Tea führt Serenity durch ihre Heimatstadt Domino und sie besuchen noch einmal die Orte, an denen die wichtigen Duelle stattfanden. Dabei kommen die Erinnerungen bis hin zum Battle City Finale. Dann heißt es Abschied nehmen.
Um das Duell zwischen Yugi und sich selbst entsprechend zu würdigen, lässt Kaiba das Halbfinale im Kolosseum stattfinden. Er scheint das Duell zu kontrollieren, mit einem Trick knöpft er Yugi Slifer den Himmelsdrachen ab, aber Yugi erobert ihn wieder zurück.
Marik setzt seine ägyptische Götterkarte transmutiert als Phoenix gegen Joey ein. Da sie null Angriffspunkte besitzt, schadet das zwar Joeys Lebenspunkten überhaupt nicht, aber der Schlag raubt ihm soviel Lebensenergie, dass er trotz aller Willensanstrengung ohnmächtig zusammenbricht. Marik hat das Duell gewonnen. Als nächstes treten Kaiba und Yugi gegeneinander an. Wird es Yugi gelingen aus dem Battle City Turnier als Sieger hervorzugehen? Das Schicksal der Welt hängt von ihm ab.
Nachdem Yami-Marik lange Zeit das Duell beherrscht hat, dreht Joey den Spieß um. Es sieht ganz danach aus, als könnte er Marik besiegen. Da holt Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra vom Friedhof. Und obwohl dieser aufgrund der fehlenden Monsteropferung keine Angriffspunkte besitzt, ist er dank seiner besonderen Fähigkeit, sich in Phoenix zu verwandeln, ein mächtiger Kämpfer, der auch ohne Angriffspunkte vernichtend zuschlagen kann. Der zu erwartende Schlag dürfte Joey zwar nicht im Duell besiegen, ihm jedoch seine gesamte Lebensenergie rauben.
Im Halbfinalduell Yami-Marik gegen Joey behält Yami-Marik die Oberhand. Er spielt so viele Fallenkarten, dass Joey kaum noch eine Chance hat. Im letzten Moment zieht er Jinzo und vernichtet damit Yami-Mariks Fallenkarten. Joey glaubt sich auf der sicheren Seite, da zieht Yami-Marik Lava Golem. Dafür werden zwei Monster auf Joeys Seite geopfert. Im Gegenzug dazu erhält er Mariks Monsterkarte Lava Golem mit einer Angriffsstärke von 3000 Punkten. Jetzt ist Joey am Zug. Yami-Marik fordert ihn zu einem Angriff heraus. Wo ist der Haken?
Das Duell Yugi gegen Marik beginnt. Wie schon damals gegen Mai, verlegt Marik den Zweikampf ins Reich der Schatten. Jeder der beiden Spieler erhält eine Verbindung zu seinen Monstern. Verlieren die Monster Lebenspunkte, so verliert der Duellant körpereigene Energie. Erst sieht es so aus, als könnte Joey Yami-Marik Paroli bieten, doch dann spielt Yami-Marik eine Karte, die bewirkt, dass Joey bei jedem Zug eine Karte aus seinem Blatt verliert. Fortsetzung folgt.
Das Viererduell läuft auf Hochtouren. Marik attackiert Joey, und mit Unterstützung des hinterlistigen Kaiba reduziert er Joeys Lebenspunkte auf 3200. Nun ist Yugi am Zug. Da Kaiba noch zwei verdeckte Karten vor sich liegen hat, entscheidet Yugi, dass es zu gefährlich wäre, ihn jetzt anzugreifen. Marik hingegen hat momentan keine versteckten Karten im Spiel, dafür zwei Monster im Angriffsmodus. Joey schließlich hat keine Monster auf dem Feld, aber eine verdeckte Karte vor sich liegen. Tristan, der zusammen mit Tea das Gefecht verfolgt, vermutet, dass Yugi entweder Marik oder Kaiba angreifen wird, weil er Joey versprochen hat, im Einzelduell gegen ihn anzutreten, um ihm zu helfen, ein richtig guter Kämpfer zu werden. Gerade als Yugi Marik angreifen will, stoppt Joey ihn und fragt ihn, was seiner Meinung nach einen guten Kämpfer ausmacht.
Kaiba ist verdammt wütend, weil Yugi Joey während des Duells zu Hilfe kam. Yugi hingegen überlegt fieberhaft, wie er Kaiba und Marik möglichst schnell aus dem Weg räumt, um im Finale gegen Joey antreten zu können. Kaiba will dafür unbedingt Yugi und Marik schlagen. Sein Plan ist es, zuerst Yugi auszuschalten, um dann Marik zu besiegen. Joey dankt Yugi leise für seine Hilfe. Ihm liegt am meisten daran, Marik fertig zu machen, damit er Mai retten kann. Da versucht Kaiba einen Keil zwischen Yugi und Joey zu treiben, indem er Joey erzählt, Yugi würde ihm nur helfen, weil er genau wüsste, dass Joey – auf sich gestellt – das Duell niemals gewinnen könne. Yugi plane, zunächst mit Joeys Unterstützung Marik und Kaiba zu überwältigen, um dann im Final gegen den schwächeren Joey den sicheren Sieg einstreichen zu können.
Kaiba, Marik, Yugi und Joey betreten den Alcatraz Duel Tower, um sich dem ultimativen Viererduell zu stellen. Dabei gibt es für jeden genug Gründe, um gegen einen der anderen anzutreten. Yugi will unbedingt gegen Marik kämpfen, weil er sein eigentlicher größter Feind ist und er die Welt vor ihm retten will. Aber wegen des Versprechens, das sie sich einst gegeben haben, würde er auch Joey herausfordern wollen. Und Kaiba will er schon lange besiegen, um ihren ganz persönlichen Krieg endlich zu beenden. Sie kämpfen zunächst zu viert, wobei danach sowohl die beiden Gewinner als auch die beiden Verlierer erneut gegeneinander antreten. Im ersten Schritt muss jeder der vier Duellanten eine Karte ziehen. Wer die Karte mit den meisten Lebenspunkten zieht, gewinnt die Vorrunde. So steht die Reihenfolge fest: Erster ist Seto Kaiba, danach folgt Marik Ishtar, dann Yugi Moto und zum Schluss Joey Wheeler. Das Duell kann beginnen, und Kaiba hat den ersten Zug …
Noah, dem plötzlich Leid tut, dass er veranlasst hat, die virtuelle Welt zu zerstören, gibt Yugi und den anderen den Tipp, durch ein Portal im Spielzimmer zu fliehen. Gozaburo kann nichts gegen ihre Flucht tun, denn es ist Noah, der das System beherrscht. Den meisten gelingt die Flucht, aber bevor Yugi ebenfalls verschwinden kann, bittet Noah ihn, Seto zu retten. Als Gozaburo erfährt, was Noah getan hat, verwandelt er sich vor lauter Wut in ein fürchterliches Monster, das droht, Setos Körper zu übernehmen. Aber Seto bleibt ganz ruhig und schlägt seinem Gegenüber vor, ihren Kampf fortzusetzen. Der Gewinner soll wieder in die reale Welt zurückkehren dürfen. Gozaburo stimmt zu, und es beginnt eine schreckliche Schlacht …
Yuma's all set to travel across the stars to save Astral, but an unexpected pest pops by to plunder Yuma's plans!
Shark and Quattro struggle to keep their heads above water as they battle the Barian duelist from the deep, Chironex!
With Vector's patience for failure fading fast, Mr. Heartland begs for a final chance to beat Yuma! Desperate to deliver, Heartland deploys his most dangerous duelist to date, a treacherous Barian armed with toxic tentacles!
Yuma and Trey team up to take down a bugged out Barian who likes to munch on memories! Can Yuma and Trey swat down this winged menace before he swoops in to drain their brains?
Someone's stealing memories, and the Super Secret Numbers Club are going to find out who! But when the hunters become the hunted, Yuma's friends quickly realize that they need help from an exterminator!
Leo Akaba reveals to Yusho Sakaki how the four dimensions came to be.
Yuya and Yuto are struggling in their battle against Ruri and Serena and their Parasite Queen. The Doctor attempts to take control of Yuya using a parasite as well, but that only awakens the rage inside of Yuya once again.
Yuya comes across Ruri, who is still under the control of the Doctor's parasites. Yuya attempts to fight off Ruri, made harder when Serena joins the fight. Yuto decides to take control and face the two girls.
Asuka stays behind to fight Yuri while Sora and the others go on ahead. Yuri uses a different deck and fights Asuka, who tries to reach out a helping hand to Yuri. That's when Yuri reveals the real reason why he does what he does.
Yugi und die anderen sind sauer, weil Noah einfach Mokubas Körper übernommen hat. Doch bevor sie etwas unternehmen können, werden sie plötzlich von Duel Monstern attackiert. Noah plant indessen, den Bereich, in dem Kaiba, Yugi und ihre Freunde sich aufhalten, in die Luft zu sprengen: In dreißig Minuten soll die virtuelle Welt explodieren! Noah selbst will in einem Hubschrauber fliehen, als er urplötzlich seine Meinung ändert …In der Zwischenzeit sucht Seto Kaiba seinen Stiefvater Gozaburo auf, um ihn darum zu bitten, ihn und seine Freunde endlich aus der virtuellen Welt freizulassen. Da schlägt Gozaburo vor, Seto solle gegen ihn antreten, um seine Forderungen durchzusetzen. Er willigt ein, und der Kampf beginnt – doch ihnen bleibt nicht mehr viel Zeit, bis die virtuelle Welt in die Luft fliegt …