Naruto hofft, die Beziehungen zum Wasserreich verbessern zu können und will Boruto und seine Klassenkameraden auf einen Ausflug nach Kirigakure schicken. Schuldirektor Iruka gibt sein Einverständnis und die Schüler machen sich auf den Weg. Vor Ort lernen sie Kagura kennen, der sie durch das Dorf führen soll. Was jedoch einst als Blutnebeldorf bekannt war, hat sich völlig verändert.
Sakura und Sarada sind sich nach den letzten Ereignissen näher denn je und stellen gemeinsam das neue Familienfoto in ihrem Zuhause auf. Sarada trainiert eifrig ihre neuentdeckten Kräfte und Konohamaru unterstützt sie dabei. Ihr ehrgeiziges Ziel: Hokage werden! Die Konferenz der Fünf Kage steht an und Boruto hat sich zu diesem Anlass einen ganz besonderen Streich einfallen lassen.
Naruto und Sasuke finden das Versteck von Shin Uchiha und es kommt zum unausweichlichen Kampf. Während Naruto sich Shins Klon-Armee entgegenstellt, gelingt es Sarada und Sasuke zu Sakura durchzudringen. Doch Shin ist schon zur Stelle und durchbohrt Sakuras Arme mit seinen Klingen. Mittels Shuriken versucht er Sakura zu töten.
Sakura wurde von Shin Uchiha in sein Versteck entführt. Um sie zu finden beschließen Sasuke und Naruto, bei Orochimaru nach Informationen zu suchen und werden fündig. Orochimaru erzählt ihnen alles über sein damals entflohenes Experiment: Shin Uchiha. Dieser erklärt unterdessen Sakura alles über die Entwicklung des Menschen und welche Rolle die Gene dabei spielen.
Die zweite Prüfung wird sehr schwierig. Es geht um eine Art Überlebenstraining, bei dem je 13 Teams gegeneinander antreten. Es geht darum, jeweils noch eine zweite Schriftrolle zu bekommen und anschließend als ganzes Team den Turm der Mitte zu erreichen. Das heißt, es darf keinen Ausfall geben. Die Spannungen zwischen Naruto und Sasuke sind nicht zu übersehen. Dummerweise sind die Beiden in einem Team. Schnell stellt sich heraus, dass Sasuke doch nicht so cool ist, wie er immer tut. Schon beim ersten Gegner in Form einer Schlange, aus der ein Mensch kommt, kriegt Sasuke es mit der Angst zu tun. Er ist sogar bereit, die einzige Schriftrolle, die das Team von Anfang an hat, seinem Gegner zu übergeben. Aber das kann Naruto verhindern. Auch bei der nächsten Herausforderung durch mehrere Angreifer ist Naruto im letzten Augenblick der Retter und gewinnt an Anerkennung. Aber das bohrt in Sasuke. Er will unbedingt stärker werden.
Wir kehren in Narutos Kindheit zurück, als er einsam in einer Wohnung in Konoha leben musste und der Hokage ihm Taschengeld für den täglichen Bedarf brachte. Er wurde von den anderen Dorfbewohnern nicht anerkannt, weil er gerne die Häuserwände beschmierte. Später kam er dann auf die Ninja-Akademie, auf der zuerst Iruka und dann Kakashi seine Lehrer waren. Schon bei der ersten Begegnung mit seinen Mitschülern fiel ihm ein Junge besonders als Angeber auf: und zwar Sasuke. Bei allen beliebt, vor allem bei den Mädchen, aber für Naruto war er das reinste Reizmittel. Immer wieder kam es zu Auseinandersetzungen, bei denen Naruto in der Regel den Kürzeren zog. So erging es ihm auch bei den diversen Missionen, in denen eigentlich der Zusammenhalt im Team im Vordergrund stand. Es verging kaum ein Tag, an dem Naruto nicht eine Niederlage einstecken musste. Und Sasuke kennt offensichtlich nur ein Ziel: er will irgendwann einen bestimmten Mann erledigen.
Shino Aburame, der Klassenlehrer, hat die Schüler angewiesen, sich in Teams nach Mädchen und Jungen aufzuteilen und um die auf dem Dach platzierte Flagge zu kämpfen. Boruto, der um jeden Preis früher als die Mädchen an der Flagge ankommen will, versucht sich an einem hochrangigen Jutsu, dem Jutsu des vertrauten Geistes, doch es läuft anders als geplant.
Metal Lee, ein ambitionierter Taijutsu-Nutzer aus Borutos Klasse leidet an Lampenfieber. Sobald er im Mittelpunkt steht, kann er seine Kräfte nicht mehr kontrolliert nutzen. Shikadai Nara konfrontiert ihn etwas unbedacht damit und beide geraten in einen Kampf, in dem sich auch Boruto wiederfindet. Dieser muss feststellen, dass auch Metall Lees Chakra einer seltsamen Verzerrung unterliegt
Nachdem Boruto am Tag der Einschulung einen Tumult verursacht hat und zu Hausarrest verdonnert wurde, steht endlich sein erster Schultag an der Akademie bevor. Jedoch scheint Boruto durch seine Untaten bei seinen Klassenkameraden in Ungnade gefallen zu sein. So bricht er einen Streit mit Iwabee Yuino vom Zaun. Als sich Denki einmischt, um zu schlichten, eskaliert die Lage.
Im Mittelpunkt der Geschichte steht Boruto Uzumaki, der Sohn des siebten Hokage und Held des Dorfes Konohagakure, Naruto Uzumaki. Eines Tages rettet Boruto Denki Kaminarimon, der Sohn eines wohlhabenden Geschäftsmanns, als er von Schlägern bedrängt wird. Die beiden Jungen stellen fest, dass sie beide eine problematische Beziehung zu ihren Vätern haben und freunden sich an.
Jigens Hoffnung, Naruto in einer Dimension weitab von Konoha ungestört zur Strecke zu bringen, wird von Sasuke zerschlagen. Zwar sind die beiden nun in der Überzahl, jedoch hat das Mitglied von Kara große Kraftreserven in sich. Zudem scheint der Angriff von langer Hand geplant zu sein. Das wird auch Naruto schmerzhaft bewusst, als sich über ihm ein metallener Sarg zu schließen beginnt …
Ein scheinbar normaler Tag nimmt eine gefährliche Wendung, als Borutos und Kawakis „Karma“-Zeichen verrückt zu spielen beginnen. Auch Ino nimmt ein düsteres Chakra wahr, welches Unheilvolles erahnen lässt. Wie aus dem Nichts tauch Jigen auf, um Kawaki wieder zurück zu Kara zu bringen. Doch Naruto denkt gar nicht daran, Kawaki kampflos seinen Feinden zu überlassen.
Boro kehrt zu seinem Kult zurück, um die Weichen für die Ankunft eines vermeintlichen Erlösers zu stellen. So soll ein Otsutsuki wiederkehren und sich an allen Shinobi der fünf Großreiche rächen. Unterdessen stößt Sasuke auf einen geheimnisvollen Ort, an dem Kara verschiedene Riten durchzuführen scheint. Die Verwunderung ist groß, als er dort auf Otsutsuki-Projektionen stößt. Eines ist jedoch klar: Er muss die anderen warnen.
Durch Kurama wird Kawaki bewusst, welche Herausforderungen auch Naruto im Laufe seines Lebens durchmachen musste. Zwar verleiht der Geist dem Hokage unvorstellbare Kräfte, jedoch kommt dies mit dem Preis der Einsamkeit. Erst jetzt erkennt Kawaki die starke Verbindung zu Naruto und es fällt ihm leichter denjenigen zu offenbaren, der ihm das „Karma“-Mal verliehen hat: Jigen.
Die Schäden an Kawakis Arm sind irreparabel. Damit dieser dadurch dennoch nicht eingeschränkt wird, stellt Naruto seinem Gast eine Prothese zur Verfügung. Nach den Geschehnissen ist Kawakis Angst vor Delta so groß, dass er den Hokage um Trainingseinheiten zur Kontrolle seines Chakras bittet. Andernorts herrscht unter den Mitgliedern von Kara Krisenstimmung. Die Nachricht, dass auch Boruto ein „Karma“-Zeichen aufweist, ändert einiges …
Deltas hochmoderne Ninja-Werkzeugtechnik ist nicht unfehlbar. Während des Kampfes fällt Naruto auf, dass ihre Speicher zur Absorption der Attacken ein Limit haben, was der Hokage sogleich zu seinem Vorteil nutzt. Besiegt geht Delta zu Boden, doch bevor sie zum Verhör abtransportiert werden kann, neutralisiert sich ihr Körper von selbst. Indes schmiedet Boro für Kara einen eigenen Plan …
Mit Deltas Ankunft ist die Zeit des friedlichen Trainierens vorbei. Nun muss Naruto eingreifen, um seine Familie, aber auch seinen Gast zu beschützen. Allerdings hat seine Gegnerin ein besonderes Ass im Ärmel, denn durch die Ninja-Werkzeugtechnik in ihrem Körper können ihr Narutos Attacken nur wenig anhaben. Als sich Delta dennoch in die Enge getrieben fühlt, kennt sie keine Skrupel mehr und riskiert Himawaris Leben.
Boruto und Kawaki sehen ein, dass sie zusammenarbeiten müssen, um dem Geheimnis des „Karma“-Mals auf den Grund zu gehen. In einem Trainingskampf bündeln sie all ihre Kräfte, doch Kawaki hat seine Fähigkeiten besser im Griff. Unter Narutos strengem Blick geben sich die beiden das Zeichen der Versöhnung, welches auf Boruto ungewöhnliche Auswirkungen hat. Lange bleibt ihm nicht, sich darüber Gedanken zu machen, denn Delta ist bereits auf dem Weg …
Trotz der hochmodernen Chakra-Sensoreinheit Konohas gelingt es Koji problemlos, in das Dorf einzudringen. Delta hat hierbei ihre Schwierigkeiten, weswegen sie von außen zusehen muss, wie sich ihr Freund auf die Suche nach Kawaki macht. Derweil sind Boruto und Naruto mit einer Trainingseinheit des Shinobi-Handgemenges beschäftigt. Auch Kawaki ist mit von der Partie und hat für Boruto einen hilfreichen Tipp.
Sakura und Sarada sind sich nach den letzten Ereignissen näher denn je und stellen gemeinsam das neue Familienfoto in ihrem Zuhause auf. Sarada trainiert eifrig ihre neuentdeckten Kräfte und Konohamaru unterstützt sie dabei. Ihr ehrgeiziges Ziel: Hokage werden! Die Konferenz der Fünf Kage steht an und Boruto hat sich zu diesem Anlass einen ganz besonderen Streich einfallen lassen.