Boruto und seine Freunde sind passionierte Sammler der Ultra-Shinobi-Karten. Diese sind so beliebt, dass die erste Auflage innerhalb kürzester Zeit vergriffen war. Doch nun gibt es Nachschub und das lassen sich Boruto, Shikadei und Metal natürlich nicht entgehen.
Shikadai wurde inzwischen zum Chunin befördert und bekommt seinen ersten Auftrag. Zusammen mit Boruto, Iwabee und Wasabi, soll er eine seltene Blume finden, die nur alle paar Jahre einmal blüht. Das Team muss sich allerdings beeilen, denn sie sind nicht die einzigen, die hinter der außergewöhnlichen Pflanze her sind …
Naruto und Shikamaru versuchen, einen passenden Kandidaten für die Position des Chunin zu bestimmen. Dafür begutachten sie die Prüfungsergebnisse noch einmal ganz genau an. Doch es kommt nicht nur auf gute Leistungen an – der Chunin muss sich schließlich auch unter Druck beweisen können.
Mirai und die anderen Mädchen unterziehen sich einem Ritual, um ihre verstorbenen Verwandten wiederzusehen. Dieses wird von dem mysteriösen Kult-Anführer Ruyki angeleitet und Mirai beginnt, an dessen Vertrauenswürdigkeit zu zweifeln.
Mirai und Tatsumi wollen mithilfe der mysteriösen heißen Quelle ihre verstorbenen Elternteile kontaktieren. Vor Ort treffen sie auf weitere Menschen, die den gleichen Plan haben – und tatsächlich gelingt es Ruyki scheinbar, eine Verbindung zu den Toten herzustellen.
Mirai und ihre Freunde wollen die heißen Quellen besuchen, die angeblich Tote wieder zum Leben erwecken können. Diese werden jedoch von einem großen Felsbrocken blockiert. Kakashi wendet sich hilfesuchend an Choji, der den jungen Leuten Hilfe verspricht – doch er muss erst noch ein wenig Kraft tanken …
Nun denkt sich Guy einen neuen Trick aus Die Faust der Seekrankheit, und sie besteigen das Boot. Denn die kann man nur erlernen, wenn man wirklich seekrank ist. Plötzlich kann Lee sich wieder daran erinnern, was passiert ist.Lee träumt, er würde gegen Madara kämpfen, um Guy aus dessen Händen zu befreien. Dabei erlangt er durch den Trank aus einer Flasche Guys ungeheure Kräfte und eine nie dagewesene Schnelligkeit. Als er aus dem Traum erwacht, denkt er über seine Ausbildung nach und daran, dass er stärker werden will, als Naruto. Das muss doch auch ohne Guys Trank gehen. Plötzlich sieht er Boot. Guy denkt inzwischen, obwohl er seekrank ist, an das gemeinsame Visualisierungstraining, und will Lee verheimlichen, dass er in einem Restaurant Schaden angerichtet hat. Bei diesem Training soll sich Lee unter Vögel mischen, aber das mißlingt. Dann soll er sich wie eine Schlange im Sand bewegen, aber sie können sich gerade noch retten, bevor sie verschüttet werden.
Während das Schiff vor einer Insel liegt, wird Guy von einem riesigen Vogel entführt. Nun gilt es, ihn aus dessen Fängen zu befreien. Alle gehen an Land und machen sich auf die Suche. Plötzlich treffen sie auf eine geheimnisvolle junge Frau, die aber vor ihnen wegläuft. Aoba folgt ihr, und kommt in ein Haus, in dem er ein Buch mit Aufzeichnungen findet, die sehr bedeutsam sind. Die Insel nennt sich „Insel des vertrauten Geistes,“ und Forscher sind dort hingekommen, weil auf ihr sehr viele unterschiedliche Wesen existieren, mit denen man experimentieren kann, um besondere Wesen für das Jutsu des vertrauten Geistes zu erschaffen. Die Nachfrage von Seiten der Shinobi ist nämlich groß. Und schon bald stößt man auf riesige Exemplare. Eins von ihnen hat auch Guy entführt, der aber aus dessen Krallen gerettet werden kann. Nun wollen alle natürlich mehr erfahren und geraten dabei in einen Vulkan. Hier sehen sie das Ergebnis der Forschung: ein riesiges Monster mit unstillbarem Appetit
Auch Gaara und die Biju wollen gegen Madara helfen. Son Goku fragt Gaara, ob er ebenfalls ein Freund Narutos ist. So erzählt Gaara, was Naruto für ihn bedeutet. Wie sie sich getroffen haben, wie Naruto ihn besiegt hat und wie sich Gaara veränderte. Naruto wurde zu Gaaras Freund. Zu seinem ersten Freund.
Naruto schafft es, dass sich Obito an die Vergangenheit erinnert und an die Freunde die er hatte. Es gelingt ihm, Obito von seinem Vorhaben abzubringen und so kann die Allianz das böse Chakaa aus ihm herausziehen.Sasuke eilt zu dem geschwächten Obito, um ihn zu töten, doch Kakashi kommt ihm zuvor. Aber auch dieser wird aufgehalten, von Minato. Er erklärt, was an Obitos und Narutos Wegen so unterschiedlich ist. Währenddessen kommt Naruto dem ersten Hokage zu Hilfe, der noch immer gegen Madara kämpft
Boruto und Sarada haben Jugo verfolgt und dabei eine schreckliche Entdeckung gemacht: Er ist das Monster, welches im Wald sein Unwesen treibt. Aufgrund eines Fluchmales verwandelt sich Jugo in eine unaufhaltsame Bestie. Doch in welchem Zusammenhang steht das Fluchmal mit dem seltsamen Verhalten der Waldvögel?
Das Team 7 wird zusammen mit Team 15 zu einem Einsatz geschickt. Anlass der Mission ist das ungewöhnliche Verhalten von Waldvögeln. Um der Ursache nachzugehen, bekommen sie tatkräftige Unterstützung von dem Ornithologen Herrn Tosaka.
Shikadai plagt das schlechte Gewissen. Er war erneut nicht in der Lage, bei einer Mission sein „Schattenfesseln-Jutsu“ anzuwenden. Sein Scheitern beschäftigt ihn so sehr, dass er sich über den Rat des Ältesten des Nara-Clans, eine Karriere in der Politik anzustreben, tatsächlich Gedanken macht.
Das Team 15 stellt sich im Kampf gegen Kunsträuber. Als Namida dabei verletzt wird, kann sie ihre Emotionen nicht mehr zurückhalten, sodass sie unkontrolliert ihr starkes „Heul-Jutsu“ anwendet. Die Räuber konnten zwar in die Flucht geschlagen werden, jedoch musste auch ihr Team unter der Attacke leiden. Um dieses bei künftigen Missionen nicht mehr in Gefahr zu bringen, möchte sie ein anderes Jutsu perfektionieren.
Sarada zeigt sich verständnisvoll, als ihre Mutter am Eltern-Kind-Tag keine Zeit für sie hat. Ausgerechnet ihr Vater, zu dem sie keine enge Beziehung pflegt, sucht sie auf und möchte den Tag mit ihr verbringen. Um seine Tochter besser zu verstehen, macht er jedoch keine sonderlich gute Figur.
Aufgrund des Eltern-Kind-Tages findet ein Wettessen statt, bei dem auch Kinder antreten dürfen – dies lässt sich Chocho nicht entgehen. Sie tritt gemeinsam mit ihrem Vater Chouji an. Letzterer hofft, mit dem Gewinn die Gunst seiner Frau zurückzugewinnen. Schnell hat das Vater-Tochter-Team die erste Runde überstanden. Allerdings müssen die beiden feststellen, dass sie es fortan mit einer starken Konkurrenz zu tun haben.
Der Eltern-Kind-Tag, ein neuer Feiertag in Konoha, löst Freude bei Himawari aus. Sie möchte unbedingt mit ihrem Vater Naruto einkaufen gehen, um einen Spielzeug-Fuchs zu ergattern. Schnell erkennen die beiden, dass es wohl nicht so einfach ist, an eines dieser begehrten Spielzeuge zu gelangen.
Die Katastrophe in Iwagakure konnte gerade noch verhindert werden. Boruto und seine Kameraden kehren nach Oonokis Tod mit Mitsuki nach Konohagakure zurück. Dort müssen sie sich den Konsequenzen stelle. Auch wenn der Alltag so langsam wiederkommt – die vergangenen Ereignisse sind an keinem vorrübergegangen und als Mitsuki erneut das Dorf verlassen will, muss Boruto, Team 7 wieder vereinen.