Dr. Bellows schickt Tony an einen geheimen Ort, um an Apollo 12 zu arbeiten und tarnt alles mit einem Doppelgänger. In Tonys Haus wundert sich der Doppelgänger über die merkwürdigen Vorkommnisse und über Jeannie.
Tonys neue Nachbarn sind General Schaeffer und sein Hippie-Tochter Suzie, die bald Jeannies Geheimnis entdeckt. Mit diesem Wissen erpresst sie Tony, ihren Freund Harold zu verstecken, der ihrem Vater nicht passt.
Dr. Bellows' Bericht über Tony überzeugt General Paterson, dass Dr. Bellows verrückt geworden ist. Er stellt einen neuen Psychiater ein, Dr. Corbett, der Tony analysieren soll. Tony befürchtet, dass er die Wahrheit herausfindet, also versuchen er und Jeannie, Bellows zu rehabilitieren.
Der Journalist Farnum will Tony Nelsons Privatleben ausspionieren. Er installiert daher eine versteckte Kamera und ein Tonbandgerät in der Wohnung des Astronauten. Doch Tony kommt dahinter, und seine Jeannie verwandelt das gesamte Bandmaterial per Zwinkern in eine klebrige Masse. Mr. Farnum aber schiebt daraufhinTony eine Ehefrau und zwei Kinder unter - von dem treulosen Vater schmählich im Stich gelassen. Tonys Vorgesetzte werden bereits nervös, aber nun setzt Tony seine letzte Trumpfkarte ein: Er führt Jeannies Zaubereien vor - und natürlich glaubt kein Mensch einem solchen Bericht ...
Jeannie stattet ihrem Meister einen kleinen Besuch bei der NASA ab - und stiftet dabei wie üblich heillose Verwirrung: Tony und Roger sind gerade mit den Berechnungen für das Raumschiff ‘Agnes' beschäftigt, und um ihnen zu helfen, zwinkert Jeannie ein kleines Modell davon herbei - voll funktionsfähig, versteht sich. Dr. Bellows ist total verblüfft, als er ein ‘Agnes'-Modell sieht, das fliegen und sogar sprechen kann. Tony kann ihn mühsam überzeugen, daß er nur ein Spielzeug gesehen hat. Aber damit ist die Sache noch nicht vorbei: ‘Agnes' fällt einem Spielzeug-Konstrukteur in die Hände, der nun damit das große Geschäft machen will. Und wieder ist Dr. Bellows an der falschen Stelle und sieht zuviel ...
Jeannie II löst Verwirrung aus, als sie Tony und ihre Schwester auseinanderbringen will.
Roger, Tony und Commander Wingate gehen auf eine Mission in der Umlaufbahn des Mondes, als Jeannie Wingate und Tony versehentlich auf die Erde wünscht. Nun muss Roger den Mond allein umrunden.
Jeannies böse Schwester macht der naiven Jeannie klar, daß Tonys geplanter Mondflug ein hoffnungsloses Unternehmen ist. Und die tut daraufhin alles, um ihren Meister davon abzubringen. Fast scheint der gemeine Plan zu klappen, aber dann kann Tony ein klärendes Gespräch mit Jeannie führen. Doch die gemeine Schwester gibt nicht auf: Sie verwandelt Tony in einen weltraumuntauglichen Fettkloß ...
Tony und Roger haben in einer Kleinstadt einen leichten Unfall, aber der Unfallgegner verklagt sie auf eine Riesensumme. Tony wird verhaftet und sein Anwalt Norman Cashman (Dick Sargent) ist keine große Hilfe.
En streunender Hund steht vor Tonys Tür und greift ihn an, nachdem er sich unsichtbar gemacht hat. Jeannie erkennt, dass es ihr Hund Djinn-Djinn ist, den sie seit 2000 Jahren nicht gesehen hat. Djinn-Djinn hasst Uniformen und löst bei des NASA ein Chaos aus.
Jeannie fährt versehentlich Tonys Auto zu Schrott und bringt ihn in die Werkstatt. Der Besitzer schwatzt ihr den Wagen für einen Spottpreis ab und verkauft ihn dann für ein Vielfaches weiter. Jeannie übt auf ihre besondere Weise Rache.
Als er nichtsahnend seine bezaubernde Jeannie mit einem Baby auf dem Arm vorfindet, bekommt der arme Tony einen Schock. Doch es handelt sich nur um Jeannies kleinen Neffen Abdullah, für den sie Babysitter spielt. Aber nicht nur das, Jeannie muß ihren Bruder auch bei seinen Pflichten vertreten. Deshalb läßt sie Abdullah bei Tony. Um das zu verschweigen, erzählt Roger Dr. Bellows, daß Tony erkältet sei. Dieser schickt Tony sofort ins Krankenhaus, und nun hat Roger Abdullah auf dem Hals - und kriegt prompt gewaltigen Ärger von seiner Freundin ...
Jeannie zaubert versehentlich die morgige Zeitung für Tony herbei. Die Schlagzeile lautet: 'Astronaut bricht sich bei einem Unfall das Bein.' Tony und Jeannie suchen Roger, um ihn zu warnen.
Jeannies Mutter hat aus Bagdad die köstlichen Pipchicks erhalten. Dieses Konfekt ist aber nicht nur köstlich, es hat auch eine angenehme Eigenschaft: Für denjenigen, der davon ißt, werden die schwersten Gewichte federleicht. Deshalb beauftragt die NASA Tony und Roger, selbst solche Pipchicks herzustellen. Doch mit dem Rezept scheint irgend etwas nicht zu stimmen: Die ganze NASA ist ein einziges Tollhaus. Aber nicht nur das - auch für den Präsidenten war eine Extra-Ration Pipchicks bestimmt ...
Tony und Roger landen mit einem neuartigen Flugzeug, das einem UFO ähnelt, auf einem Feld, wo sie von ein paar Landeiern für Aliens gehalten werden. Jeannie muss ihre Magie benutzen, um sie aus dem Räucherhaus zu befreien, wird aber auch gefangen genommen.
Jeannie gewährt Roger einen Geburtstagswunsch. Unbedacht wünscht er sich, Tonys Platz bei einer Mondmission einzunehmen. Augenblicklich tauschen Roger und Tony die Körper, was Dr. Bellows extrem verwirrt.
Jeannie ist sauer, weil Tony erwägt, mit einer schönen Ärztin zum Mond zu fliegen, aber ihre Schwester Jeannie II will sich darum kümmern. Sie nimmt die Stelle der Ärztin ein, trifft aber beim Training auf einige Probleme.
Jeannies Schwester gibt ihr zwei Fläschchen mit Zaubertränken - einen für Liebe, einen für Hass, aber sie vertauscht sie, bevor Jeannie Tony damit bespritzt. Nun hasst sie ihn und sie will ihn im Ofen rösten und auf der Guillotine köpfen.
Tony wettet mit Roger, dass Jeannie sich nie in einen anderen verlieben könnte und verkleidet sich als attraktiver britischer Offizier. Als Jeannie sich in den Offizier verliebt, wird Tony eifersüchtig.
Jeannie will eine gute Hausfrau sein und bittet Haji, ihr die Kräfte zu nehmen. Eine Woche lang geht alles schief, was Tony sehr ärgert. Mrs. Bellows findet, Jeannie braucht Hilfe, um sich von ihrem Ehemann scheiden zu lassen.