Professor Dr. Nodel empfängt rätselhafte Botschaften aus dem All. Sie führen ihn zu einem außerirdischen Raumschiff. Gemeinsam mit einer Gruppe Studenten tritt er eine Reise zum Heimatplaneten der Aliens an. Während des Fluges ereignen sich merkwürdige Dinge an Bord.
Vier Menschen mit telekinetischen Fähigkeiten nehmen an einem geheimen Projekt teil. Sie werden trainiert, andere Menschen allein durch Gedankenkraft zu töten. Die Experimente verlaufen zunächst erfolgreich. Doch plötzlich häufen sich rätselhafte Unfälle.
An Bord des Kampfraumschiffes Archipelago befindet sich ein geheimnisvolles Instrument, dessen Funktion keinem Mitglied der Besatzung um Captain Kimbro bekannt ist. Da wird das Schiff von den feindlichen Eboniten überfallen. Die gesamte Crew landet in einem Straflager. Die Eboniten foltern ihre Gefangenen und versuchen mit allen Mitteln herauszubekommen, wozu das mysteriöse Gerät dient.
Beim Landeanflug auf die Venus zerstört ein Versorgungsschiff den Außenposten auf dem Planeten. Der einzige Überlebende des Unglücks ist Captain Davidow. Die Ärzte stehen vor einem Rätsel: Sie wollen unbedingt herausfinden, wie er in der sauerstoffarmen Atmosphäre des Planeten ohne Schutzanzug überleben konnte. Kurz nach der Untersuchung zeigen sich an Davidows Körper sonderbare Veränderungen.
Baird ist hinter Nicole Noone her, um deren Zerwürfnis mit der Library zu kitten. Das führt jedoch dazu, dass sie Nicole bei einer Mission begleitet, um ein gefährliches Artefakt einzusammeln, bevor es in die Hände russischer Grabräuber fällt.
Crichton muss verhindern, dass Scorpius die Wurmlochtechnologie entschlüsselt. Er fliegt zu dessen Kommandotransporter. Um Scorpius Vertrauen zu gewinnen, lässt Crichton sich auf eine äußerst schmerzhafte Prüfung ein.
Scorpius verhandelt mit D'Argo und Rygel die Zukunft von Moya und Talyn. Denen wird er nur dann Immunität gewähren, wenn Crichton ihm endlich bei der Erschaffung künstlicher Wurmlöcher assistiert. Indessen spitzt sich die Lage dramatisch zu: Talyn erleidet einen Anfall von Paranoia und zerstört ein Krankenschiff mit 6000 Mann an Bord.
Die Besatzung der Moya wartet auf die Rückkehr von Talyn. Da nähert sich eine fremdes Raumschiff. An Bord befinden sich geflohene Sträflinge, die zunächst skeptisch von Moya aufgenommen werden. Die Flüchtlinge wähnen sich derweil in Sicherheit, bis ein Peacekeepernotsignal von Moya ausgesendet wird. Nun ist klar, dass es an Bord einen Verräter geben muss.
Crichton ist tot. Aeryn macht eine schwere Krise durch. Auf dem Planeten Valldon, dem vermeintlichen Reich der Toten, sucht sie nach ihm. Tatsächlich gelingt es ihr, Crichtons Aufenthaltsort ausfindig zu machen. Und sie findet noch jemanden: ihre Mutter Xhalax.
Nach einem handfesten Streit mit D'Argo fällt Crichton in ein tiefes Koma. Zwischen Leben und Tod schwebend, gleitet sein Geist in eine Comic-Welt. D'Argo versucht indessen verzweifelt, den Selbstzerstörungsmechanismus eines fremden Raumschiffs zu stoppen.
Nach zähem Ringen kann Crichton endlich den Scorpius-Klon aus seinem Bewusstsein vertreiben. Anschließend setzen er und Jack alles daran, die Wurmlochwaffe so schnell wie möglich fertigzustellen, denn die Scarraner kommen stetig näher und können nur mit dieser Waffe aufgehalten werden. Aber dann werden Jack und Crichton ausgerechnet von Furlow verraten. Die Mechanikerin tötet Jack und kann mit der Waffe fliehen. Crichton nimmt sofort die Verfolgung auf, doch der mörderische Wettlauf bringt ihn in ernste Lebensgefahr …
Der Ancient Jack taucht auf und zeigt John Crichton empört Bilder, auf denen Aliens mit seinem Shuttle durch ein Wurmloch fliegen. John beteuert, nichts davon zu wissen, und sein Shuttle sei zu der Zeit in Moyas Hangar gewesen. Um das Ganze aufzuklären, fliegt John zu der Ingenieurin Furlow, die die Farscape-1 einst repariert hat. Er findet heraus, dass es eine perfekte Kopie seines Shuttles gibt, ausgestattet mit einem Phasenstabilisator für einen sicheren Wurmlochflug. John will die Technologie zerstören, damit sie nicht in falsche Hände fällt. Doch dann gelingt es einem Scarraner, die Daten aus Furlows Computer zu stehlen …
Ein Librarian aus der Vergangenheit tut sich mit den aktuellen Librarians zusammen, um einen uralten und mächtigen Feind zu besiegen, der in der modernen Zeit entfesselt wurde.
Als sich die Menschen plötzlich auf die unglücklichste Weise zu verletzen beginnen, werden die Librarians zu einem Casino geführt.
Flynn und Baird werden in Bairds liebsten Film Noir hineingezogen und damit in eine buchstäblich magische Filmwelt.
Beim Landeanflug auf die Venus zerstört ein Versorgungsschiff den Außenposten auf dem Planeten. Der einzige Überlebende des Unglücks ist Captain Davidow. Die Ärzte stehen vor einem Rätsel: Sie wollen unbedingt herausfinden, wie er in der sauerstoffarmen Atmosphäre des Planeten ohne Schutzanzug überleben konnte. Kurz nach der Untersuchung zeigen sich an Davidows Körper sonderbare Veränderungen.
Schon seit geraumer Zeit beherrschen Außerirdische die Erde. Es gibt nur noch wenige Menschen, die nicht von den Aliens versklavt wurden. Unter der Führung der jungen Rebecca entkommt eine Gruppe Gefangener aus einem Arbeitslager. Doch das Überleben in der Freiheit gestaltet sich für die Menschen schwierig, denn die Aliens haben offenbar alle Pflanzen vergiftet. Hilfe erhofft sich die Gruppe, als sie einen Bauernhof entdeckt.
Die Menschen haben auf dem Planeten Janus eine Kolonie gegründet. Wissenschaftler Dr. Chambers prophezeit, dass in wenigen Tagen eine schreckliche Katastrophe alles Leben auf dem Planeten vernichten wird. Doch niemand schenkt ihm Glauben.
Der junge Physikstudent Todtmann hat eine Wasserstoffbombe konstruiert. Er verschanzt sich in einem Raum in der Universität und droht, die Bombe zu zünden, wenn nicht fünf Menschen, an denen er sich rächen will, vor seinen Augen erschossen werden. Der Psychologe John Martin versucht mit Seth zu verhandeln und macht dabei eine verblüffende Entdeckung.
Bernard Selden leidet unter furchtbaren Wahnvorstellungen. Seine Ärzte behandeln ihn mit einer neuartigen Therapie. Die Behandlung scheint tatsächlich anzuschlagen, zeigt aber eine Besorgnis erregende Nebenwirkung: Bernard erlangt die Fähigkeit, bei anderen Menschen Ängste zu erzeugen.