Todo comenzó con el "Brazo de Zeus" y ahora, el Energer Z que se encuentra frente a ellos no es ninguna ilusión, es real y viene en busca del "Brazo Divino". De nuevo, salen a la luz detalles inéditos de la relación entre el Doctor Infierno, Juzo, Tsubasa, Kenzo y Testuya Tsurugi, mientras Mazinger Z y Energer Z entablan un combate a muerte.
La paz y la tranquilidad parecen haber regresado a la casa Kurogane. Al menos hasta que una noche Tsubasa observa algo en la oscuridad que la inquieta. A partir de ese día, se comporta de un modo muy extraño como si los fantasmas la persiguieran.
Kazuya, el primo de Kyosuke, tiene que quedarse a vivir en casa de su familia. El pequeño es clavado a Kyosuke cuando tenía su edad, aunque es algo más travieso. Es más, posee el don de la telepatía y puede leer la mente de otras personas, con el añadido de que suelta lo primero que le viene a la cabeza sin pensarlo y no tiene pelos en la lengua…
Kyosuke es elegido para ser el último relevista en la maratón en la que participará su clase. Mientras discute con Madoka, que también ha sido elegida por sus compañeros, aunque insiste en que no participará, Kyosuke lanza un órdago y se jacta de que quedará en primer lugar aún sin su colaboración…
El año 2003, la colisión de un planetoide de hielo contra Venus provocó cambios ambientales que propiciaron la colonización del planeta. 86 años más tarde, Hiro es un joven de 18 años que participa en la popular competición de motos de combate conocida como Rolling Game para descargar su frustración ante un futuro incierto debido al estado de guerra permanente y el deterioro medioambiental. Pero todo cambia el día que Ishtar invade la capital de Afrodia y Hiro y sus amigos se ven involucrados directamente en el conflicto militar. Tras perder una apuesta, Hiro se acaba uniendo al escuadrón Hound de monobikes del ejército de Afrodia y se lanza a la peligrosa misión de neutralizar a los “Pulpos”, los invencibles tanques de combate del ejército de Ishtar.
Tonami está cansado de escuchar a Yukino hablar sobre Arima ya que no entiende el cariño que le profesa, pero en una de las conversaciones se da cuenta de que también alberga interés romántico por otra persona. Por su parte, Arima ha adoptado una actitud amenazante hacia Tonami a causa de los celos que le provoca lo bien que se lleva con Yukino. En mitad de su confusión, Arima siente que está comportándose de forma diferente a lo que acostumbra…
Al salir de clase con su amiga Yurika y su hermana Tsukino, Kano se da cuenta de que alguien las está siguiendo. A partir de entonces, Kano anda con la mosca detrás de la oreja preocupada por su presentimiento, hasta que un día descubre que una chica de la clase D la observa a través de una ventana en el instituto. La familia Miyazawa, especialmente su hermana Tsukino, le anima a resolver el conflicto sin valerse de nadie más.
Yukino descarga sobre Arima su insatisfacción acerca de los comentarios que circulan sobre él y sus momentos de gloria pasada. Ignorando el apoyo que le ofrece Arima, Yukino se dirige a la azotea del instituto, donde comienza a soñar cómo habría sido su vida si no se hubieran conocido. Lo que imagina en su mente resulta sorprendente…
Con el festival cultural cada vez más cerca, Yukino está hasta arriba de planes y reuniones para los preparativos de la obra de teatro. Tonami, quien ha jurado vengarse de Tsubaki, le confiesa que la odio. Yukino y toda la tropa quedan para reunirse un domingo, pero la conversación pronto tira hacia otros derroteros. Maho se encuentra algo fuera de lugar y entonces…
Yukino lanza la propuesta de llevar a escena la obra de Aya de cara al festival cultural y convence de paso a Maho, que se mostraba reluctante inicialmente. Haciendo gala de sus habilidades para la negociación, Yukino y los demás realizan grandes progresos en los preparativos para representar la función, como lograr que el profesor Kawashima les tutorice. Mientras tanto, Arima…
Tonami le pide a Yukino que no revele que, en efecto, solía ir a clase junto a Tsubaki y las demás en el mismo colegio cuando era pequeño. Por otra parte, Yukino y Maho no están demasiado convencidas con representar la obra de Aya para el festival escolar, pero al leer el guion se les despejan las dudas y acaban por decidirse. Es entonces cuando Yukino…
Tonami, el estudiante recién incorporado al instituto, sufrió acoso por parte de Tsubaki por su obesidad durante la escuela primaria y los primeros años de secundaria. Con la firme determinación de “evolucionar”, ha regresado a su vida como una persona completamente diferente. Por otro lado, Aya pide al grupo de Tsukino que actúen en el festival escolar interpretando la obra teatral que ha escrito, aunque…
Ha dado comienzo el segundo semestre y Yukino y todos los demás están ocupados preparándose para los exámenes y el festival escolar. Entretanto, se incorpora al instituto un nuevo estudiante Takeshi Tonami, venido de Okinawa. Para sorpresa de Tsubaki, Rika y Aya, el recién llegado comparte mismo nombre ¡¿con un antiguo compañero de clase?!
Arima ha sido rechazado y maltratado por sus familiares debido al odio que generó su desaparecido padre biológico. Hasta conocer a Yukino, la única energía positiva que recibía en su vida provenía de sus padres adoptivos, lo cual hace que se vuelque por completo en su relación con Yukino. Se podría decir que demasiado incluso…
Tras recibir una carta de Arima, que continúa inmerso en el torneo intercolegial de kendo, Yukino continúa magnificando lo que siente por él. Y después de una larga espera, por fin vuelven a reunirse, aunque Yukino siente que ha habido cambios en Arima, como que ahora es más alto y ha crecido en otros sentidos…
La relación entre Dio y Lucciolla se estrecha cada vez más. Vincent comunica que la Urbanus servirá de escudo a la Silvana en la batalla que se avecina.
Dio se enfrenta a una difícil prueba para convertirse en el segundo al mando de Guild. A bordo de la Silvana, Lavie termina las reparaciones de su vanship.
Claus y Dio regresan triunfantes a la Silvana. Al llegar descubren que la nave ha sido tomada por Guild y que toda su tripulación ha desaparecido.
Tras entrar en el “Grand Stream”, la Silvana y la Urbanus comienzan la búsqueda de EXILE. Finalmente, serán Claus y Dio los que se hagan con él.
El poder de Guild hace tambalearse la alianza entre Disith y Anatores. Mientras tanto, la Silvana y la Urbanus ponen rumbo al “Grand Stream”.