Kaiba s'oppose en duel à Pégasus qui détient l'âme de son petit frère. Cependant Pégasus fait usage de son Œil du Millénium ainsi que d'une carte unique au pouvoir extraordinaire qui le rend invincible…
Afin de sauver son petit frère Makuba, Kaiba doit affronter Pégasus en duel .Ce pendant, Pégasus possède une arme redoutable : son œil du Millénium qui lui confère le pouvoir de lire dans le jeu de son adversaire. La partie s'engage très mal pour Kaiba.
Après avoir perdu ses étoiles contre Kaiba, Yugi semble tétanisé : il ne parle plus et ne réagit plus. De plus, il s'est juré de ne plus jamais livrer de duels. Quant à Tea, elle va affronter la redoutable Mai afin de remporter des étoiles qu'elle aimerait offrir à Yugi.
Afin de pouvoir affronter Pégasus qui s'est emparé de l'âme de son petit frère, Kaiba doit d'abord vaincre Yugi. Cependant, ce dernier doit battre kaiba s'il veut pouvoir sauver son grand-père. Yugi et Kaiba se retrouvent au cœur d'un ultime affrontement.
Kaiba evoca Drago Definitivo Occhi Blu, il mostro più potente del gioco creato dalla fusione di tre Draghi Bianchi Occhi Blu! Yugi ha perso tutti i suoi Duel Monsters più forti, ma un vero duellante non si arrende mai!
Yugi devra affronter un mystérieux duelliste dissimulant son visage derrière un foulard. Ce dernier révèlera les nombreuses raisons qui motivent Maximillion Pegasus. Yugi en aura le souffle coupé, mais pas autant que lorsqu'il sera dans l'arène, face à un spectre.
Yugi et ses amis sont invités à dîner par Moko Tsunami, le duelliste de la mer. Ce dernier ne leur avait pas dit que le prix à payer était un duel. Yugi doit, pour la première fois, faire face a des monstres marins. La partie s'annonce difficile car ils peuvent se cacher sous l'eau lorsqu'ils ne veulent pas être vus.
Joey décide de relever le défi lancé par May et de s'incrire à son premier tournoi de duel des monstres.
Le duel que se livrent Yugi et Malherbe continue. Ce dernier semble mal en point mais il a plus d'un tour déloyal dans son sac.
Les participants au tournoi ont débarqué sur l'île du Royaume des Duellistes. Le premier duel oppose Yugi à Malherbe Sournois, toujours aussi menteur et tricheur.
Yugi et ses amis embarquent sur le bateau qui les mènera sur l'île du Royaume des duellistes. Ce voyage ne va pas se révéler sans surprises pour Yugi.
Yugi et ses amis se détendent en regardant le duel opposant Rex Raptor à Malherbe Sournois dans le championnat régional. En même temps, Yugi reçoit un paquet provenant de la société "Illusions Industrielles" qui produit le jeu Duel des Monstres. Ce paquet contient, entre autre, une cassette video du mystérieux Maximillion Pegasus, créateur du Duel des Monstres et patron de la société Illusions Industrielles. Ce dernier va forcer Yugi à l'affronter en duel dans une dimension inconnue où la magie et les monstres deviennent réels.
Yugi et ses amis sont ébahis en voyant la collection de cartes du grand-père de Yugi. Comme celui-ci possède le très rare "Dragon blanc aux yeux bleus" il se fait kidnapper par Kaiba, le champion incontesté et implacable du Duel des Monstres. Yugi va devoir affronter Kaiba en duel pour sauver l'honneur de son grand-père.
Téa emmène Sérénity visiter la ville de Domino, où a eu lieu le grand Tournoi de Batailleville.
La Tour de Duel de l'Ile de la Kaïbacorp est sur le point d'exploser. Mais le problème, c'est que les moteurs du dirigeable ne fonctionnent toujours pas. De plus, Kaïba et Makuba demeurent introuvables.
Odion s'est finalement réveillé. Il va tout faire pour tenter de sauver son Maître Marek de l'emprise des forces maléfiques.
Marek parviendra-t-il à faire revenir son Dragon Ailé de Râ ? Serait-il possible qu'il remporte la victoire ?
Le duel entre Marek et Yugi continue…
Le duel entre Marek et Yugi continue…… Face au Dragon Ailé de Râ, Yugi réussira-t-il à se dépasser ?
La grande finale opposant Yugi à Marek va enfin commencer. Mais Yugi sera-t-il à la hauteur ?