Ein gesuchter Juwelendieb schafft es, mit seiner Beute unterzutauchen, und alles was zurückbleibt, ist ein kleines Kätzchen. Nichtsahnend nimmt Mitsuki das scheinbar heimatlose Tier bei sich auf. Doch schon bald stellt sich heraus, dass die Katze eine Verbindung zu dem gesuchten Verbrecher hat …
Jugo geht aus dem Kampf mit Tosaka gestärkt hervor, was ihn nahezu unbezwingbar macht. Boruto hat sich fest vorgenommen, Jugo zu besiegen – doch dafür muss er alles riskieren. Karin und Sarada haben derweil andere Sorgen …
Tosaka offenbart seine wahren Absichten: Er setzt Jugo für zwielichtige Zwecke ein und möchte so eine absolute Fluchmal-Waffe erschaffen. Derweil müssen sich Sarada, Sumire und auch Karin in einem Kampf gegen starke Zwillinge beweisen, die sich absichtlich mit dem Fluchmal infiziert haben.
Sumire ist noch immer verschwunden. Boruto, Sarada und Mitsuki machen sich auf den Weg, um nach ihr zu suchen. Dabei finden sie diese ohnmächtig am Boden auf. Ihr gegenüber stehen zwei umhüllte Gestalten. Als die beiden ihre Maske fallen lassen, kommen zwei vertraute Gesichter zum Vorschein: Karin und Suigetsu. Als Sumire wieder zu sich kommt, lüftet sie ein dunkles Geheimnis.
Nicht nur Jugo ist mit einem Fluchmal gebrandmarkt, sondern auch die Vögel des Waldes. Dank einem Medikament kann Jugo seine Verwandlung in ein Monster unterbinden. Doch das Mittel schwächt ihn zunehmend, sodass er mehr Zeit benötigt, um die Vögel von ihrem Fluchmal zu retten. Als sich Jugo erneut in das Monster verwandelt, wird er von einem Forschungsteam außer Gefecht gesetzt und festgenommen.
Boruto und Sarada haben Jugo verfolgt und dabei eine schreckliche Entdeckung gemacht: Er ist das Monster, welches im Wald sein Unwesen treibt. Aufgrund eines Fluchmales verwandelt sich Jugo in eine unaufhaltsame Bestie. Doch in welchem Zusammenhang steht das Fluchmal mit dem seltsamen Verhalten der Waldvögel?
Das Team 7 wird zusammen mit Team 15 zu einem Einsatz geschickt. Anlass der Mission ist das ungewöhnliche Verhalten von Waldvögeln. Um der Ursache nachzugehen, bekommen sie tatkräftige Unterstützung von dem Ornithologen Herrn Tosaka.
Shikadai plagt das schlechte Gewissen. Er war erneut nicht in der Lage, bei einer Mission sein „Schattenfesseln-Jutsu“ anzuwenden. Sein Scheitern beschäftigt ihn so sehr, dass er sich über den Rat des Ältesten des Nara-Clans, eine Karriere in der Politik anzustreben, tatsächlich Gedanken macht.
Urashiki spürt Boruto, Shinki und Shukaku auf, bevor diese Konoha erreichen können. Nachdem den Ninjas die Flucht gelingt, suchen sie nach einer Möglichkeit, um Hilfe zu rufen. Naruto schlägt vor, Gojo und Isago aufzusuchen, die Zugriff auf ein Funkgerät haben. Als sie das Haus der beiden erreichen, steht ihnen jedoch eine unschöne Überraschung bevor …
Shinki nimmt den Kampf gegen eine Puppe auf, gerät allerdings schon bald in Bedrängnis. Boruto, Temari und Shikadai erreichen ihn gerade noch rechtzeitig. Während Shinki sich weiter seinem Auftrag widmet, stellen sich die anderen Ninjas ihrem Feind in den Weg. Doch selbst zu dritt müssen sie all ihre Kräfte aufbieten, um gegen die mächtige Marionette zu bestehen.
Kankuro stellt sich den Marionetten, muss jedoch feststellen, dass seine Feinde stärker sind, als erwartet. Boruto und Shinki befinden sich indes weiterhin auf dem Weg nach Konoha. Als die beiden eine Explosion aus Kankuros Richtung vernehmen, beschließt Boruto seinem Kameraden zu Hilfe zu eilen und kehrt allein um.
Boruto erhält von Gaara den Auftrag, Shukaku nach Konoha zu bringen. Gemeinsam mit Shinki und Kankuro machen sie sich auf den Weg, werden aber schon bald von Feinden attackiert – gegen die Kankuro allein bestehen möchte.
Boruto nimmt dem Falken von Sasuke eine Nachricht ab, um herauszufinden, wo dieser sich befindet. Er schleicht sich aus dem Dorf, um zu ihm zu gelangen. Als Boruto sich auf der Reise verletzt, wird er von dem Mädchen Isago gerettet – und muss ihr und ihrem Vater schon bald gegen eine Bande Krimineller beistehen. Erst dann kann er seinen Weg zu Sasuke fortsetzen.
Während der Hochzeitszeremonie befreit Kankitsu das Monster Soma aus seinem Gefängnis. Boruto und Konohamaru erscheinen gerade rechtzeitig, um den Kampf mit dem Ungetüm aufzunehmen. Zusammen mit Reno versuchen sie, Soma erneut einzusperren.
Konohamaru wird wegen Kankitsus in Konoha unter Hausarrest gestellt. Boruto und Akasi versuchen Kankitsu davon abzuhalten, den nächsten Schritt seines Planes durchzuführen. Um ihn zu stoppen, benötigt Boruto allerdings Konohamarus Hilfe.
Boruto und Konohamaru erfahren, dass Remon bald ihren Verlobten Kankitsu heiraten wird. Die beiden Ninjas finden heraus, dass hinter der Hochzeit mehr steckt als zunächst gedacht. Auf Drängen von Remons Bediensteter Asaki hin, stellen sie weitere Nachforschungen an – bis Asaki plötzlich verschwindet.
Konohamaru kommt in einem Dorf einer Frau namens Remon zu Hilfe – diese wird von seltsamen Männern verfolgt und belästigt. Damit sie die Besichtigung des Ortes weiter fortsetzen kann, beschließen Boruto und Konohamaru sie zu beschützen.
Die Mitglieder des Team 25 sind durch mehrere vermasselte Missionen in Ungnade gefallen. Nun sollen sie in einer Postfiliale aushelfen, doch auch dabei bricht schnell Chaos aus. Als sie einen Überraschungsbesuch bekommen, müssen sich Hoki, Hako und Renga endlich zusammenreißen, um erfolgreich zusammenzuarbeiten.
Doch dann lehnen sich seine Doppelgänger gegen ihn auf und gehen in den Streik. Sie nehmen Naruto gefangen und setzen den Rest der Mannschaft auf einer Insel aus. Noch immer befindet sich Naruto auf seiner Reise zur paradiesischen Insel. Während eines Sturms verrichten seine Schattendoppelgänger die meiste Arbeit. Naruto schindet sie bis zur Erschöpfung. Bei einem kläglichen Versuch, Naruto zu befreien, wird Guy gefangen genommen. Erst Yamato gelingt es durch ein Ablenkmanöver, die Schattendoppelgänger hinters Licht zu führen. Doch auch sein Plan geht schief. Nun ist die ganze Mannschaft den Doppelgängern ausgesetzt. Alles was diese verlangen, ist ein bisschen Respekt. Doch Naruto sieht sie nur als Diener, die seine Befehle zu befolgen haben. Mit einem weiteren Jutsu der tausend Schattendoppelgänger versucht er sich Hilfe zu holen. Doch auch diese stellen sich gegen ihn. Gerade als vier der Doppelgänger versuchen, ihn zu vernichten, erwacht er aus seiner Ohnmacht. Es stellt sich heraus, dass Naruto von einem seiner Doppelgänger gerettet wurde, als sich eine Seilwinde vom Mast des Schiffes löste und ihn beinahe traf. Was er erlebt hat, war der Traum seines Retters. Als dieser sich auflöste, weil er von der Winde getroffen wurde, ging sein Traum auf Naruto über und nahm einen Teil der Wirklichkeit ein.
Auf der Seereise in das Reich der Blitze legt das Team Yamato mit seinem Schiff in Kumo-Gakure an, um für die zweiwöchige Fahrt auf dem Seeweg der Stille genug Proviant an Bord zu schaffen. Diese Route ist geheimnisumwittert, denn wenn man sich einmal dort befindet, gibt es kein Zurück mehr. Alle sind an Land gegangen, um einzukaufen, auch Naruto. Und der lässt sich kurz vor dem Ablegen noch einen Pilz andrehen, der sich angeblich schnell vermehrt. Dass er giftig ist, merken alle erst, als sie auf hoher See sind. Nun wird es ungemütlich, denn die Pilze vermehren sich nicht nur sehr, sie sind auch so giftig, dass sie alle Lebensmittel und Wasservorräte an Bord zerstören. Es beginnt ein Kampf gegen den Hunger. Guy entschließt sich dann, die Pilze zu essen, bevor er verhungert. Naruto warnt ihn anfangs noch, aber als er sieht, dass alles gut geht, isst er auch welche. Es wird die reinste Fressorgie, aus der ein unkontrolliertes Gerangel zwischen den beiden entsteht. Als alle das Schlimmste überstanden haben, stellt sich heraus, dass der Mann, der Naruto den ersten Pilz geschenkt hat, mit seinen Leuten an Bord ist. Es sind nämlich Piraten. Plötzlich sind alle hellwach!