Sumire ist noch immer verschwunden. Boruto, Sarada und Mitsuki machen sich auf den Weg, um nach ihr zu suchen. Dabei finden sie diese ohnmächtig am Boden auf. Ihr gegenüber stehen zwei umhüllte Gestalten. Als die beiden ihre Maske fallen lassen, kommen zwei vertraute Gesichter zum Vorschein: Karin und Suigetsu. Als Sumire wieder zu sich kommt, lüftet sie ein dunkles Geheimnis.
Nicht nur Jugo ist mit einem Fluchmal gebrandmarkt, sondern auch die Vögel des Waldes. Dank einem Medikament kann Jugo seine Verwandlung in ein Monster unterbinden. Doch das Mittel schwächt ihn zunehmend, sodass er mehr Zeit benötigt, um die Vögel von ihrem Fluchmal zu retten. Als sich Jugo erneut in das Monster verwandelt, wird er von einem Forschungsteam außer Gefecht gesetzt und festgenommen.
Boruto und Sarada haben Jugo verfolgt und dabei eine schreckliche Entdeckung gemacht: Er ist das Monster, welches im Wald sein Unwesen treibt. Aufgrund eines Fluchmales verwandelt sich Jugo in eine unaufhaltsame Bestie. Doch in welchem Zusammenhang steht das Fluchmal mit dem seltsamen Verhalten der Waldvögel?
Das Team 7 wird zusammen mit Team 15 zu einem Einsatz geschickt. Anlass der Mission ist das ungewöhnliche Verhalten von Waldvögeln. Um der Ursache nachzugehen, bekommen sie tatkräftige Unterstützung von dem Ornithologen Herrn Tosaka.
Shikadai plagt das schlechte Gewissen. Er war erneut nicht in der Lage, bei einer Mission sein „Schattenfesseln-Jutsu“ anzuwenden. Sein Scheitern beschäftigt ihn so sehr, dass er sich über den Rat des Ältesten des Nara-Clans, eine Karriere in der Politik anzustreben, tatsächlich Gedanken macht.
Das Team 15 stellt sich im Kampf gegen Kunsträuber. Als Namida dabei verletzt wird, kann sie ihre Emotionen nicht mehr zurückhalten, sodass sie unkontrolliert ihr starkes „Heul-Jutsu“ anwendet. Die Räuber konnten zwar in die Flucht geschlagen werden, jedoch musste auch ihr Team unter der Attacke leiden. Um dieses bei künftigen Missionen nicht mehr in Gefahr zu bringen, möchte sie ein anderes Jutsu perfektionieren.
Sarada zeigt sich verständnisvoll, als ihre Mutter am Eltern-Kind-Tag keine Zeit für sie hat. Ausgerechnet ihr Vater, zu dem sie keine enge Beziehung pflegt, sucht sie auf und möchte den Tag mit ihr verbringen. Um seine Tochter besser zu verstehen, macht er jedoch keine sonderlich gute Figur.
Bando, der sich auf der Insel auskennt, ist stets schneller und stellt Naruto und seine Gefährten ein ums andere Mal eine Falle. Doch dann gelangt er ins berüchtigte Höllental und gerät selbst in Schwierigkeiten.Noch immer befindet sich Naruto auf seiner Reise zur paradiesischen Insel, wo er von Killerbeat lernen soll, den Neunschwänzigen in sich zu zähmen. Durch schweren Seegang leidet fast die gesamte Mannschaft an der Seekrankheit, und so beschließen sie, auf der Insel der sieben Kräuter Rast zu machen, bis es Guy, den es am schlimmsten getroffen hat, wieder besser geht. Dort trifft Naruto unerwarteter Weise auf Sakura, die mit Ino und Choji von Tsunade auf die Insel geschickt wurde, um Kräuter und andere Heilmittel zu sammeln, die für die Shinobi, die im bevorstehenden Krieg kämpfen, bestimmt sind. Naruto erklärt sich bereit zu helfen. Kurz darauf macht er Bekanntschaft mit Bando, einem Shinobi aus einer neutralen Inselgruppe, zu der auch diese Insel gehört. Zusammen mit seinen Gefährten hat er bereits die meisten Kräuter eingesammelt, um sie an den Höchstbietenden zu verkaufen. Als Naruto entscheidet, lieber an einer anderen Stelle zu suchen statt Geld auszugeben, kommt es zu einem Wettstreit.
Doch zuvor gibt es Schwierigkeiten mit der Mannschaft des gecharterten Bootes. Sie weigert sich, auch nur einen Fuß aufs Wasser zu setzen. Denn im offenen Meer vor der Küstenstadt lauert angeblich ein Seeungeheuer. Naruto begibt sich zusammen mit Yamato und Guy nach Kumo-Gakure, um von dort aus auf eine Insel zu gelangen. Hier soll er mit Hilfe von Killerbeat versuchen, den Neunschwänzigen unter Kontrolle zu bekommen. Gleichzeitig versucht Tsunade auf diese Weise, die beiden Bijuu-Geister vor den Feinden, den Akatsuki, zu schützen. Guy und Aoba untersuchen die Lage und tatsächlich: ein gigantischer Schwertfisch befindet sich in den Gewässern, offenbar ein von einem Ninja während des Dritten Großen Ninja-Krieges herbeigerufenes, magisches Wesen. Naruto rettet einen Fischer namens Yusuke, der den Fisch unbedingt töten will. Denn dieser hat seinen Vater auf dem Gewissen, der bei der Jagd nach dem Fisch starb. Naruto und die anderen Shinobi beschließen, dem Fischer zu helfen
Mitsuki hat Kuu verraten und ihn schwer verletzt. Zu keiner Zeit hatte er vor, ihm das Herz zu überlassen. Kuu schwört aber Mitsuki zu töten. Sekiei sieht in ihm nur einen Verräter und greift an. Mit traurigen Konsequenzen. Boruto und Sarada stehen erneut Kirara im Kampf gegenüber. Und Kuu? Der hat sich ein anderes Herz gestohlen und sinnt auf Rache.
Während Boruto und seine Kameraden alles dafür tun, Kuu und seine Gefolgschaft aufzuhalten, leitet dieser bereits die nächsten Schritte ein. Denn er, der erste künstliche Mensche, will auch das erste Herz erhalten. Oonoki hat einen großen Fehler gemacht. Doch können er und die Ninja aus Konoha überhaupt noch etwas tun? Denn Mitsuki ist bereits auf dem Weg zum künstlichen Herz.
In Iwagakure werden Oonoki und die Ninja aus Konoha erstmal festgesetzt. Kuu und seine Gefolgschaft haben das Dorf vollständig eingenommen. Oonoki ist entsetzt, dass Kuu sich nicht an die Abmachung hält. Doch Shikadai ist zur Stelle und gemeinsam mit seinem Team knüpft er sich Kokuyo vor. Währenddessen sehen sich Boruto und Sarada mit der sadistischen Kirara und ihrem Blick konfrontiert.
Oonoki hofft nach wie vor auf Borutos Verständnis. Er hält Mitsuki für den perfekten künstlichen Menschen, wie geschaffen für seine Experimente. Boruto ist hin und her gerissen. Er weiß genau, dass Mitsuki eindeutig einen eigenen Willen besitzt. Er will seinen Freund beschützen. Währenddessen läuft Kuu die Zeit davon. Unter allen Umständen wollen sie ihren Plan in die Tat umsetzen.
Nachdem Boruto sich bei der Suche nach seinem Stein des Willens beweisen konnte, kann er sich nun wieder voll und ganz seiner selbst auferlegten Mission widmen: Was sind Oonokis Pläne mit Mitsuki und wo steckt dieser? Oonoki bringt Boruto an einen ganz besonderen Ort um ihm seine Zukunftsvision zu erklären. Aber ob er mit dieser Geschichte beim aufbrausenden Boruto auf Verständnis stößt?
Um der Sanzu-Ebene endlich zu entkommen, sucht Boruto noch immer verzweifelt nach seinem Stein des Willens. Dann erscheint auch noch Sekki, der an den letzten Chunin-Auswahlprüfungen teilgenommen hatte. Auch er ist gekommen um sein Stein des Willens zu finden. Da aber sowohl Boruto als auch Sekki große Schwierigkeiten mit dieser Aufgabe haben, mischt sich Oonoki schließlich ein.
Boruto und Oonoki haben es beinahe zum Treffpunkt geschafft, als sich ihnen doch noch ein Hindernis in den Weg stellt: die Sanzu-Ebene! Der Trainingsplatz Iwagakures, dem man nur entkommen kann, wenn man seinen ganz persönlichen „Stein des Willens“ findet. Aber was genau ist das? Solange Boruto das nicht herausfindet, sitzen er und Oonoki fest. Mitsuki hingegen trifft endlich auf Meister Kuu.
Was führt Oonoki nur im Schilde? Jedenfalls nichts Gutes, soviel steht fest. Boruto verlangt Antworten vom dritten Tsuchikage. Antworten auf die Fragen zu den jüngsten Vorkommnissen in Konoha und Iwagakure, aber auch in Bezug auf Mitsukis Verbleib. Doch Oonoki ist keine große Hilfe. Stattdessen entbrennt ein Kampf und Boruto und seine Kameraden werden getrennt. Jeder ist nun auf sich gestellt.
Boruto, mittlerweile wieder auf den Beinen, und seine Freunde schreiten weiter voran in Richtung Erdreich. In Iwagakure angekommen, machen sie sich auf die Suche nach Oonoki, dem dritten Tsuchikage. Doch sie treffen zunächst nicht auf ihn, sondern auf dessen Begleiter Akatsuchi, nicht ahnend, dass sie bereits beobachtet werden. Irgendetwas scheint faul zu sein …auch der vierten Tsuchikage fehlt.
Der sichtlich vom letzten Kampf gezeichnete Boruto ist noch immer bewusstlos und Sarada und Shikadai beraten über das weitere Vorgehen. Sollen sie nun nach Konoha zurückkehren? Zweiteres wäre in jedem Fall mit weiteren unvorhersehbaren Gefahren verbunden. Aus diesem Grund begeben sich Inojin und Chocho auf Erkundungsmission und stoßen auf etwas seltsam Vertrautes.