Tras llegar a una línea de universo en la que Amadeus no existe, Rintaro y sus amigos deben librar una batalla en el pasado, el presente y el futuro para hallar Steins Gate y reunir de una vez por todas a todos los miembros del laboratorio.
No importa cuántos saltos realice Rintaro, la máquina del tiempo siempre será destruida. Kurisu Amadeus llega a la conclusión de que la única forma de llegar hasta la línea de universo Steins Gate es borrarla a ella en el pasado.
Con la ayuda de Kurisu Amadeus, Rintaro viaja desde 2036 hasta 2011 cargando con las esperanzas de todos. Después de 3000 saltos y a pesar del desgaste mental, llega al 7 de julio de 2011 como el científico loco que una vez fue.
En lugar de viajar al 7 de julio, Rintaro despierta en el año 2036 en el que el mundo ha sido devastado por la Tercera Guerra Mundial y sus amigos forman Valquiria, un grupo de resistencia que trata de construir una máquina del tiempo.
Después de que la máquina del tiempo haya sido destruida con Mayuri y Suzuha dentro, Rintaro toma la decisión de confiar en sus amigos y proporcionar a Daru y a Maho la información que necesitan para reparar el teléfono microondas.
Mientras el caos se desata alrededor de la máquina del tiempo, Leskinen revela que es un miembro de StratFor que supo acerca del futuro por Kagari y construyó a Amadeus para preservar la teoría del viaje en el tiempo de Kurisu.
El Reading Steiner de Rintaro se activa de repente y le proporciona una visión de una línea de universo futura. Rintaro se une a la búsqueda de una viajera del tiempo compañera de Suzuha que desapareció y recibe una ayuda inesperada.
Mayuri reúne a todos, incluidos el Profesor Leskinen y Maho, para una fiesta de Navidad en el laboratorio. Rintaro habla alegremente con la Kurisu Amadeus hasta que Maho interviene para recordarle que la verdadera Kurisu está muerta.
En el pasado, Chiyoko Fujiwara fue la estrella de cine dominante del panorama cinematográfico japonés hasta su súbita desaparición de la imagen pública hace treinta años. Uno de sus mayores admiradores, el realizador de documentales Genya Tachibana, viaja hasta el apartado refugio de montaña en el que tiene su hogar para entrevistarla. Una vez allí, entrega a la que fuera su ídolo de juventud una vieja llave que encontró entre los restos de su antiguo estudio y, como si la llave hubiera abierto la puerta de su memoria, Chiyoko comienza a recordar la historia de su vida. De esta forma, viaja desde el remoto pasado hasta el distante futuro a través de mil años, traspasando la frontera que separa la realidad de las películas que han formado gran parte de su vida.
Atrapados en una cueva derrumbada, Yona y sus amigos excavan en la pared que conduce al exterior con la ayuda del Dragón Azul. Conmovida por la amabilidad del solitario Dragón Azul, Yona siente un fuerte deseo de ayudarle.
Haciendo oídos sordos a Hak, Yona se interna de nuevo en la cueva para pedirle al Dragón Azul que le preste el poder del dragón. Sin embargo, el Dragón Azul rechaza la petición de Yona y declara que el poder del dragón es una maldición. Haciendo oídos sordos a Hak, Yona se interna de nuevo en la cueva para pedirle al Dragón Azul que le preste el poder del dragón. Sin embargo, el Dragón Azul rechaza la petición de Yona y declara que el poder del dragón es una maldición. Haciendo oídos sordos a Hak, Yona se interna de nuevo en la cueva para pedirle al Dragón Azul que le preste el poder del dragón. Sin embargo, el Dragón Azul rechaza la petición de Yona y declara que el poder del dragón es una maldición.
El grupo de Yona llega hasta una aldea escondida en las montañas, donde todos aseguran que no existe el Dragón Azul. A Yona y a sus amigos les resulta sospechoso y deciden quedarse para buscar en secreto al Dragón Azul.
Después de que la intuición de Kija fracase estrepitosamente, Hak y Yoon emplean su conocimiento para tratar de encontrar al Dragón Azul. Más tarde, Kija encuentra a Yona practicando sola tiro con arco a altas horas de la noche.
Yona y sus amigos llegan a la aldea del Dragón Blanco, donde consideran el cabello rojo como un presagio. Más tarde, Kija, conocido como el Dragón Blanco, aparece ante Yona y los otros para eliminar a los intrusos con sus propias manos.
Yona, Hak y Yoon se dirigen a una aldea fantasma donde se dice que está uno de los Cuatro Dragones, el Dragón Blanco. Yona quiere protegerse sola y ayudar a Hak en todo lo que pueda, por lo que le pide que le enseñe a usar las armas.
Cuando Ik-Soo le pide que parta de viaje con Yona y Hak y vea mundo, Yoon se siente confundido y es incapaz de contener su ira. Yona y Hak se preocupan por los sentimientos de Yoon, pero no pueden más que mirar en silencio.
El malherido Hak y Yona son rescatados por Ik-Soo, un sacerdote que vive en el fondo de un valle, y Yoon, el niño que le cuida. Consciente de su ignorancia, Yona pide consejo a Ik-Soo, quien le habla sobre su “mandato divino”.
Tras recibir una flecha envenenada al proteger a Yona, Hak se encuentra entre la espada y la pared. Decidida a no dejar morir a su guardaespaldas, Yona se corta el cabello impresionando al enemigo con su espíritu y su mirada ardiente.
El grupo llega al punto de entrega de los hermanos. El maleante llega poco después, con el corazón dividido entre la rabia y la tristeza, sentimientos que los demás Akudama son incapaces de comprender... Poco después, guiados por el niño, dan con las gigantescas ruinas subterráneas, en las que encuentran los restos de un festival de antes de la guerra. ¿Qué quieren hacer los niños en ese lugar?
A punto de regresar a Kansai, el maestro ejecutor logra alcanzar a los Akudama, a pesar de que aún no está curado por completo, dispuesto a jugarse el honor para acabar con los maleantes. El luchador no se lo piensa dos veces antes de volver a la refriega, pero los Akudama empiezan a retroceder ante el poder del policía. Mientras el maleante insiste en que deberían retirase, el luchador es incapaz de dejar a medias una pelea y se fuerza a continuar el intercambio de golpes bañado por el orgullo y la determinación...