Yugi affronte Jack Hunter afin de récupérer le Dragon noir aux yeux rouges de Joey. Mais le pilleur de l'ombre a l'intention de faire appel à Exodia. La partie s'annonce très serrée.
C'est Yugi qui inaugure le tournoi de Bataille ville, en affrontant un des pilleurs de l'ombre, Jack Hunter.
La petite sœur de Joey, Sérénity, va subir une opération des yeux. Joey doit donc se rendre à l'hôpital afin de la soutenir dans cette épreuve. Mais en chemin , il rencontre des pilleurs de l'ombre qui semblent bien décidés à ne pas le laisser passer.
Alors qu'il visite une exposition consacré à l'Egypte ancienne, Yugi et Téa rencontrent la mystérieuse Shizu. Pendant ce temps, Kaiba teste son nouveau système de disque de duel.
Yami est à la recherche de ses origines. Il va alors demander de l'aide à Téa, afin d'en savoir d'avantage sur son lointain passé.
Le musée Domino s'apprête à recevoir l'exposition sur les Egyptiens de l'antiquité, présentée par Shizu Ishtar. Cette dernière va convoquer Kaiba afin de lui délivrer un important message.
Yugi doit affronter un mystérieux adversaire qui s'est emparé de l'esprit de Bandit Ken, pour récupérer son puzzle du millénium.
Qui a pris l'apparence de Bandit Ken ? Yugi l'ignore. Pourtant, cet étrange personnage lui a volé son puzzle du millénium.
Face à Duke Devlin, Yugi est en bien mauvaise posture. Mais il n'a pas dit son dernier mot.
Le match opposant Yugi à Duke Devlin continue, et le suspense est toujours haletant. Yugi peut-il remporter une partie de « Duel des monstres des dés» face au créateur de ce jeu en personne ?
Le duel entre Yugi et Joey tourne à l'avantage de ce dernier. Yugi saura-t-il renverser la vapeur ? Nos deux duellistes vont faire appel à la magie pour tenter de l'emporter et nous réservent bien des surprises.
Yugi et Joey sont d'excellents amis et pourtant, ils doivent s'affronter lors de la finale du tournoi du royaume des duellistes. Pegasus, lui, savoure le spectacle de deux amis qui se livrent à une lutte acharnée... mais il est bien le seul !
Joey et Bandit Ken s'affrontent en duel sous le regard amusé de Pégassus. Cependant, Bandit Ken est prêt à tout pour gagner, y compris l'usage de moyens malhonnêtes…
Yugi et ses amis sont chez Pegasus pour participer au tournoi qu'il a organisé . Yugi ayant battu Mai Valentine , c'est autour de Joey d'affronter Bandit Ken. Mais pourra-t-il participer au tournoi ?
Le duel opposant Maï à Yugi continue, et ce dernier est toujours en bien mauvaise posture. Osera-t-il écouter la voix en lui qui insiste pour qu'il ait enfin le courage d'utiliser les formidables pouvoirs que détient le puzzle du Millenium, quitte à en perdre le contrôle ?
La phase finale du tournoi de Duels de Monstres débute enfin ! Le premier duel oppose Yugi à Maï. Cette dernière est restée éveillée tout au long de la nuit afin de mettre au point une tactique qu'elle juge parfaite. Va-t-elle se révéler payante face au talentueux Yugi ?
Le tirage au sort de la phase finale va avoir lieu. Tristan, lui est convaincu que Pégasus a triché contre Kaïba et, accompagné de Bakura et de Téa, va tenter de trouver des preuves de ce qu'il avance. Le grand-père de Yugi prévient ce dernier de se méfier de Pégasus dont les pouvoirs magiques pourraient détruire la terre. Nos amis en sauront bien plus sur le Royaume des Ombres
Kaiba s'oppose en duel à Pégasus qui détient l'âme de son petit frère. Cependant Pégasus fait usage de son Œil du Millénium ainsi que d'une carte unique au pouvoir extraordinaire qui le rend invincible…
Afin de sauver son petit frère Makuba, Kaiba doit affronter Pégasus en duel .Ce pendant, Pégasus possède une arme redoutable : son œil du Millénium qui lui confère le pouvoir de lire dans le jeu de son adversaire. La partie s'engage très mal pour Kaiba.
Après avoir perdu ses étoiles contre Kaiba, Yugi semble tétanisé : il ne parle plus et ne réagit plus. De plus, il s'est juré de ne plus jamais livrer de duels. Quant à Tea, elle va affronter la redoutable Mai afin de remporter des étoiles qu'elle aimerait offrir à Yugi.