Hilary prepara una barbacoa para que el equipo descanse. El abuelo se cae al río y lo salvan cuatro Bladers que pasan por allí. Tyson se hace amigo de uno de ellos, Kane, pero este resulta ser el jefe del equipo Psykick y está confabulado con Gideon.
Wyatt vuelve y le suplica a Kai que le ayude a entrenar, pero este se niega. Wyatt jura vengarse y acepta entrar en el equipo Psykick y probar el nuevo Cyber Bit Beast. Lucha contra Dunga, y aunque vence al Vortex Ape de éste, la pelea deja muy débil a Wyatt y el doctor B lo echa del equipo.
Gerry no puede controlar su Cyber Bit Beast, que acaba explotando. Kenny descubre que alguien ha hecho copias de los Bit Beasts de sus amigos. Los Saint Shields están entrenando para luchar y el doctor B sigue experimentando para crear otro Cyber Bit Beast.
Ozuma, el jefe de los Saint Shields, reta a Tyson a un combate. Tyson gana, pero Ozuma le dice que tiene que mejorar su técnica. Entretanto, el doctor B termina de crear su Cyber Bit Beats y lo prueba con Gerry, uno de los Bladers del equipo Psykick, en un torneo local. Los BladeBreakers aparecen en el torneo y ven el Beast.
Joseph, de los Saint Shields, descubre el plan de Gideon y el doctor B. Los BladeBreakers entrenan mucho para prepararse para futuros peligros. Mariam incita a Max a una batalla en un bosque cercano. Ray se encuentra a su vez con Joseph y los cuatro pelean dos a dos.
Tyson se recupera de una herida en el tobillo en el hospital. Gideon, entretanto, prepara otro plan siniestro y pide al doctor B que cree un Bit Beast virtual con todos los datos reunidos de los BladeBreakers. En otro lado de la ciudad, los Saint Shields planean también su estrategia para hacerse con los Bit Beasts de los BladeBreakers.
Nuestros héroes siguen atrapados en la isla, pero el doctor B les dice que si vencen a todos los miembros del equipo Psykick podrán salir. Faltan Tyson y Kai por luchar. Kai se enfrenta a Figel y gana. Después de eso, llega al faro con Kenny y Hilary y piden ayuda. Entretanto, Tyson lucha con Daryl y también vence. El laboratorio del doctor B explota debido a una sobrecarga de ordenador y el señor Dickenson y el abuelo aparecen en helicóptero y rescatan a los chicos en el último momento.
Los BladeBreakers están atrapados en una isla misteriosa y deciden separarse. Unos van hacia el faro para intentar comunicarse con el mundo exterior y pedir ayuda y otros, Tyson, Ray y Max, llegan accidentalmente al escenario de su próximo combate, donde tienen que enfrentarse a Bat, un Blader que ve en la oscuridad. Es Ray el que lucha con él y acaba ganando.
Los BladeBreakers se dirigen a un torneo contra el equipo Psykick, pero el conductor del autobús llena el vehículo de gas para dormir y mientras están inconscientes los traslada a una isla desierta donde habita el doctor B., que tiene la misión de capturar los Bit Beast de nuestros amigos con un Sistema de Captura de Bit Beasts.
Max y Ray se unen también con sus amigos, con lo que los BladeBreakers vuelven a estar juntos. La madre de Max les ofrece el Núcleo Mg, que produce un campo magnético similar al del Magtram, pero no es fácil de controlar y tienen que entrenar mucho para lograrlo.
Tyson y Kenny intentan averiguar qué había dentro del Beyblade de Snakey. Envían un mensaje a la madre de Max para pedirle ayuda y van también a ver al señor Dickenson. En su oficina conocen a un equipo nuevo llamado los Psykicks y liderado por el siniestro doctor B.
En el centro de entrenamiento de Gideon, dos de sus secuaces descubren a un Blader de talento llamado Snakey y le ofrecen ponerle un Magtram a su Blade. El Magtram es un mecanismo que crea un campo magnético y da una ventaja injusta al que lo usa. Tyson acepta pelear con Snakey y consigue ganar, pero los secuaces de Gideon graban la pelea.
Tyson y Kenny están otra vez sanos y salvos en tierra firme y acaban deduciendo que hay gente que quiere robar los Bit Beasts de todos los miembros de los BladeBreakers. Etretanto, en la escuela de Kai hay un chico, Wyatt, que quiere que le enseñe técnicas de juego. Kai no le hace caso hasta que un tal Dunga reta a Wyatt y éste roba a Dranzer para la batalla.
Kyoya y Tsubasa ganan sus combates iniciales en Battle Bladers, y luego es el turno de Hyoma. Se enfrenta a un espadachín desconocido, Reiji, un miembro de la Nebulosa Oscura. El bey de Reiji, Poison Serpent, no parece muy fuerte en sus ataques, pero Hyoma se da cuenta demasiado tarde de que cada vez que su bey Aries es golpeado, se le inyecta veneno que debilita sus defensas.
¡Comienza Battle Bladers! Gingka y sus amigos llegan a la gran competencia de Battle Bladers, donde descubren que Doji está a cargo y los emparejamientos de batalla parecen un poco a su favor. No importa, Benkei derriba al Capitán Capri, Kenta vence a Tetsuya y en un impresionante combate final, Gingka elimina a Yu.
Phoenix lucha contra Tsubasa diciendo que si puede vencer a Phoenix, puede luchar contra Gingka. Phoenix supera a Tsubasa en una intensa batalla y luego desafía a Gingka. Cuando Gingka se encuentra contra la pared, Phoenix le recuerda el voto que hizo de que si pierde una batalla, dejará de ser beyblading para siempre.
La pandilla celebra la calificación para los Battle Bladers cuando Gingka revela que no tiene suficientes puntos para lograrlo. Le ofrecen luchar contra él, pero él se niega, ya que no quiere poner en riesgo a sus amigos. Tsubasa llega y desafía a los bladers, pero Gingka tiene que despegar para hacer el último desafío. Mientras tanto, Hyoma, Hikaru y Benkei pierden puntos ante el feroz Tsubasa.
Kenta llega a lo que parece ser un pueblo fantasma, pero se encuentra con algunos bladers que aún viven allí a pesar de que el estadio local ha sido tomado por una pandilla dirigida por Busujima. Kenta también se encuentra con su viejo amigo Sora, quien ha venido para luchar contra la pandilla y ganar el estadio para todos. Sora pierde mucho, pero con Kenta y la ayuda de la gente del pueblo, ¡lo intenta de nuevo y gana!
En una acalorada batalla entre Tsubasa y Ryuga, Tsubasa está casi derrotado hasta que el misterioso Phoenix vuela y se hace cargo de la batalla, haciendo posible que Tsubasa escape. Más tarde, Gingka se enfrenta a Tobio (también conocido como Capitán Capri) en un estadio con paredes en movimiento. Mientras Doji y Yu observan, Capri usa sus habilidades de francotirador para aprovechar las paredes móviles.
Ryuga reaparece y comienza a competir y ganar varios partidos de desafío, ganando puntos a medida que avanza. Tsubasa está intrigado por el poder de L-Drago y se cuela en la sede de la Nebulosa Oscura para buscar datos sobre el 'bey prohibido'. Tsubasa aprende mucho, pero antes de que pueda escapar con la información, es atrapado por Doji y Yu y debe luchar contra un variedad de cuchillas Dark Nebula.