Joey et Bandit Ken s'affrontent en duel sous le regard amusé de Pégassus. Cependant, Bandit Ken est prêt à tout pour gagner, y compris l'usage de moyens malhonnêtes…
Yugi et ses amis sont chez Pegasus pour participer au tournoi qu'il a organisé . Yugi ayant battu Mai Valentine , c'est autour de Joey d'affronter Bandit Ken. Mais pourra-t-il participer au tournoi ?
Le duel opposant Maï à Yugi continue, et ce dernier est toujours en bien mauvaise posture. Osera-t-il écouter la voix en lui qui insiste pour qu'il ait enfin le courage d'utiliser les formidables pouvoirs que détient le puzzle du Millenium, quitte à en perdre le contrôle ?
La phase finale du tournoi de Duels de Monstres débute enfin ! Le premier duel oppose Yugi à Maï. Cette dernière est restée éveillée tout au long de la nuit afin de mettre au point une tactique qu'elle juge parfaite. Va-t-elle se révéler payante face au talentueux Yugi ?
Le tirage au sort de la phase finale va avoir lieu. Tristan, lui est convaincu que Pégasus a triché contre Kaïba et, accompagné de Bakura et de Téa, va tenter de trouver des preuves de ce qu'il avance. Le grand-père de Yugi prévient ce dernier de se méfier de Pégasus dont les pouvoirs magiques pourraient détruire la terre. Nos amis en sauront bien plus sur le Royaume des Ombres
Kaiba s'oppose en duel à Pégasus qui détient l'âme de son petit frère. Cependant Pégasus fait usage de son Œil du Millénium ainsi que d'une carte unique au pouvoir extraordinaire qui le rend invincible…
Comment Joey réussira-t-il à se sortir des griffes des monstres de Rex Raptor sans l'aide de Yugi ? Il lui faudra se servir de toute son intelligence. Pourquoi Mai va-t-elle partager sa réserve de provisions avec Yugi et ses amis ? Est-ce encore un de ses coups fourrés ? Après un excellent repas préparé par Joey, nos amis rencontreront une vieille connaissance qui prétend pouvoir les surprendre. Et quelle ne sera pas leur surprise ? !
Rex insiste auprès de Mai pour qu'elle accepte un duel. Cette dernière le lui accordera que s'il bat d'abord Joey. Mai espère ainsi assouvir sa vengeance!
Pegasus invente le fantôme de Seto Kaiba pour défier Yu Gi en duel. Le stratagème sera vite découvert mais Yugi ne sera pas au bout de ses peines...
Pegasus a capturé Makuba le petit frère de Seto Kaiba afin de s'approprier la société de ce dernier. Dans l'espoir de retrouver Kaiba et de libérer Makuba, Yugi accepte le duel contre un fantôme.
Yugi devra affronter un mystérieux duelliste dissimulant son visage derrière un foulard. Ce dernier révèlera les nombreuses raisons qui motivent Maximillion Pegasus. Yugi en aura le souffle coupé, mais pas autant que lorsqu'il sera dans l'arène, face à un spectre.
Yugi et ses amis sont invités à dîner par Moko Tsunami, le duelliste de la mer. Ce dernier ne leur avait pas dit que le prix à payer était un duel. Yugi doit, pour la première fois, faire face a des monstres marins. La partie s'annonce difficile car ils peuvent se cacher sous l'eau lorsqu'ils ne veulent pas être vus.
Joey décide de relever le défi lancé par May et de s'incrire à son premier tournoi de duel des monstres.
Le duel que se livrent Yugi et Malherbe continue. Ce dernier semble mal en point mais il a plus d'un tour déloyal dans son sac.
Les participants au tournoi ont débarqué sur l'île du Royaume des Duellistes. Le premier duel oppose Yugi à Malherbe Sournois, toujours aussi menteur et tricheur.
Yugi et ses amis embarquent sur le bateau qui les mènera sur l'île du Royaume des duellistes. Ce voyage ne va pas se révéler sans surprises pour Yugi.
Yugi et ses amis se détendent en regardant le duel opposant Rex Raptor à Malherbe Sournois dans le championnat régional. En même temps, Yugi reçoit un paquet provenant de la société "Illusions Industrielles" qui produit le jeu Duel des Monstres. Ce paquet contient, entre autre, une cassette video du mystérieux Maximillion Pegasus, créateur du Duel des Monstres et patron de la société Illusions Industrielles. Ce dernier va forcer Yugi à l'affronter en duel dans une dimension inconnue où la magie et les monstres deviennent réels.
Yugi et ses amis sont ébahis en voyant la collection de cartes du grand-père de Yugi. Comme celui-ci possède le très rare "Dragon blanc aux yeux bleus" il se fait kidnapper par Kaiba, le champion incontesté et implacable du Duel des Monstres. Yugi va devoir affronter Kaiba en duel pour sauver l'honneur de son grand-père.
Téa emmène Sérénity visiter la ville de Domino, où a eu lieu le grand Tournoi de Batailleville.
La Tour de Duel de l'Ile de la Kaïbacorp est sur le point d'exploser. Mais le problème, c'est que les moteurs du dirigeable ne fonctionnent toujours pas. De plus, Kaïba et Makuba demeurent introuvables.