Kai está entrenando solo en el parque y aparece un golpe de viento que empieza a destruirlo todo. Es uno de los Blades de la doctora K, que tiene un Bit Beast que controla el viento. Kai lucha con él y consigue derrotarlo.
Tyson está entrenando cuando llega Zeo de improviso y ve a Draciel y Dragoon en el aire y decide que él también quiere tener un Bit Beast. Los demás le dicen que no es un juguete, sino que tiene que ganárselo. La doctora K extrae un Bit Beast de la piedra y se lo da a Net, quien desafía a Tyson a un combate. Dragoon gana la batalla y Net huye llorando.
El señor Dickenson descifra la escritura misteriosa de la piedra y los niños descubren que los Saint Shields pertenecen a un clan que todavía usa ese lenguaje antiguo. Ozuma les cuenta su historia y la misión que les encomendó el clan: hacerse con los cuatro Bit Beasts sagrados y sellarlos en el interior de la piedra. Dunga los reta a combate y Ray acepta, pero el nuevo Vortex Ape de Dunga es demasiado para él y pierde a Driger, que queda encerrado en el interior de la piedra.
Tyson empieza a cansarse de que todo el mundo quiera sus Bit Beasts y convence a Kenny de que cree una plataforma para que el equipo se entrene en ella. Paga su mal humor con Zeo, un chico admirador suyo, pero luego se arrepiente y acepta entrenar con él para ayudarle a pasar los exámenes de BeyBlade.
Sabiendo que el doctor Zagart es la clave para encontrar la piedra perdida, los BladeBreakers deciden sair en su busca, aunque no saben por dónde empezar. El doctor Zagart y la doctora K diseñan un Blade nuevo con un Bit Beast de la piedra. Foxy desafía con él a Ray y está a punto de destruir su Blade, pero termina imponiéndose Ray. Los Saint Shields han visto la batalla y Ozuma jura que conseguirán los Bit Beasts de los BladeBreakes.
Cuando los chicos vuelven a Japón acompañados por Judy, van a un laboratorio abandonado, donde el señor Dickenson tuvo en otro tiempo una piedra similar con un socio suyo, el doctor Zagart, que desapareció con la piedra. Después de una batalla con Kenny y su nuevo BeyBlade, Tyson comprende que todavía tiene que aprender a controlar a su nuevo BeyBlade, Dragoon V2.
Max llegan al torneo y Alan le dice que, si lo derrota, le contará por qué aceptó ayudar a los malos a robar la piedra. La batalla es muy encarnizada, pero Max acaba ganado y Alan explica que participó en el robo para conseguir un Bit Beast poderoso, pero el nuevo Blade resultó ser un engaño.
Los chicos llegan a Nueva York de visita y Judy, la madre de Max, los lleva al laboratorio de la BBA, donde les muestra una piedra antigua con letras misteriosas y les dice que la piedra contiene Bit Beast. Alan, un amigo de Max, les hace una demostración con uno de ellos e invita a Max a un torneo de BeyBlade al día siguiente. Pero durante la noche, unos ladrones roban la piedra y los persigue la policía y Tyson. Este último descubre que uno de los ladrones es Alan.
Empezamos en mitad de una batalla entre Kane y Tyson. Este último va perdiendo hasta que Kai le dice que el único modo de vencer es que destruya el Cyber Bit Beast. Tyson recurre a toda su energía y lo destruye, pero eso hace que el edificio donde están se empiece a derrumbar y nuestros héroes tienen que salir corriendo después de recuperar a Draciel, que sigue preso en el laboratorio.
Tyson sigue luchando con Kane y los poderes del Bit Beast de éste se desarrollan a un ritmo alarmante. Dragoon está sufriendo tanto que Tyson le dice de mala gana que deje de luchar, pero el fiel Bit Beast hace acopio de fuerzas y sigue combatiendo. Tyson sigue su ejemplo y jura derrotar a Kane a toda costa.
Tyson se recupera de una herida en el tobillo en el hospital. Gideon, entretanto, prepara otro plan siniestro y pide al doctor B que cree un Bit Beast virtual con todos los datos reunidos de los BladeBreakers. En otro lado de la ciudad, los Saint Shields planean también su estrategia para hacerse con los Bit Beasts de los BladeBreakers.
Nuestros héroes siguen atrapados en la isla, pero el doctor B les dice que si vencen a todos los miembros del equipo Psykick podrán salir. Faltan Tyson y Kai por luchar. Kai se enfrenta a Figel y gana. Después de eso, llega al faro con Kenny y Hilary y piden ayuda. Entretanto, Tyson lucha con Daryl y también vence. El laboratorio del doctor B explota debido a una sobrecarga de ordenador y el señor Dickenson y el abuelo aparecen en helicóptero y rescatan a los chicos en el último momento.
Los BladeBreakers están atrapados en una isla misteriosa y deciden separarse. Unos van hacia el faro para intentar comunicarse con el mundo exterior y pedir ayuda y otros, Tyson, Ray y Max, llegan accidentalmente al escenario de su próximo combate, donde tienen que enfrentarse a Bat, un Blader que ve en la oscuridad. Es Ray el que lucha con él y acaba ganando.
Los BladeBreakers se dirigen a un torneo contra el equipo Psykick, pero el conductor del autobús llena el vehículo de gas para dormir y mientras están inconscientes los traslada a una isla desierta donde habita el doctor B., que tiene la misión de capturar los Bit Beast de nuestros amigos con un Sistema de Captura de Bit Beasts.
Max y Ray se unen también con sus amigos, con lo que los BladeBreakers vuelven a estar juntos. La madre de Max les ofrece el Núcleo Mg, que produce un campo magnético similar al del Magtram, pero no es fácil de controlar y tienen que entrenar mucho para lograrlo.
Tyson y Kenny intentan averiguar qué había dentro del Beyblade de Snakey. Envían un mensaje a la madre de Max para pedirle ayuda y van también a ver al señor Dickenson. En su oficina conocen a un equipo nuevo llamado los Psykicks y liderado por el siniestro doctor B.
En el centro de entrenamiento de Gideon, dos de sus secuaces descubren a un Blader de talento llamado Snakey y le ofrecen ponerle un Magtram a su Blade. El Magtram es un mecanismo que crea un campo magnético y da una ventaja injusta al que lo usa. Tyson acepta pelear con Snakey y consigue ganar, pero los secuaces de Gideon graban la pelea.
Tyson y Kenny están otra vez sanos y salvos en tierra firme y acaban deduciendo que hay gente que quiere robar los Bit Beasts de todos los miembros de los BladeBreakers. Etretanto, en la escuela de Kai hay un chico, Wyatt, que quiere que le enseñe técnicas de juego. Kai no le hace caso hasta que un tal Dunga reta a Wyatt y éste roba a Dranzer para la batalla.
Los hombres de negro secuestran a Kenny y Hilary y Tison se ve obligado a hacer lo que le piden los captores para intentar liberarlos. Termina en un barco viejo, donde tiene que enfrentarse a un robot para que los secuestradores suelten a sus amigos.
Tyson no supera su derrota con el misterioso Míster X. Max y Ray reciben también la visita de figuras de encapuchados y pierden también con ellos. Kenny descubre algo interesante sobre el BeyBlade de Míster X , pero antes de que pueda decírselo a Tyson, éste se encuentra en el parque con Míster X y lo reta a una revancha.