Tras emerger de Dark Star, Valgaav se revela como la unión del Señor Oscuro y el Dios Vophied, que pretenden recrear el mundo. Lina y compañía tratan de detenerlo, pero ni siquiera el Dragon Slave sirve de nada contra él.
Por fin ha llegado el tan ansiado domingo. Lo que se suponía que iba a ser la cita perfecta se convierte en un día de servicios a la comunidad recogiendo basura en el parque. De repente, aparece una chica muy atractiva que embelesa a los presentes y resulta ser Hikaru. ¡¿Qué diantres le ha sucedido para sufrir tal transformación?!
Los padres de Madoka son unos violinistas de fama internacional. Un día, se publica un artículo en el periódico un titular que reza que la familia Ayukawa va a instalarse definitivamente en Estados Unidos. Consternado, Kyosuke pregunta al dueño del ABCB sobre la noticia y descubre que apenas quedan 3 días para la mudanza, que tendrá lugar el próximo domingo…
Tras años siendo una ídolo juvenil que forma parte del exitoso trío musical CHAM!, Mima Kirigoe decide abandonar el grupo para perseguir su sueño de convertirse en actriz. Alentada por su entorno, decide romper con su imagen de niña buena y acepta un papel en una serie policíaca subida de tono, lo que provoca la ira de muchos de sus fans. Pronto descubre que alguien está escribiendo un blog en internet en el que explica detalles íntimos sobre su vida y además su misterioso acosador pasa a la acción amenazando a sus seres queridos. Mientras los cadáveres comienzan a acumularse a su alrededor, la realidad y las alucinaciones se mezclan en un mundo terrorífico en el que no hay lugar para la inocencia y los sueños se convierten en pesadillas.
Monsley y Lana se reencuentran con Luke en Industria. Conan, Jimsy y Dyce se infiltran en el Giganto y destruyen el motor principal, pero Lepka desprende las secciones dañadas de la nave. El grupo se separa y logra destruir los motores auxiliares, pero Jimsy y Dyce son expulsados de la nave con destino desconocido. Lepka intenta escapar, pero su tripulación lo arrastra de regreso a la aeronave que cae mientras Conan escapa. Mientras tanto, el suelo bajo Industria comienza a ceder y sus habitantes se apresuran a evacuar. El Consejo decide quedarse atrás, despidiéndose del Profesor Lao y de los otros antes de que su poderosa ciudad se hunda.
Los terremotos retumban mientras la gente de Industria se apresura a terminar los preparativos para la evacuación. Lepka sobrevive al accidente de su aparato volador y toma el control de la Torre Triángulo, con la intención de usar la energía solar para revivir al antiguo Giganto. Monsley y Lana evitan a los guardias y se apresuran a advertir a los demás. En la plataforma de recuperación, Conan, Jimsy y Dyce terminan de reflotar el barco para escapar a High Harbor. El grupo se reúne con Monsley y Lana y luego regresan a la torre, pero un Giganto completamente cargado alza el vuelo. Conan, Jimsy y Dyce se infiltran en la aeronave mientras Lana y Monsley regresan para advertir a la gente de Industria. Las fuerzas de Lepka atrapan al trío, pero estos escapan en el último segundo. Conan corre sobre el ala del Giganto para detener a Lepka antes de que sea demasiado tarde.
Mientras los rebeldes de Luke asaltan la Torre Triángulo, Lepka trata de escapar con Lana en un aparato volador situado en el techo. Conan libera a Lana y Lepka aparentemente muere en un aterrizaje forzoso. La pareja vuelve a reunirse con Dyce, Monsley y Jimsy mientras los rebeldes celebran su victoria. Lana y el Profesor Lao ayudan al Consejo a localizar el satélite de la energía solar. Dyce cuida de una Monsley herida y ambos descubren una conexión inesperada. La gente de Industria recibe una ráfaga de energía solar y se prepara para reflotar el barco en la plataforma de recuperación para llevar a cabo la evacuación. El Profesor Lao lleva a Lana, Conan y Jimsy al antiguo parque digital de la Torre Triángulo y les explica cómo la energía solar condujo al Gran Desastre. Dyce recoge a los niños y ponen rumbo a la plataforma.
Conan se apresura a salvar a sus amigos y a los rebeldes cuando Lepka inunda el subterráneo y sella la única salida. Lepka acepta liberar a los rebeldes, pero solo si Lana convence al Profesor Lao de que le entregue el proyecto de energía solar. Conan se reúne con Jimsy, Dyce y Luke e idea un plan para usar un túnel inundado para llegar hasta la sala de control de la torre y abrir la salida. Lepka lleva a Lana ante un Profesor Lao incapacitado, que sigue negándose a cooperar a menos que Industria deponga las armas. Conan, Jimsy y Dyce rescatan a Monsley de un peligro inminente, pero Lepka, enfurecido, obliga a Lana a caminar sobre una plancha metálica en la parte superior de la Torre Triángulo, con la esperanza de romper su determinación. Conan corre a su rescate mientras el resto del grupo abre la salida y las fuerzas rebeldes asaltan la ciudad.
Después que el hidroavión de Lao sea derribado, Conan y Monsley son hechos prisioneros por los soldados de Industria. En su búsqueda del Profesor, Lana, Dyce y Jimsy se adentran en el subterráneo y encuentran a Luke. Mientras tanto, Lepka comienza a sospechar de Monsley después de que Conan la rescate. Lana se reúne con los rebeldes y Luke revela que Lepka ha capturado al Profesor Lao y se ha hecho con el control de Industria. Lepka decide inundar el subterráneo para obligar a salir a Lana, con la intención de usarla para amenazar al Profesor Lao para que reviva la energía solar. Cuando Monsley revela lo sucedido en High Harbor, Lepka decide que es una traidora y ordena su encarcelamiento. Conan se despierta encadenado en una celda y Monsley logra liberarlo, pero antes de que puedan rescatar a Lao y advertir a los demás, los guardias disparan a Monsley. Mientras las tropas se abalanzan sobre ella, Conan se apresura a advertir a sus amigos sobre la inundación.
Tras invitar a los hombres de Industria derrotados a unirse al pueblo, la gente de High Harbor comienza a cosechar el trigo. Preocupado por el tsunami, Conan decide regresar a Industria, pero tiene problemas para encontrar un medio de transporte. Al final, solicita la ayuda de Monsley para pilotar el viejo hidroavión del Profesor Lao, pero el alcalde Oiton se opone. Sean convence al alcalde de que deje ir a Conan y a Jimsy con la condición de que Lana se quede. Conan está de acuerdo, pero sorprende a todos al recoger a Lana en el último momento. Una vez en el aire, el grupo descubre a Dyce como polizón y más tarde son perseguidos por las fuerzas de Industria a bordo de un Falco reparado. Monsley consigue perder a su antigua nave y decide unirse al grupo cuando aterrizan en Industria. Pero el Falco no tarda en regresar y Conan y Monsley se elevan en el aire para atraer su atención.
Con Lana presuntamente muerta después del hundimiento del Gunboat, Monsley se entera de que sus tropas se están quedando sin municiones. Entonces, envía a Orlo a capturar a Conan y toma la decisión de que la gente del pueblo repare el Barracuda a modo de barco de reemplazo. Orlo captura a Lana, ignorando sus advertencias de que se avecina otro desastre desde el mar. Lana usa la telepatía para avisar a Conan, quien avista un tsunami que se acerca y advierte a la gente del pueblo. Después de un breve enfrentamiento, la gente del pueblo y los soldados huyen, pero Conan se enfrenta a Orlo mientras se acerca el ensordecedor tsunami. Pronto, Conan derrota a su némesis y el grupo se refugia en el Barracuda cuando llega el tsunami. Sin municiones para luchar, las fuerzas de Industria devuelven High Harbor a sus habitantes.
Conan derriba a los matones de Industria y rescata a Lana, pero queda inconsciente antes de poder ponerlos a ambos a salvo. Entonces, Lana esconde a Conan y aleja de él a los soldados. Más tarde, Gull despierta a Conan y este se entera de que Lana ha sido capturada. Mientras tanto, Monsley revela que tiene intención de llevar a Lana de regreso a Industria y presenta a la gente de High Harbor a su nuevo líder: Orlo. Al no encontrar a Lana en el pueblo, Conan se dirige a la reserva de peces de Gull, donde ambos deciden fabricar una bomba y hundir el Gunboat de una vez por todas. Conan fija los explosivos al barco, pero entonces descubre que Lana está a bordo. Intenta advertir a los marineros, quienes le golpean y sacan la bomba aparentemente defectuosa a la superficie. La bomba no tarda en explotar, hundiendo el barco, y Conan rescata a Lana.
Las fuerzas de Industria desembarcan en High Harbor y aplastan fácilmente a los hombres de Orlo en una escaramuza. Conan y Jimsy llevan a una Tera herida de regreso a High Harbor, donde el alcalde y la gente del pueblo deciden defender el paso de la montaña para mantener alejadas a las fuerzas de Industria. Pronto se encuentran con Orlo, quien huye con sus hombres, y lo llevan de regreso al pueblo, pero un Conan suspicaz se dirige hacia la costa. Allí encuentra a Gull y cuando se dan cuenta de que Monsley planea atacar desde la bahía, idean un plan para hundir el Gunboat. Orlo obliga al pueblo a rendirse y revela que está ayudando a las fuerzas de Industria a cambio del control de High Harbor. Las fuerzas de Industria caen sobre la isla mientras Conan corre para salvar a una Lana inconsciente.
Lana tiene una visión inquietante de High Harbor en llamas. Conan intenta animarla llevándola de viaje al pueblo de Tito con Gull y Tarcos, quienes planean intercambiar en secreto bienes por servicios. Jimsy aprende a criar cerdos en el pueblo y rechaza otra oferta de Tera para unirse al grupo de Orlo. Conan le muestra a Lana la nueva cabaña de él y Jimsy y la invita a volver a Isla Remanente con él en el futuro. Mientras tanto, Dyce se reúne con Orlo y le ofrece un robonoide a cambio de la ayuda de Orlo para reflotar el Barracuda. Tera le habla a Orlo acerca del comercio clandestino y este obliga a Dyce a atacar a Jimsy y Conan a modo de represalia. Tera advierte a Lana, que corre para salvar a sus amigos, pero entonces aparece el Gunboat de Industria en la bahía. Lana se da cuenta de que su visión era en realidad el Profesor Lao tratando de advertirla.
Kagome regresa al pasado y el grupo descubre que Naraku fue uno de los que engañaron a Kikyo y a Inuyasha para enfrentarlos hace cincuenta años.
Naraku envía al lobo Royakan tras Inuyasha, que todavía no se ha recuperado totalmente de las heridas sufridas en el combate contra Sesshomaru.
Después de la dura lucha contra Sesshomaru, Inuyasha utiliza los fragmentos de la joya para obligar a Kagome a regresar a su tiempo a través del pozo.
Naraku ofrece a Sesshomaru un brazo humano y uno de los fragmentos de La Esfera de los Cuatro Espíritus para que pueda empuñar a Tessaiga contra Inuyasha.
Kagome es secuestrada por un grupo de bandidos que quieren robar La Esfera de los Cuatro Espíritus. Al tratar de impedirlo, Kagome rompe la esfera en pedazos.
Kagome posee la clave para derrotar a Yura, un demonio que va tras la esfera, pero la muchacha ya ha tomado la decisión de regresar a casa a través del pozo.