Con sus engaños, el Consejo de Administración de KaibaCorp atrapa a Kaiba dentro de un juego de realidad virtual. Mokuba recluta a Yugi y Joey para liberar a Kaiba de este juego definitivo en el que perder equivale a morir.
Rebecca cree por equivocación que el abuelo le robó el Dragón Blanco de Ojos Azules. Yugi debe defender al Dragón Blanco de Ojos Azules para enseñarle que lo que cuenta no es el poder de las cartas, sino el corazón que hay en ellas.
Yugi y sus amigos regresan del Reino de los Duelistas y se encuentran con una joven llamada Rebecca que exige que el abuelo le devuelva el Dragón Blanco de Ojos Azules. Ha venido a recuperar la carta que el abuelo le robó hace muchos años.
La Saga de Pegaso llega a su fin, ¡pero un nuevo viaje está a punto de comenzar! Yugi se encuentra con un misterioso egipcio llamado Shadi que entra en la mente de Yugi con la Llave del Milenio.
Pegasus invoca a Perdido, un temible monstruo que consume los Monstruos de Duelo de Yugi. Yugi contraataca con... ¿Kuriboh? ¿La criatura más pequeña y débil del juego? ¿Se ha rendido Yugi o se trata de una última estrategia para obtener la victoria?
Yugi se desploma agotado bajo el poder paralizante del Juego de Sombras. Sus amigos le gritan desesperados ánimos, pero sus voces no penetran en la esfera de oscuridad. La oportunidad de victoria de Yugi se está esfumando, al igual que su vida.
Yugi ha averiguado cómo contrarrestar la capacidad de leer la mente de Pegasus: Yugi se mueve entre sus dos almas y es capaz de destruir el Mundo Dibujos Animados de Pegasus, pero aún no ha empezado el mortal Juego de las Sombras.
Pegasus usa la baraja de Dibujos Animados y la capacidad de leer la mente que usó con Kaiba y pone a los monstruos de Yugi en su contra. Yugi pierde la voluntad de luchar. ¿Encerrará Pegaso el alma de Yugi en una carta como hizo con Kaiba?
Yugi se prepara para la batalla definitiva contra Pegaso, las almas del abuelo, Kaiba y Mokuba están en juego. Tristán y Bakura se cuelan en el castillo para encontrar a los hermanos Kaiba. ¿Se volverá a convertir Bakura en su yo malvado?
Yugi se horroriza cuando Joey utiliza la carta del Mago del Tiempo contra él, ¡la misma carta que él le dio a Joey en señal de amistad!
Orgulloso de su fuerza como duelista en el juego, Joey desafía a Yugi para tener derecho a enfrentarse a Pegasus.
La baraja Máquina de Bandido Keith obliga a Joey a ponerse a la defensiva. Joey copia la estrategia de Keith para metalizar su Dragón B. de Ojos Rojos. ¿Está asegurada la victoria, o el tramposo Bandido Keith tiene una última carta en la manga?
Joey busca frenéticamente la carta que le permite entrar en la batalla final, sin darse cuenta de que Bandido Keith se la ha robado. Mientras intenta aceptar el hecho de que Serenity estará ciega para siempre, recibe la ayuda de un nuevo amigo.
Atrapados en la cueva del laberinto, Yugi y sus amigos encuentran una salida alternativa, pero la puerta está custodiada por los Hermanos Paradox de Pegasus.
El último recurso de Joey, su carta de suerte del Mago del Tiempo, fracasa contra los monstruos zombis de Bandit Keith. Su racha de suerte llega a su fin, ¿podrán sus mejores habilidades como duelista y el amor por su hermana impulsarlo a la victoria?
La banda del duelista americano número 1, Bandido Keith, secuestra a Joey y lo lleva a una cueva con un campo de juego en forma de cementerio. Joey se enfrenta a los monstruos zombis de Bandit Keith, que se hacen más fuertes al volver de la tumba.
¡Kaiba baja al reino para enfrentarse a Pegasus! ¿Ha cambiado Kaiba desde su batalla con Yugi o sigue siendo un duelista despiadado? Una batalla entre el Dragón Blanco de Ojos Azules de Kaiba y el Dragón B de Ojos Rojos de Joey tiene las respuestas.
A pesar de su asombrosa desventaja, Yugi provoca audazmente a PaniK: "Acabaré contigo en tres turnos". ¿Es un farol de Yugi o tiene ventaja en esta batalla de ingenio?
PaniK le quita a Mai todas sus Fichas Estelares, y Yugi jura derrotarlo y recuperarlas. Pero con el Castillo de las Ilusiones Oscuras de PaniK rodeado de una niebla negra, ¿cómo podrá Yugi derrotar a un enemigo que no puede ver?
Bakura, el compañero de clase de Yugi, poseído por los poderes oscuros de su Anillo del Milenio, atrapa a Yugi y a sus amigos en un Juego de Sombras en el que ellos se convierten en las cartas.