria. All'ospedale Tony e Roger la convincono che possiede poteri e per sbaglio trasforma il dottor Bellows in un topo.
Tony deve apparire in un documentario sulla giornata tipica di un astronauta ma vuole partecipare anche Roger. Quando iniziano le riprese, Roger rovina tutte le scene, una volta visto il filmato completo però il regista dice a Roger che è un comico nato.
La prima vacanza di Tony dopo anni viene rimandata perché deve aiutare la signora Bellows a trovare un gruppo che suoni ad un bazaar di beneficienza. Jeannie l'aiuta creando lei stessa la band con il legendario Phil Spector.
Il preparatore atletico, il Commandante “Killer” Kriski prende di mira le debolezze di Tony e Roger e per poco non li sfinisce con il suo durissimo addestramento di sopravvivenza. Arriva in aiuto Jeanniie che farà uscire il lato morbido di Kiski.
Agli ordini del Commandante Porter, Roger e Tony vengono mandati all'Isola del Teschio per una missione di sopravvivenza di cinque giorni. Potranno nutrirsi solo di quello che trovano sull'isola. Nel tentativo di aiutrali, Jeannie crea un villaggio arabo dove i due potranno rifornirsi.
Dato che Jeannie è dentro la cassaforte da quattro settimane, apparterrà a chiunque la liberi. Allora Tony deve impedire al dottor Wedemeyer, esperto dii demolizioni, di aprire la cassaforte. Cono la scusa di un terremoto, Tony si porta la cassaforte a casa.
La sorella malvagia di Jeannie si offre di liberare Jeannie dalla cassaforte in cambio di Tony. Quando però Jeannie rifiuta, Jeannie II manda tony a Baghdad dove cerca di trovare Habib, capo dei geni che sarà in grado di aiutarli.
Tony crede che Jeannie sia stata spedita sulla luna dentro a una cassaforte mentre poi invece la trova in magazzino. Per tirarla fuori, assolda due ladri, la cassaforte però finisce diretta ad una pressa.
Tony chiude per sbaglio Jeannie nella cassaforte destinata alla luna. Disperato, prova di tutto per liberarla, la cassaforte però esplode se qualcuno la manomette. Mentre parte il razzo con la cassaforte dentro, Tony sviene distrutto dal dolore.
Jeannie fa apparire il Re Kamehameha, che decide di riprendersi le Hawaii.
Tony dice a Jeannie di essere al Polo Nord ma lei lo trova in spiaggia a Waikiki.
Il Presidente degli Stati Uniti va a casa di Tony per congratularsi con lui per l'ultimo successo spaziale la stessa notte che Jeannie addestra un nuovo genio maldestro chiamato Harold (la guest star Bob Denver).
Ad una conferenza stampa alle Hawaii con Tony, Jeannie viene ingannata da Charles, un legendario truffatore (la guest star Milton Berle), che le fa credere che i diamanti vengono portati su una spiaggia dalle onde. Presto comunque Jeannie si gusterà la sua vendetta.
La sorella di Jeannie arriva in città le due non si vedono da oltre 200 anni. Affascinata da Tony, la sorella imprigiona Jeannie nella bottiglia e inizia a progettare di portarglielo vvia.
La NASA sta addestrando uno scimpanzè per il primo volo sulla luna. Allora per scherzo Jeannie lo trasforma in un umano. Felice di non trovarsi più in gabbia, lo scimpanzè scappa e, tentando di ritrasformarlo in animale, Jeannie per sbagliio trasforma Tony in uno scimpanzè.
Roger organizza una festa per i suoi vecchi compagni di scuola. Il Capitano Yardley (la guest star Dabney Coleman) però gli ricorda che quella sera hanno un'importante riunione alla NASA. Tony e Roger allora si inventano una scusa per poter andare alla festa.
I Bellows si autoinvitano a cena e Tony cerca di liberarsi di Jeannie in modo da avere una cena leggermente più 'normale'. Furiosa, lei prepara una torta che avrà strani effetti su tutti gli ospiti.
Leggendo un libro, Tony scopre che se i geni sposano i mortali perdono i poteri. Allora, si propone immediatamente a Jeannie. Lei, ovviamente, accetta. Haji però non è d'accordo e gli mostra come sarà il loro futuro.
Tony desidera di poter parlare con Napoleone solo per un'ora, allora Jeannie lo rimanda indietro nel tempo. Napoleone però pensa che Tony sia una spia e progetta di ucciderlo. Tony deve tentare di convincerlo di non essere una spia.
Jeannie, vuole disperatamente sposare Tony e si affida ad un antico, potente e pericoloso incantesimo. Haji, il padrone di tutti i geni, le scombina i piani in quanto Jeannie ha disobbetito all'ordine di non fare incantesimi d'amore sui padroni.