Boruto nimmt dem Falken von Sasuke eine Nachricht ab, um herauszufinden, wo dieser sich befindet. Er schleicht sich aus dem Dorf, um zu ihm zu gelangen. Als Boruto sich auf der Reise verletzt, wird er von dem Mädchen Isago gerettet – und muss ihr und ihrem Vater schon bald gegen eine Bande Krimineller beistehen. Erst dann kann er seinen Weg zu Sasuke fortsetzen.
Die Ninjas hecken einen Plan aus, um zusammen mit Kokuri aus dem Gefängnis auszubrechen, bevor ihr Freund in den anderen Zellenblock verlegt wird. Dafür müssen sie jedoch zunächst das Jutsu brechen, das ihr Freund bei seiner Einlieferung ins Schloss erhalten hat – und das stellt sich als gar nicht so einfach heraus. Als dann auch noch Kedama die Ausbruchspläne der Shinobi mitbekommt, wird die Sache noch komplizierter.
Boruto und Mitsuki versuchen in Erfahrung zu bringen, wo Kokuri das Geld von der Mujina-Bande verstaut hat. Da dieser sich weigert seinen Mithäftlingen zu verraten, wo sich das Diebesgut befindet, greifen die Ninjas mit Saradas Hilfe zu einer List. Währenddessen will auch Oberaufseher Benga mehr über Kokuris Geheimnis herausfinden – und schreckt dabei vor Gewalt nicht zurück.
Oberaufseher Benga ordnet einen Lockdown des gesamten Gefängnisses an, bis der Dieb der hölzernen Karte – und damit auch Kokuris Angreifer – gefunden wurde. Boruto und Mitsuki kombinieren, dass sich der Täter mit ihnen in einer Zelle befinden muss und machen sich daran, alles zu durchsuchen. Allerdings ist nicht jeder ihrer Mithäftlinge von dem Plan begeistert und so mancher verhält sich äußert verdächtig …
Nachdem Kokuri von einem mysteriösen Mann angegriffen wurde, wollen Boruto und Mitsuki besser für seine Sicherheit sorgen. Mit Saradas Hilfe versuchen sie, ihren Schützling in die eigene Zelle verlegen zu lassen, doch Oberaufseher Benga stellt sich quer. Boruto möchte deshalb in Erfahrung bringen, wie er gegen ihn vorgehen kann – für diese Information muss er jedoch erst einmal einen gefährlichen Test der Willensstärke bestehen.
Boruto und Mitsuki werden mit einer neuen Mission betraut: Sie sollen im Shinobi-Gefängnis Hozuki einen Gefangenen beschützen, der wichtige Informationen über eine kriminelle Bande besitzt. Die beiden Ninjas geben sich deshalb als Verbrecher aus und werden ebenfalls hinter Gitter gesteckt. Dort müssen sie nicht nur ihre Aufgabe ausführen, sondern bekommen es auch mit ihren Mitgefangenen und fiesen Aufsehern zu tun.
Inojin möchte lernen, sein Jutsu der Geistesübertragung besser einzusetzen, nachdem es ihm in einer gefährlichen Situation misslungen ist. Chocho und seine Eltern Ino und Sai bieten ihm dafür ihre Hilfe an. Als Inojin es während des Übens allerdings wieder nicht schafft, das Jutsu korrekt auszuführen, endet das Training in einer dramatischen Situation …
Enko von Team 40 gelingt es nicht, ihre Wut zu kontrollieren. Immer wieder rastet sie aus und bringt dabei nicht nur sich selbst, sondern auch ihre Freunde Doshu und Tsuru in Gefahr. Die beiden wollen ihr beistehen, müssen aber erst einmal lernen, mit der eigenen Angst vor ihrer Teamkollegin umzugehen. Boruto und seine Freunde wollen sie dabei unterstützen, allerdings wird Enko währenddessen eine neue Aufsichtsperson zugeteilt – und diese ist ein berüchtigter Folterer.
Hiashis Geburtstag steht an und seine Familie möchte eine große Feier für ihn veranstalten. Doch Boruto ist sich unsicher, was er seinem Großvater zu diesem Ehrentag schenken soll. Hilfesuchend wendet er sich an seine Freunde … (
Sumire wird in ein Forschungsteam versetzt, worüber ihre Teamkollegen untröstlich sind. Doch es gibt bereits Ersatz für das Mädchen – eine Samurai aus dem Eisenreich. Ihr Zusammentreffen mit den Shinobi verläuft jedoch nicht gerade rund und es kommt schon bald zu Konflikten.
Nach dem Kampf gegen Urashiki können Boruto und Sasuke endlich wieder in ihre eigene Zeit zurückreisen. Doch zuvor muss die Erinnerung an die beiden erst aus den Gedächtnissen der Dorfbewohner gelöscht werden.
Boruto, Naruto und Jiraiya kämpfen weiterhin gegen Urashiki und stehen kurz vor dem Sieg. Doch dann greift der Otsutsuki plötzlich zu einem unerwarteten Mittel und verwandelt sich in ein noch viel stärkeres Wesen. Zusammen müssen die Ninjas nun all ihre Kräfte aufbringen, um den Feind endgültig zu stoppen.
Boruto, Naruto, Jiraiya und Sasuke stehen Urashiki ein weiteres Mal im Kampf gegenüber. Und sie scheinen dem Otsutsuki weit unterlegen zu sein, denn dieser behauptet, in die Zukunft blicken und so jeden ihrer Schritte vorhersehen zu können. Um dem Bösewicht vorerst zu entkommen, opfert sich Sasuke für sein Team.
Das Vater-Sohn-Training geht weiter und Boruto möchte noch mehr über die Bewohner Konohas erfahren – vor allem darüber, was mit dem Vergangenheits-Sasuke passiert ist. Währenddessen beginnt Jiraiya an der Geschichte von Boruto und Sasuke aus der Zukunft zu zweifeln und stellt den älteren Ninja zur Rede. Gemeinsam überlegen sie sich schließlich einen Schlachtplan für den nächsten Angriff von Urashiki.
Naruto ist immer noch auf hoher See und träumt vor sich hin plötzlich kriecht ein Marienkäfer in seine Nase. Sofort werden Erinnerungen wach. Käfer? Da war doch mal einer mit seinen Insekten, der trotz seiner besten Waffe immer große Angst vor einem Nahkampf hatte, weil er wusste, dass diese in diesem Fall wirkungslos waren. Aber wer, fällt Naruto im Moment nicht ein. Nach einem verlorenen Kampf gegen einen Räuber, der seine Schwäche erkannte, ist Shino am Boden zerstört, und Team 8 droht auseinander zu fallen. Aber Teamführererin Kurenai erteilt Kiba und Hinata den Befehl, Shino wiederaufzubauen und mit ihm zusammen zu trainieren. Das gelingt auch nach anfänglichen Schwierigkeiten. Shino wird immer besser, das Vertrauen untereinander wiederhergestellt und Team 8 macht sich auf die Suche nach dem Räuber. Diesmal endet der Kampf mit einem Sieg. Kameradschaft ist eben doch sehr wichtig! Aber kannte Kurenai nicht schon vorher den Räuber, und alles war nur ein Test?
Shizuka versucht nun, ihr Schicksal anzunehmen und sich dem Gesetz des Dorfes zu fügen. Auch wenn sie einst einen Kaufmann liebte, der von den Bewohnerinnen ihres Dorfes umgebracht wurde, weil er nicht gegen sie kämpfen wollte. Und genau das will Naruto auch nicht. Er versucht, sie zu überreden, das Gesetz des Dorfes zu brechen und sich darüber hinweg zu setzen. Doch er hat die Rechnung ohne Kukuyu gemacht. Shizuka gewinnt mit Leichtigkeit und Naruto muss sich nicht einmischen. Doch dann erfährt er, was es mit dem mysteriösen Kampf auf sich hatte derjenige, der Shizuka in einem Duell besiegt, kann sie zur Frau nehmen. So will es das Gesetz des Dorfes. Und nicht nur das: Shizuka hat sich ausgerechnet Naruto ausgesucht, um sich mit ihm zu duellieren. Denn einst hatte ihre Mutter sich mit Narutos Meister Jiraiya duelliert, allerdings ohne, dass es einen Sieger gab. Damals gelobten beide, dass einst ihre Schüler den Kampf beenden würden.:Auf seiner Reise wird Naruto Zeuge eines Kampfes zwischen Shizuka, der Anführerin eines Dorfes, in dem nur Frauen leben, und ihrem Verehrer Kukuyu, dessen Ziel es ist, Shizuka zur Frau zu nehmen, und damit auch über das Dorf zu herrschen. Dazu benutzt er roboterartige Puppen, die er wie Marionetten bedient.
Boruto stellt Nachforschungen zu Meister Jiraiya an, der seinen Vater einst unterrichtet hat. Der mächtige Sannin war nicht nur ein hervorragender Kämpfer, sondern auch erfolgreicher Autor. Sein Buch „Flirt-Taktiken“ möchte Boruto nun unbedingt lesen. Doch Naruto ist strikt dagegen, weswegen sich sein Sohn zusammen mit Sarada heimlich auf die Suche nach dem alten Schmöker begibt.
Naruto nimmt Shukaku bei sich auf, dieser jedoch ist davon gar nicht begeistert. Vor allem, weil er nun unter einem Dach mit Kurama leben muss, dem Bijuu, der sich in Naruto befindet. Zu allem Überfluss will sich auch noch Borutos Schwester Himawari mit dem Einschwänzigen anfreunden. Erst als er erfährt, dass das Mädchen scheinbar eine ungeheure Macht besitzt, zeigt er Interesse an ihr.
Boruto hält die Stellung und kämpft weiterhin gegen Urashiki. Währenddessen gelingt es Shinki mit Shukaku zu entkommen und diesen erfolgreich im Feuerreich abzuliefern. Danach kehrt er jedoch zurück, um Boruto im Kampf beizustehen. Denn selbst zu zweit sind die beiden Urashiki nicht gewachsen. Doch Hilfe naht …
Urashiki spürt Boruto, Shinki und Shukaku auf, bevor diese Konoha erreichen können. Nachdem den Ninjas die Flucht gelingt, suchen sie nach einer Möglichkeit, um Hilfe zu rufen. Naruto schlägt vor, Gojo und Isago aufzusuchen, die Zugriff auf ein Funkgerät haben. Als sie das Haus der beiden erreichen, steht ihnen jedoch eine unschöne Überraschung bevor …