Yugi se enfrenta a otro de los nefastos Cazadores de Rarezas de Marik: ¡el silencioso pero mortal Cuerdas! Cuerdas bloquea todos los ataques de Yugi con Gelatina Reanimada, un limo resbaladizo que resucita cada vez que lo destruyen.
Joey aplasta al Gran Moth Definitivo Perfecto, pero Larva suelta a la feroz Reina de los Insectos, la joya de la corona de los insectos que aumenta su fuerza con cada oruga que canibaliza. ¿Conseguirá la reina devoradora de Larva someter a Joey?
El tramposo Larva Subterráneo teje una red de mentiras para atraer a Joey a un duelo desigual. Larva Subterránea infecta en secreto el mazo de Joey con un parásito que le impide invocar monstruos fuertes.
Para contrarrestar al Mago Oscuro de Arkana, Yugi saca un conejo de su chistera: ¡La Maga Oscura! ¡Es la batalla de los sexos para determinar quién es el verdadero maestro de los magos!
¡Es Mago Oscuro contra Mago Oscuro! Sin embargo, mientras Yugi solo controla un Mago Oscuro, Arkana tiene tres en su mazo. Aunque le superan en número, Yugi nunca se rendirá, ¡mientras crea en el corazón de las cartas!
Un nuevo estudiante, Duke Devlin, derrota a Joey en una partida de Duelo de Monstruos, obligando a Joey a convertirse en su sirviente. Duke obliga a Joey a ponerse un disfraz de perro y lo humilla en público, obligando a Yugi a retar a Duke a un duelo.
Yugi y sus amigos rescatan a Kaiba, ¡pero siguen atrapados en el juego! La única salida es superar al Dragón de Cinco Cabezas, pero en el difícil duelo, ¡Joey, Mokuba y Mai pierden todos sus puntos de vida!
La búsqueda de Kaiba continúa con un poco de ayuda de... ¿Mai? Pero, ¿podrán Yugi y sus amigos adaptarse a un mundo virtual en el que las reglas y las estrategias cambian a cada paso?
Con sus engaños, el Consejo de Administración de KaibaCorp atrapa a Kaiba dentro de un juego de realidad virtual. Mokuba recluta a Yugi y Joey para liberar a Kaiba de este juego definitivo en el que perder equivale a morir.
Rebecca cree por equivocación que el abuelo le robó el Dragón Blanco de Ojos Azules. Yugi debe defender al Dragón Blanco de Ojos Azules para enseñarle que lo que cuenta no es el poder de las cartas, sino el corazón que hay en ellas.
Yugi y sus amigos regresan del Reino de los Duelistas y se encuentran con una joven llamada Rebecca que exige que el abuelo le devuelva el Dragón Blanco de Ojos Azules. Ha venido a recuperar la carta que el abuelo le robó hace muchos años.
La Saga de Pegaso llega a su fin, ¡pero un nuevo viaje está a punto de comenzar! Yugi se encuentra con un misterioso egipcio llamado Shadi que entra en la mente de Yugi con la Llave del Milenio.
Pegasus invoca a Perdido, un temible monstruo que consume los Monstruos de Duelo de Yugi. Yugi contraataca con... ¿Kuriboh? ¿La criatura más pequeña y débil del juego? ¿Se ha rendido Yugi o se trata de una última estrategia para obtener la victoria?
Yugi se desploma agotado bajo el poder paralizante del Juego de Sombras. Sus amigos le gritan desesperados ánimos, pero sus voces no penetran en la esfera de oscuridad. La oportunidad de victoria de Yugi se está esfumando, al igual que su vida.
Yugi ha averiguado cómo contrarrestar la capacidad de leer la mente de Pegasus: Yugi se mueve entre sus dos almas y es capaz de destruir el Mundo Dibujos Animados de Pegasus, pero aún no ha empezado el mortal Juego de las Sombras.
Pegasus usa la baraja de Dibujos Animados y la capacidad de leer la mente que usó con Kaiba y pone a los monstruos de Yugi en su contra. Yugi pierde la voluntad de luchar. ¿Encerrará Pegaso el alma de Yugi en una carta como hizo con Kaiba?
Yugi se prepara para la batalla definitiva contra Pegaso, las almas del abuelo, Kaiba y Mokuba están en juego. Tristán y Bakura se cuelan en el castillo para encontrar a los hermanos Kaiba. ¿Se volverá a convertir Bakura en su yo malvado?
Yugi se horroriza cuando Joey utiliza la carta del Mago del Tiempo contra él, ¡la misma carta que él le dio a Joey en señal de amistad!
Orgulloso de su fuerza como duelista en el juego, Joey desafía a Yugi para tener derecho a enfrentarse a Pegasus.
La baraja Máquina de Bandido Keith obliga a Joey a ponerse a la defensiva. Joey copia la estrategia de Keith para metalizar su Dragón B. de Ojos Rojos. ¿Está asegurada la victoria, o el tramposo Bandido Keith tiene una última carta en la manga?