Trotz ihrer langen Trainingseinheiten ist es für Sarada und Boruto eine große Herausforderung, Deepa im Kampf die Stirn zu bieten. Ähnlich geht es derweil auch Konohamaru, der weiterhin ohne Hoffnung auf Erfolg versucht, Victor zum Umdenken zu bewegen. Als sich der Firmenchef schlussendlich dem Götterbaum nähert, um an dessen wertvolle Frucht zu gelangen, zeigen sich ihm die Lücken in seinem ausgeklügelten Plan.
Konohamaru und Mugino offenbart sich das gesamte Ausmaß von Victors teuflischem Plan. So steht der Firmenchef dank seines angezüchteten Götterbaumes kurz davor, unsterblich zu werden. Dies hat jedoch einen hohen Preis, den die Stadtbewohner mit ihrem Chakra zahlen müssen. Den Shinobi ist klar, diesem Treiben ein Ende bereiten zu müssen, doch die Pflanze hat den beiden einiges entgegenzusetzen.v
Schweren Herzens müssen Sarada und Boruto Mia gegenübertreten und sie über die schrecklichen Ereignisse rund um Anato informieren. Diese zeigt sich von all den Nachrichten gar nicht begeistert und beschließt, dem Peiniger ihres Mannes eine Lektion zu erteilen. Indes ist auch Victor nicht untätig und gewährt dem Daimyo eine Besichtigung seiner Firma, welche allerdings eine unerwartete Wendung nimmt.
Während eines Krankenhausbesuches lernen Metal, Denki und Iwabee Natto kennen. Anfangs stempeln ihn die drei als Nervensäge mit schlechten Manieren ab, bis sie von seiner Krankheit erfahren. Die Gruppe ist sich einig, dem Jungen eine Freude machen zu wollen. Das ist jedoch leichter gesagt als getan, denn Natto hat einen ganz speziellen Wunsch: ein Autogramm des berüchtigten Orochimaru.
Um sich zu beweisen, nimmt es Boruto mit Shojoji auf. Voller Siegessicherheit tritt dieser Narutos Sohn gegenüber, unterschätzt dabei aber, wie viel sich Boruto im Training weiterentwickelt hat. Auch Sarada möchte ihre Fortschritte unter Beweis stellen, indem sie ihre Fähigkeiten mit denen ihrer Mutter misst. Trotz ihrer anfänglichen Bedenken nimmt Sakura die Herausforderung ihrer Tochter an.
Während des erbarmungslosen Trainings gehen Boruto und Sarada bis an ihre Grenzen. Der Wille ist groß, Deepa im Kampf die Stirn bieten zu können, was auch Shikadai nicht entgeht. Er versucht, Boruto zur Vernunft zu bringen und weist ihn auf den tieferen Sinn der Übungseinheiten hin. Derweil gelingt es Sakura nicht zu ihrer Tochter durchzudringen, welche trotz aller Ratschläge an ihrem Ehrgeiz festhält.
Ein neuer Auftrag führt Chocho, Inojin und Shikadai direkt in das Windreich. Dort ist es ihre Aufgabe, die verschollene Otsutsuki-Puppe aufzuspüren, bevor diese in die falschen Hände gerät. Auf ihrer Reise treffen die Drei unerwarteterweise auf Deepa, welcher denselben Plan verfolgt. So ist er direkt zur Stelle, als das Team die Marionette mit der Hilfe einer Gruppe von Shinobi aus Sunagakure entdeckt.
Obwohl Kushina als Vorsichtsmaßnahme ihr Kind außerhalb des Dorfes, innerhalb einer Barriere, zur Welt bringt, taucht der geheimnisvolle Mann mit der Maske plötzlich dort auf. Wer ist das, und wie hat er das geschafft? Ihm gelingt es, Minato und seine Frau zu trennen und er gesteht der jungen Mutter, dass er ihr den Fuchsgeist entreißen und Konoha zerstören will. Minato bringt Naruto in Sicherheit und macht sich auf den Weg, um den geheimnisvollen Mann, der behauptet, Madara zu sein, zu stellen und den Neunschwänzigen wieder zu versiegeln, denn er muss als Hokage der vierten Generation die Dorfbewohner beschützen. Das ist schließlich seine Pflicht. Es kommt zum großen Kampf zwischen Minato und dem Maskenmann Madara, den Minato für sich entscheiden kann. Er kann den Fuchsgeist an sich reißen.
Naruto gelingt es endlich, dem Neunschwänzigen sein Chakra zu entreißen, was ihm wahrlich nicht leicht fiel. Aber die Tatsache, dass seine Mutter ihm die ganze Zeit beistand, war wohl entscheidend. Nachdem es endlich vollbracht ist, kommt die Wahrheit ans Licht. Seine Mutter gesteht ihm, dass sie jahrelang die Jinchu-Kraft des Neunschwänzigen war, und zwar seit Narutos Geburt. Naruto nimmt das erst ungläubig zur Kenntnis, aber je mehr seine Mutter ihm darüber erzählt, desto mehr werden die Zusammenhänge klar, warum der Neunschwänzige auch für Naruto ein wesentlicher Teil seines Lebens wurde.
Boruto und Konohamaru sind nach dem heimtückischen Mord an Lady Sakuya und dem Diebstahl der Hashirama Zellen auf der Flucht. Da sie nun vom gesamten Dorf verfolgt werden, müssen sie mit Sarada und Mugino einen neuen Plan aushecken. In der Hoffnung, die eigentliche Diebesbande aufzuspüren, trennen sich die Wege der Vier erneut, doch die Gefahr ist groß, selbst entdeckt zu werden.
Konohamaru und Boruto können den Butler von ihrer Glaubwürdigkeit überzeugen, woraufhin dieser sie in das Schloss seiner Herrin führt. Mithilfe einer List verschafft sich Boruto Zugang zu Lady Sakuya, trifft dort aber nur noch auf ihren leblosen Körper. Als der Butler seine tote Gebieterin auffindet, liegt der Verdacht nahe, dass der Shinobi für diese Misere verantwortlich ist.
Da sie mehr über die gefährlichen Hashirama Zellen in Erfahrung bringen wollen, müssen Mugino, Sarada, Konohamaru und Boruto in das Stillreich reisen, doch die dortigen Bewohner sind nicht sehr gesprächig. Die Vier müssen tief in die Trickkiste greifen, um dennoch an ein paar Informationen zu gelangen, nur scheint nicht jeder der Einwohner der Gruppe gegenüber wohlgesonnen zu sein.
Seine Mutation verleiht Anato im Kampf außergewöhnliche Kräfte, gegen die jeder Gegenangriff wirkungslos ist. Erst Victors Eingreifen kann den Forscher ruhigstellen. Im Nachhinein wird Boruto und den anderen jedoch klar, dass diese Unterstützung nicht so selbstlos ist, wie sie auf den ersten Blick wirken mag. Schließlich scheint es auch der Firmenchef auf die Hashirama Zellen abgesehen zu haben.
Boruto und seine Freunde werden in das Talreich geschickt, um einen verschollenen Wissenschaftler wiederzufinden. Je länger sie sich mit dem Fall beschäftigen, desto mehr Fragen werden aufgeworfen. So scheint sich der Medizinkonzern, für den der Mann gearbeitet hat, besonders bedeckt zu halten, was das Verschwinden seines Mitarbeiters angeht. Gleichzeitig liegt dem Firmenchef des Unternehmens aber viel daran, sich an der Suche zu beteiligen.
Auf ihrer Reise in das zerstörte Amegakure treffen Sai und Sasuke den einzigen Überlebenden eines grausamen Giftgasanschlags. Sie verbünden sich mit Garashi und hoffen, durch ihn das ehemalige Versteck von Kara zu entdecken. Das blinde Vertrauen erweist sich allerdings schon bald als Fehler, da der Mann den beiden Shinobi eine fürchterliche Falle stellt …
Die schlechte Ernte und die damit einhergehenden hohen Preise der Azuki-Bohnen rufen Diebe auf den Plan, die sich von der wertvollen Ware einen hohen Gewinn versprechen. Dieses unlautere Vorgehen hat aber zur Folge, dass die Bestellungen der Ladenbesitzer nicht mehr bei ihnen eintreffen. Da Anko und Chouchou nur ungern auf ihre süße Bohnensuppe verzichten, bleibt ihnen nichts anderes übrig, als den Verbrechern das Handwerk zu legen.
Durch das Kätzchen Mikazuki wird Mitsuki auf einen schwer verletzten Mann aufmerksam. Er zögert keine Sekunde, dem Unbekannten in seiner Not zu helfen. Als es diesem wieder besser geht, trennen sich die Wege der beiden und Mitsuki wendet sich einem Auftrag um einen mysteriösen Serienmörder zu. Noch ahnt der Shinobi nicht, dass Samidare bei der Lösung dieses Falles eine bedeutende Rolle spielt …
Ein Schnupperkurs an der Akademie soll Himawari für die Kunst der Shinobi begeistern. Während Eho und Yuina darum wetteifern, die anderen Teilnehmer in den Herausforderungen zu übertrumpfen, ist Narutos Tochter noch nicht vollkommen von diesem Beruf überzeugt. Erst Direktor Iruka kann das Mädchen dazu überreden, dem Ganzen eine Chance zu geben.
Weil die Stärke von Team 15 in den letzten Monaten zu wünschen übriglässt, schlägt Tsubaki einen Konkurrenzkampf vor: Die Mädchen sollen sich miteinander darum messen, wer die Beste ist. Die junge Kriegerin hofft, dass die Teamleistung dadurch gesteigert wird. Als das Ganze allerdings einen gegenteiligen Effekt hat, muss die Samurai lernen, dass Zusammenarbeit manchmal eben doch das Wichtigste ist.