El Presidente exige la búsqueda del Dr. Eggman después de que Sonic destruye el Fuerte de Huevos. Mientras tanto, Sonic y sus amigos se están tomando unas merecidas vacaciones en las que descubren que otra Chaos Emerald está cerca.
Kaptain Skurvy y su tripulación invaden la isla Kongo Bongo y mantienen a Donkey Kong y Diddy en su barco e intentan robar el coco de cristal.
Levantándose de los escombros de su antigua base, el Dr. Eggman revela su nuevo acorazado, el Fuerte de los Huevos, y ataca la Plaza de la Estación. Sonic se enfrenta a su némesis una vez más en X-Tornado.
Cranky crea una poción juvenil, para que él mismo pueda cuidar del Coco de Cristal. Donkey Kong lo bebe accidentalmente, lo que lo convierte en un bebé simio.
Sonic decide llevar a su nueva amiga Helen a recoger flores en lugar de asistir a la fiesta del presidente a la que fue invitado. ¡El ayudante del presidente responde enviando una unidad militar para capturar a Sonic!
El Rey K. Rool descubre que alguien puede debilitarse cortándose el pelo y crea el robot Candy Clone para cortarle el pelo a Donkey Kong y quitarle la fuerza.
Sonic salva a Tails y Chris de E-51 mientras Eggman se lleva la Chaos Emerald. En la base de Eggman, Knuckles aparece y ayuda a Rouge a colocar explosivos, ¡pero terminan atrapados!
Bluster intenta impresionar a Candy consiguiendo un peluquín ridículo, pero cuando eso no funciona, intenta robar el coco de cristal. Mientras tanto, el rey K. Rool intenta construir un satélite espía.
Kaptain Skurvy y su tripulación invaden la isla Kongo Bongo y mantienen a Donkey Kong y Diddy en su barco e intentan robar el coco de cristal.
Levantándose de los escombros de su antigua base, el Dr. Eggman revela su nuevo acorazado, el Fuerte de los Huevos, y ataca la Plaza de la Estación. Sonic se enfrenta a su némesis una vez más en X-Tornado.