Los BladeBreakers están atrapados en una isla misteriosa y deciden separarse. Unos van hacia el faro para intentar comunicarse con el mundo exterior y pedir ayuda y otros, Tyson, Ray y Max, llegan accidentalmente al escenario de su próximo combate, donde tienen que enfrentarse a Bat, un Blader que ve en la oscuridad. Es Ray el que lucha con él y acaba ganando.
Los BladeBreakers se dirigen a un torneo contra el equipo Psykick, pero el conductor del autobús llena el vehículo de gas para dormir y mientras están inconscientes los traslada a una isla desierta donde habita el doctor B., que tiene la misión de capturar los Bit Beast de nuestros amigos con un Sistema de Captura de Bit Beasts.
Max y Ray se unen también con sus amigos, con lo que los BladeBreakers vuelven a estar juntos. La madre de Max les ofrece el Núcleo Mg, que produce un campo magnético similar al del Magtram, pero no es fácil de controlar y tienen que entrenar mucho para lograrlo.
La pandilla está alarmada por la forma en que la Nebulosa Oscura ha tratado a Yu, ya que está muy herido después de su batalla con Reiji. Kenta promete derrotar a Reiji por Yu y por todos los verdaderos espadachines. En su batalla con Reiji, Kenta engaña al oscuro nebulizador intercambiando su punta de rendimiento de Sagittario con la punta de la espada de Yu, Libra.
En la segunda ronda de Battle Bladers, Doji hace sus trucos habituales, cambiando las parejas de todos. Esto enfrenta a Benkei contra su ídolo Kyoya en una batalla desafiante que Kyoya gana a pesar de la increíble demostración de fuerza de Benkei. Gingka lucha contra el intenso Ryutaro, que tiene mucho en juego en esta batalla.
Los oponentes para la próxima ronda de Battle Bladers están listos, pero la pandilla está más preocupada por la salud de Hikaru, quien fue derrotado por Ryuga en las batallas iniciales. Ella está bien, y los bladers se dan cuenta de que deben concentrarse en ganar sus próximos partidos si quieren vengar su pérdida. Mientras tanto en Dark Nebula HQ, Yu se ve obligado a luchar contra Reiji para decidir si es digno de permanecer en la Organización.
Kyoya y Tsubasa ganan sus combates iniciales en Battle Bladers, y luego es el turno de Hyoma. Se enfrenta a un espadachín desconocido, Reiji, un miembro de la Nebulosa Oscura. El bey de Reiji, Poison Serpent, no parece muy fuerte en sus ataques, pero Hyoma se da cuenta demasiado tarde de que cada vez que su bey Aries es golpeado, se le inyecta veneno que debilita sus defensas.
¡Comienza Battle Bladers! Gingka y sus amigos llegan a la gran competencia de Battle Bladers, donde descubren que Doji está a cargo y los emparejamientos de batalla parecen un poco a su favor. No importa, Benkei derriba al Capitán Capri, Kenta vence a Tetsuya y en un impresionante combate final, Gingka elimina a Yu.
Phoenix lucha contra Tsubasa diciendo que si puede vencer a Phoenix, puede luchar contra Gingka. Phoenix supera a Tsubasa en una intensa batalla y luego desafía a Gingka. Cuando Gingka se encuentra contra la pared, Phoenix le recuerda el voto que hizo de que si pierde una batalla, dejará de ser beyblading para siempre.
La pandilla celebra la calificación para los Battle Bladers cuando Gingka revela que no tiene suficientes puntos para lograrlo. Le ofrecen luchar contra él, pero él se niega, ya que no quiere poner en riesgo a sus amigos. Tsubasa llega y desafía a los bladers, pero Gingka tiene que despegar para hacer el último desafío. Mientras tanto, Hyoma, Hikaru y Benkei pierden puntos ante el feroz Tsubasa.
Kenta llega a lo que parece ser un pueblo fantasma, pero se encuentra con algunos bladers que aún viven allí a pesar de que el estadio local ha sido tomado por una pandilla dirigida por Busujima. Kenta también se encuentra con su viejo amigo Sora, quien ha venido para luchar contra la pandilla y ganar el estadio para todos. Sora pierde mucho, pero con Kenta y la ayuda de la gente del pueblo, ¡lo intenta de nuevo y gana!
En una acalorada batalla entre Tsubasa y Ryuga, Tsubasa está casi derrotado hasta que el misterioso Phoenix vuela y se hace cargo de la batalla, haciendo posible que Tsubasa escape. Más tarde, Gingka se enfrenta a Tobio (también conocido como Capitán Capri) en un estadio con paredes en movimiento. Mientras Doji y Yu observan, Capri usa sus habilidades de francotirador para aprovechar las paredes móviles.
Ryuga reaparece y comienza a competir y ganar varios partidos de desafío, ganando puntos a medida que avanza. Tsubasa está intrigado por el poder de L-Drago y se cuela en la sede de la Nebulosa Oscura para buscar datos sobre el 'bey prohibido'. Tsubasa aprende mucho, pero antes de que pueda escapar con la información, es atrapado por Doji y Yu y debe luchar contra un variedad de cuchillas Dark Nebula.
Después de haber perdido todos sus puntos en un partido anterior con Phoenix, Gingka está decidido a ganar cada partido hasta que llegue a Battle Bladers y finalmente pueda derrotar a Ryuga. En su primer combate, conoce a Teru, un blader que solía ser un bailarín talentoso hasta que estuvo involucrado en un accidente en el escenario.
Gingka un nuevo Digital Power Launcher que calcula su poder de lanzamiento mientras practica y también lleva sus puntos ganados en la batalla. Cuando Tetsuya se disfraza, los engaña para que le den el Bey Pointer de Gingka y trata de huir con él. Phoenix viene al rescate, pero luego desafía la voluntad de Gingka como espadachín, es decir, si realmente estuviera decidido a ganar, cuidaría mejor su puntero.
Solo quedan seis bladers en el último Beyblade Challenge Match. En un giro sorpresa, se les dice que la ronda final será un Battle Royal donde los seis competirán entre sí por los 10,000 Puntos Bey. En una temible final, las alianzas se forman y rompen y las tensiones aumentan, pero al final solo un Blader sigue girando para reclamar la victoria ... ¡Kyoya!
En un día emocionante de lucha, Blader DJ anuncia cuatro batallas en cuatro estadios diferentes a la vez. Mientras Kenta lucha por contener al dúo fraternal de Dan y Reiki, Benkei mira esa batalla, pierde el foco en su propia batalla y es derrotado por Tsubasa. Hyoma gana por poco contra Hikaru, mientras que Yu derriba a su oponente tan fácilmente que está molesto porque no tuvo una batalla más dura.
Gingka, Benkei, Kenta y Madoka se enfrentan a un gran desafío de 10,000 puntos. Mientras esperan para competir, se encuentran con un adivino / espadachín, Ryutaro, quien dice ser fanático de Gingka. Gingka se sorprende cuando conoce a Ryutaro en su primer partido del torneo. Ryutaro se hace cargo del partido con "magia" y Gingka está en su ingenio para vencer a este oponente. Al final, Gingka descubre el plan de Ryutaro y él y Pegasus giran hacia la victoria.
Cuando Kenta encuentra una carta de Gingka que dice adiós, la pandilla se dispuso a encontrarlo en su pueblo natal de Koma Village. Frente a los desafíos de cruzar una montaña traicionera en el camino hacia la aldea, Kyoya y Benkei toman una ruta mientras que Madoka y Kenta toman otra. Ambas partes se encuentran independientemente con un misterioso viajero llamado Hyoma que los ayuda, pero al mismo tiempo parece no decir la verdad.
Kenta se enfrenta a Gingka y Gingka habla sobre su pasado. Nos enteramos de que el padre de Gingka, Ryo, era el dueño original del Bey Pegasus y un archirival de Ryuga. Ryuga derrotó a Ryo en una batalla entre Pegasus y el Prohibido Bey Lightning L-Drago. Las últimas palabras de Ryo a su hijo son derrotar a Ryuga para que pueda devolver a L-Drago al lugar que le corresponde.