Als Yuichi und Ayu näher zusammenkommen, hat Nayuki das Gefühl, dass sie von ihm vernachlässigt wird. Ayu führt Yuichi schließlich zu ihrer „Schule“ im Wald.
Das jährliche Leichtathletik-Turnier steht vor der Tür und Nayuki kämpft zusammen mit den anderen Teamkollegen um den Sieg.
Shioris Geburtstag ist nur noch wenige Tage entfernt und Yuichi möchte für sie eine Geburtstagsfeier in einem örtlichen Café schmeißen.
Da Shioris Geburtstag naht, beschließt Yuichi, dass er versuchen wird, so viel wie möglich für sie zu tun, solange sie noch Zeit hat.
Yuichi hält sein Versprechen gegenüber Shiori und bietet ihr an, sie für einen Tag durch die Stadt zu einigen von Shioris Lieblingsorten zu führen.
Yuichi und Mai kämpfen weiterhin gegen die Monster und als Yuichi angegriffen wird kommen die Erinnerungen zwischen ihm und Mai, die über eine mysteriöse Kraft verfügt, zurück.
Sayuri macht sich zunehmend Sorgen um Mai und Yuichi. An Mais Geburtstag trifft sich Sayuri mit Yuichi in der Stadt und erzählt mehr über ihre familiäre Situation. Später in dieser Nacht geht Sayuri zur Schule, um Mai zu überraschen.
Nach dem, was auf dem Ball passiert ist, versucht der Vorsitzende des Studentenrates Mais Ausschluss zu erreichen. Yuichi versucht dies zu verhindern. Gleichzeitig gibt sich Yuichi nicht damit zufrieden, Mai alleine gegen die Dämonen kämpfen zu lassen.
Lust trifft zufällig Lujon wieder, den sie noch von früher kennt. Zwei Jahre zuvor grassierte in dessen Heimatdorf das Versteinerungssyndrom, eine Krankheit unbekannter Ursache, und auf der Suche nach einer Heilmethode hatte Lujon begonnen, sich der Alchemie zu widmen.
Die Großoffensive der Armee gegen die subversiven Elemente im Devil's Nest geht weiter. Während Archers Soldaten Greeds Chimären eine nach der anderen erschießen, wird Greed immer mehr in die Ecke getrieben: Verraten von Kimbly und Tucker wird er auch noch von Lust und Gluttony angegriffen.
Im Haus von Dante (Izumis alter Lehrmeisterin) wird Al von Greeds Chimärentruppe angegriffen und verschleppt. Sie bringen ihn in ihre Operationsbasis, die Kneipe „Devil's Nest“ außerhalb der Stadt, wo Greed den gefangenen Al nach dem Geheimnis des ewigen Lebens ausfragt.
Wrath heißt der Junge, der nun Eds verlorene Gliedmaßen – den rechten Arm und das linke Bein – sein Eigen nennt. Er ist ein Homunkulus, der bei Izumis vor längerer Zeit missglückten menschlichen Transmutation geboren wurde. Weil Wrath ein Mensch werden möchte, greift er Ed an, um ihn auch noch die restlichen Teile seines Körpers abzunehmen.
Der rätselhafte Junge mit dem Ouroboros-Zeichen ist der Auslöser für eine Konfrontation zwischen Kimbly, den Elric-Brüdern und Izumi im South Hauptquartier. Währenddessen führt Roy auf Befehl des Generalmarschalls seine Truppen zum Slum bei Kishua, um Scar festzunehmen.
Ed, Al und Winry erreichen Rush Valley, das Mekka der Auto-mail-Produktion. Beim Anblick all der Auto-mail-Werkstätten in der Stadt gerät Winry ganz außer sich vor Freude. Beim Auto-mail-Armdrück-Wettbewerb, Rush Valleys Hauptattraktion, lernen die drei das Mädchen Paninya kennen, die in der Stadt lebt und statt eines Arms und beider Beine Prothesen trägt.
Nachdem Ed und Al im fünften Forschungsinstitut die Wahrheit über den Stein der Weisen erfahren haben, gehen sie auf die Suche einer anderen Methode, um ihre ursprüngliche Körper zurückzuerhalten. Um eine solche Möglichkeit ausfindig zu machen, beschließen sie, Central City zu verlassen.
Besessen von dem quälenden Verdacht, dass seine Erinnerungen und seine Seele künstlich erzeugt wurden, läuft Al von Ed und Winry davon. Wie versteinert steht er an einer Straßenecke und lernt dort die Ishbarier-Kinder Rick und Leo kennen. Die beiden Brüder bringen Al zu einem geheimen Ishbarier-Lager, wo ihn eine Wiederbegegnung erwartet, mit der er nicht gerechnet hätte…
Ed erwacht schwer verwundet auf einem Krankenhausbett aus seiner Ohnmacht. Als Rüstung liegt ebenfalls halb zerstört in der Zimmerecke. Eds Gedanken kreisen nur um eines: Er war so nahe dran, den Stein der Weisen zu bekommen – und doch konnte er sich nicht überwinden, den letzten Schritt zu machen. Auch Al plagen nach seinem Kampf gegen Nr. 66 noch immer Zweifel an seiner eigenen Identität.
Dr. Marcoh ist ein ehemaliger Staatsalchemist, der Forschungen über den Stein der Weisen betrieben hatte und während des Ishbar-Bügerkriegs desertierte. Ed und Al besuchen ihn im Dorf Haidoo, in dem er jetzt als Arzt arbeitet. Ed bedrängt ihn, ihm seine alten Forschungsunterlagen zu zeigen.
Ed und Al sind zum East Hauptquartier gekommen, um an der Begutachtung der Qualifikation der Staatsalchemisten teilzunehmen. Ed versucht, Mustang mehr Infos zu den in Zenotaim gehörten Gerüchten über Dr. Marcoh zu entlocken, doch der Oberst hält sich bedeckt. Dann hat Ed eine Idee: Er fordert Mustang zu einem Scheingefecht auf, um an die begehrten Informationen zu gelangen.
Russel und Fletcher haben sich den Namen „Elric“ angeeignet und setzen ihre Forschungen über den Stein der Weisen fort. Mugwar befiehlt Russel, mittels einer bestimmen Methode den Stein der Weisen aus dem „roten Wasser“ zu synthetisieren. Doch da es den Brüdern nicht gelingt, werden sie in einen Kerker gesperrt.