Kawakis Zusammenleben mit dem Uzumaki-Clan gestaltet sich schwierig, denn Boruto und der Neuankömmling geraten sich ständig in die Haare. Es braucht viel Zeit, bis der sonderbare Junge aufzutauen beginnt und über seine Erlebnisse bei Kara erzählt. Der Gedanke an die Menschenexperimente lässt Boruto erschaudern, doch sie scheinen der Schlüssel zum „Karma“-Zeichen zu sein.
Naruto, der sich den Pflichten als Hokage bewusst ist, einigt sich mit den anderen Kage während eines Gipfeltreffens darauf, den noch geschwächten Kawaki bei sich aufzunehmen. Nur Boruto zeigt sich von dem neuen Mitbewohner alles andere als begeistert. Beide Jungs sind auf Krawall gebürstet und drohen einander zu attackieren. Werden sie es einrichten können, miteinander zu leben?
Um wieder zu Kräften zu kommen, wird Kawaki in ein Krankenhaus eingewiesen, wo er von seiner Kindheit als Halbwaise zu träumen beginnt. Während sein Vater immer abhängiger vom Alkohol wurde, musste der kleine Junge das Geld für das Suchtmittel durch Schwerstarbeit verdienen. Auf der Suche nach einem neuen Opfer für Kara kam Jigen die missliche Lage der Familie wie gerufen.
Der stark geschwächte Kawaki befindet sich mit einem schwer verletzten Arm auf der Flucht. Völlig alleingelassen freundet er sich mit einem streunenden Hund an, welcher für den Jungen ein paar Würste stiehlt. Als der beraubte Ladenbesitzer wutentbrannt auf den Streuner losgeht, mischt sich Sumire in das Geschehen ein. Die kleine Gruppe bleibt allerdings nicht lange unentdeckt, denn eine Armee an Wachleuten ist auf der Suche nach dem Flüchtigen.
Die Wissenschaftler im Forschungslabor befürchten, dass Kawakis aggressives Verhalten eine Gefahr für die Außenwelt darstellt. So wird der Junge unter höchster Sicherheitsstufe festgehalten, bis die Untersuchungen weitere Erkenntnisse über seine rätselhaften Fähigkeiten liefern. Für Kawaki selbst ist die Gefangenschaft jedoch reine Tortur. In seiner Wut startet er einen Fluchtversuch …
Trotz des unermesslichen Werts, den Kawaki für die Organisation Kara hat, verwickelt Garo ihn in einen erbarmungslosen Kampf. Als der Junge mit dem besonderen „Karma“-Zeichen besiegt zu Boden geht, scheint er durch eine mysteriöse Verbindung zu Boruto wieder an Kraft zu gewinnen. Diese besondere Fähigkeit wirkt auf die Shinobi aus Konoha so beeindruckend, dass sie den geschwächten Kawaki zur Untersuchung mitnehmen.
Bei Delta macht sich die Ungeduld breit, als Koji mit dem Gefäß auf sich warten lässt. So nimmt sie die Bergung des wertvollen Objekts selbst in die Hand und reist mit Jigens Einverständnis zum verunglückten Luftschiff. Am Ort des Geschehens erkennt sie den Grund für die Verzögerung: Boruto und seine Kameraden haben sich den Inhalt des bedeutsamen Behältnisses bereits zu eigen gemacht
Ohne mit der Wimper zu zucken, versetzt Koji seinem Kameraden Ao den letzten Todesstoß. Nach diesem ersten kaltblütigen Mord sollen nun auch Boruto und seine Kameraden dran glauben. Mutig stellt sich Konohamaru dem Mitglied von Kara in den Weg, um seine Freunde zu beschützen, doch Koji hat einige Tricks auf Lager. In dieser brenzligen Situation beginnt jedoch auch Boruto ungeahnte Kräfte zu entwickeln
Sakura will für einen Tag auf Reise gehen und überlässt Sarada das Haus, doch bevor sie geht bemerkt sie, dass ein Mädchen im Krankenhaus noch auf ihr Kuscheltier wartet. Und so beschließt Sarada an Stelle von Sakura, dieses im Krankenhaus abzuliefern. Doch leider geht das Plüschtier unterwegs verloren. Die Suche nach dem Stoff-Talisman gestaltet sich aber gar nicht so einfach.
Denki versagt bei der Chakra-Konzentrationsübung und ihm wird angst und bange. Er möchte nämlich nicht, wie Iwabee, ein Jahr wiederholen müssen. Seine Freunde versuchen zwar, ihm das Konzept des Chakras näher zu bringen, doch letztlich ist es Metal Lee, der mit guten Tipps und dem richtigen Outfit für den Durchbruch sorgt.
Der Geist-Fall, der im ganzen Dorf auftrat, wurde zwar aufgelöst, doch seitdem kann Boruto seine rätselhafte Kraft nicht mehr hervorrufen. Sowohl im Dorf, als auch an der Akademie, scheinen alle wieder zum Alltag zurück zu kehren, doch für Boruto und seine Klassenkameraden gibt es noch eine Sache, die sie beunruhigt.
Dank seiner mysteriösen Augen ist es Boruto gelungen in die andere Dimension eindringen. Verzweifelt versucht er, den Feind umzustimmen. Dieser zielt auf die Zerstörung des Dorfes durch die Waffe Gozu Tenno ab, die die Macht der Bestie Nue nutzt. Doch können Borutos Gefühle den seit ewigen Zeiten vorhandenen Fluch brechen?
Nachdem er etwas von Mitsuki gehört hat ist Boruto ununterbrochen unterwegs, um zu verhindern, dass weitere Vorfälle passieren und der Verbrecher nicht weiterhin sein Unwesen treibt! Währenddessen erscheint ein außerirdisches Biest namens „Nue“. Die näher rückende Gefahr für das Dorf ruft sogar den pensionierten sechsten Hokage Kakashi Hatake auf den Plan.
Der Geist-Fall, der die ganze Stadt in Aufruhr versetzt hat, scheint ein Ende gefunden zu haben. Boruto und seine Klassenkameraden wundern sich alle darüber, einzig Mitsuki wirkt, als wüsste er mehr. Dieser war in letzter Zeit wegen seiner eigenen Verwandlung häufig verwirrt. Er stellt seinen Klassenkameraden eine scheinbar simple Frage. Doch wie wird Mitsuki auf Inojins Frage antworten?
Während der Arbeitsplatzbesichtigung werden Sumire, Wasabi und Namida in den Geist-Fall verwickelt und dabei verletzt. Boruto ist überzeugt, dass er dies hätte verhindern können und beschließt, den Fall aufzuklären. Gemeinsam mit Shikadai und Mitsuki durchforstet er das Dorf. Während Boruto unbedacht vor sich hin redet, kommen Shikadai und Mitsuki auf eine mögliche Lösung des Falles.
Boruto nennt den rätselhaften Schatten, den keiner außer ihm sehen kann, jetzt „Geist“. Mit der Hilfe seiner Kameraden Shikadai und Mitsuki will er den „Geist-Fall“ endlich aufklären. Währenddessen untersucht Sai, als ehemaliges Mitglied der „Ne“ Organisation, für den Hokage die gleichen Vorfälle und macht eine schwerwiegende Entdeckung.
Unter den Augen seines Vaters kämpft Boruto gegen seine Tante. Boruto gibt alles, um endlich die Anerkennung seines Vaters zu bekommen. Doch egal wie sehr er sich auch bemüht, er kann das Byagukan nicht hervorrufen. Von dem Gedanken, dass alle ihn für einen Betrüger halten, ist er völlig niedergeschlagen. Doch dann sieht Boruto plötzlich jemanden, der von einem Schatten kontrolliert wird.
Der Chakra-Schatten, der Menschen kontrolliert und sie randalieren lässt, breitet sich immer weiter im Dorf aus, doch nur Boruto ist in der Lage, den Schatten zu sehen. Eines Abends träumt er davon, dass er von einer mysteriösen Person ein Dojutsu erhält. Boruto ist daraufhin ganz aufgeregt, weil er hofft, dass endlich das Byakugan in ihm erweckt wurde.
Dem Tsuchikage ist es gelungen, die Schildkröteninsel mit seinen „Bewohnern“ unversehrt in die Heimat zu bringen. Dort werden sie von den großen Persönlichkeiten der Ninja-Allianz, die sich versammelt haben, willkommen geheißen. Aber Yamato bleibt verschwunden, das macht allen Sorgen. Die Vorbereitungen für den 4. Großen Ninja-Krieg laufen jetzt mit Volldampf an. Es werden Einheiten gebildet, Anführer bestimmt und Strategien festgelegt. Hier tut sich besonders Shikaku Nava hervor, Shikamarus Vater. Madara und Kabuto versuchen ihrerseits auch, vorbereitet zu sein. Mit Hilfe von Yamato, der ja über die Zellen des Hashirama verfügt, wollen sie ihre Kampfkraft stärken. Der Krieg kann beginnen.