Der Kampf zwischen Kabuto und den Brüdern Itachi und Sasuke geht weiter. Kabuto erzählt, wie viel er sich von Orochiumaru abgeguckt hat und Itachi stellt fest, dass er ihn immer nur imitiert hat, statt sein wahres, eigens Ich zu entdecken und anzuerkennen. Der Kampf beginnt und Itachi bereitet sich auf den Einsatz eines besonderen Genjutsus des Uchiha-Clans, mit dem Namen Izanami vor.
Narutos und Sasukes Kampf geht nun letztendlich in die letzte Runde und Sasuke gewinnt. Die Macht von Orochimaru, die durch das Fluch-Mal in ihm steckt, scheint doch wesentlich größer zu sein als Narutos Kraft des Neunschwänzigen Fuchses. Doch Sasuke spürt, dass trotz seines Sieges für ihn irgendwas schiefläuft, er hat keine Lust, sich von Orochimaru ‚fernsteuern‘ zu lassen – will aber dennoch dessen Kraft. Er lässt Naruto zurück, der kurz darauf von Kakashi und Pakkun gefunden wird.
Für Naruto sieht es im Kampf gegen Sasuke gar nicht gut aus. Doch dann schaltet sich plötzlich der Neunschwänzige Fuchs ein. Sasuke ist jedoch mit seinen Fähigkeiten noch lange nicht am Ende. Immerhin hat er durch das Fluch-Mal von Orochimaru ebenfalls Kräfte, die er Naruto entgegen setzen kann.
Das Team Kakashi ist ja inzwischen getrennt auf der Suche nach den Grabräubern, das heißt, noch sind Sakura und Sora Sakura zusammen, aber das ändert sich schnell, denn Sora macht sich plötzlich aus dem Staub. Für die ‚Einzelgänger‘ Sakura, Naruto und Sai gilt es nun, die verschiedensten Hindernisse zu überwinden, und das ist sehr schwierig, weil es sich um Fallen handelt, die über ein riesiges Gebiet verteilt sind. Die Fallensteller sind über jeden Schritt ihrer Verfolger informiert, das macht die ganze Sache noch gefährlicher…
Yamato und sein Team sind zusammen mit Chiriku und Sora vom Feuertempel den Grabräubern auf der Spur. Und tatsächlich finden sie sie. Doch tappen sie vielleicht in eine Falle? Die Gruppe teilt sich auf. Sai und Sakura, sowie Sora und Naruto bleiben zusammen und gehen in unterschiedliche Richtungen…
Shikamaru und die anderen Ausreißer finden Naruto bewusstlos auf der Turmspitze, der letzte Angriff war zu viel für ihn. Doch ihnen bleibt nicht lange Zeit, um sich die Wunden zu lecken: Sasuke ist wieder verschwunden. Zeitgleich müssen Minato und die anderen Dorfbewohner ihr Zuhause vor Angreifern beschützen, doch sind sie stark genug, um alle zu retten?
Neji ist zurückgeblieben und kämpft gegen die ANBU-Ne, um den anderen den Vorsprung zu sichern. Es sind nur noch zwei Angreifer übrig, doch die werden seine größte Herausforderung in diesem Kampf. Naruto arbeitet sich unterdessen weiter durch Orochimarus Turm, als er unerwartet von einem ANBU angegriffen wird.
Der Kampf gegen die ANBU-Ne ist in vollem Gange, als Naruto die Intention hinter dem Angriff versteht: Die Gegner wollen verhindern, Sasuke von der Begegnung mit Orochimaru abzuhalten. Können sie ihrem Freund nach dieser Erkenntnis noch zu Hilfe eilen, oder ist es schon zu spät?
Sasuke macht sich trotz des Verbots auf den Weg zu Orochimaru. Seine Freunde und sein Mentor versuchen ihn abzuhalten, doch vergebens. Naruto und die anderen haben kurz darauf ein Krisengespräch – sollen sie Sasuke auf seiner gefährlichen Reise folgen?
In Tsunades Traum ist Sasuke wegen seines großen Erfolgs nun zum Leutnant der Konoha-Polizei befördert worden.
Die drei Jinchuuriki und die Akatsuki-Mitglieder treffen aufeinander. Itachi nimmt sich vor, Akatsuki zurückzulassen. Als dann Fu auftaucht, verschwinden Sasori und Deidara.
Killer B träumt davon, Gaara zu befreien. Naruto befindet sich ebenfalls in Gefangenschaft.
Tenten hat ihren Platz in der neuen Welt immer noch nicht gefunden. Sie sucht Hilfe bei Kurenai. Doch auch das bringt sie nicht weiter. Kurz darauf lernt sie in einem Teehaus einen fremden Mann kennen, der ihre Situation ausnutzt und sie in eine Falle lockt.
Tenten, die unter dem Einfluss von Madaras aktiviertem Mugen Tsukuyomi steht, wacht plötzlich in ihrem Zimmer auf. Und irgendwie ist alles komplett anders als zuvor…
Als Madara das Mugen Tsukuyomi aktivieren will, kann Oonoki ihm nichts mehr entgegensetzen, da sein Chakra verbraucht ist…
Madara kommt in der Kamui-Dimension an, während Sakura wegen Obito auf dem Schlachtfeld zurückbleibt. Nun ist es Obito, der Madara gegenübersteht.
Nachdem Naruto Gai das Leben gerettet hat, kommt es zwischen Madara und Naruto zum Kampf. Dann kommt noch Sasuke dazu. Wird Madara das Geheimnis um die neuen Kräfte der beiden Jungen lüften?
Konohamaru trainiert angestrengt weiter, um Naruto aufzuholen. Dieser bleibt zwar stärker, ist aber beeindruckt von Konohamarus Fortschritt. So unterrichtet Naruto ihn weiter. Zwischendurch muss Naruto auf Trainingsreise und als das Dorf von Pain angegriffen wird, kommt Konohamarus große Stunde
Nach drei Jahren Training mit Jiraiya, kehrt Naruto endlich nach Konohagakure zurück. Dort wird er auch gleich von Sakura, Moegi, Udon und Konohamaru empfangen. Letzterer war so frei Narutos Bude rechtzeitig auf Vordermann zu bringen und hofft im Gegenzug darauf, dass Naruto ihm ein neues Jutsu beibringt. Naruto zeigt ihm dann auch das Rasengan. Da er aber einige wichtige Missionen zu bestreiten hat, muss Konohamaru zu sehen wie er ohne ihn klarkommt. Mit Hilfe seiner Freunde und des einen oder anderen Sexy Jutsu macht er aber große Fortschritte.
Naruto und Sasuke sind die Widergeburten von Hagoromos Söhnen, Ashra und Indra. Ihre Aufgabe ist nun klar, Madara aufhalten. Bevor sie eingreifen können, gibt Guy alles was er hat. Sogar sein letzter Angriff, der seinen sicheren Tod bedeutet, ist nicht stark genug, um Madara zu besiegen. Doch da erscheint endlich Naruto auf dem Schlachtfeld und kann Guy vor Madara retten.