Naruto versucht Obito durch ein Gespräch an seine Vergangenheit zu erinnern. An den Obito Uchiha, der er mal war. Er erinnert sich an seine Zeit als Ninja-Schüler. An Rin und an Kakashi. Die beiden konnten sich nicht leiden, doch der junge Obito strengt sich umso mehr an, als Kakashi die Prüfung zum Genin besteht. Er schafft die Prüfung ebenfalls und kommt in ein Team mit Kakashi und Rin, das von Minato geleitet wird.
Obito kann nicht begreifen, wie Naruto für diese Welt kämpfen kann. Doch er gibt nicht auf und bereitet sich mit Sasuke auf den entscheidenen Angriff vor. Auch Narutos Freunde machen sich fertig. Sie erhalten von Naruto je ein Rasengan um Obitos Schild zu durchbrechen. Während Kakashi Obitos Gefühle und Gedanken nachfühlt, versucht die Allianz rund um Naruto die Biju-Energie aus Obito herauszuziehen. Zuletzt kann auch Naruto Obitos Gefühle spüren.
Sämtliche Ninjas der Allianz machen sich unter der Führung der fünf Kage bereit für den finalen Angriff. Sie wollen nicht aufgeben und glauben an die Hoffnung, die Naruto ihnen gegeben hat. Dieser kämpft bereits gemeinsam mit Sasuke gegen Obito. Unterbewusst heilt Naruto sogar den sterbenden Shikamaru. Währenddessen macht sich auch Kakashi wieder bereit für den Kampf.Als Obito Naruto fragt, wieso er für diese Welt weiterkämpfen will, ist Naruto nur noch mehr gefasst, den Gegner zu bezwingen.
Shikamaru liegt im Sterben, da er kaum noch Energie hat. Die meisten Ninja sind auf dem Rückzug, als Orochimaru auftaucht. Hashirama fragt sich, wieso die Knospe noch nicht aufgegangen ist und erfährt, dass der Baum das Chakra der letzten Bijus benötigt, ansonsten dauert es noch. In der Zeit will Madara mit Obito tauschen. Naruto und Sasuke bereiten alles für einen erneuten Angriff vor, während die Shinobi-Allianz von Hashiramas Traum erfährt, alle Ninjas zu vereinen
Naruto und sein Vater können mit den beiden Hälften Kyubis genügen Chakra sammeln und es mit Senjutsu stärken, um Obito anzugreifen. Dieser kann sich jedoch rechtzeitig schützen. Noch bevor sie erneut angreifen können, bereitet Obito das ewige Mondlesen vor und beschwört Jubi in seiner letzten Form, den Gottesbaum. Diese uralte Entität ist der Ursprung des Chakras und will es sich wiederholen. Dazu greift er die Ninjas mit Tentakeln an und saugt ihnen alle Energie aus
Mit dem Senjutsu haben Naruto und die anderen Erfolg und können Obito endlich etwas entgegensetzen. Dieser hat jedoch einen Bannkreis errichtet und ist kurz davor Bijukugeln explodieren zu lassen und damit die gesamte Shinobi-Allianz zu vernichten. Durch eine trickreiche Aktion, schafft es Naruto, zusammen mit seinem Vater und den zwei Kyubis, alle aus dem Bannkreis zu retten. Nun will Minato seinem Sohn noch etwas sagen, doch er weiß schon bescheid, da er mit seiner Mutter gesprochen hat.
Alle Versuche Obito anzugreifen schlagen fehl. Er scheint einfach zu stark und zu schnell zu sein. Jutsus selbst wirken bei ihm nicht. Das ist auch der Grund wieso sich Minatos Körper nicht wieder regeneriert. Obtio spottet über Minato und deutet an, wieso er kein Hokage wie sein Lehrer werden wollte. Während Hashirama und Madara einen heftigen Kampf ausfechten, kommt Tobirama eine Idee, wie man Obito doch angreifen kann. Statt Ninjutsu, probieren sie es nun mit Senjutsu.
Der Jubi ist verschwunden. Übrig bleibt nur eine Art Ei, aus dem Obito steigt. Nun ist er der Jinchuriki des Jubi. Mächtiger als zuvor, beißen sich sogar die wiederbelebten Hogakes die Zähne an ihm aus und werden vernichtet. Doch sie können nicht sterben und brauchen nur etwas Zeit, um wiederaufzuerstehen. Minato will ihnen Zeit verschaffen, wird jedoch von Obito daran gehindert. Nun erkennt er, dass Obito noch um die Kontrolle kämpft. Doch nicht für lange. Bevor Minato seinen Plan ausführen kann, erlangt Obito Bewusstsein.
Nachdem Kakashis Vater starb, stieg er schnell auf und schloss in sehr jungen Jahren die Ninja-Akademie ab. Er wurde ein richtiger Ninja, war jedoch nicht sehr beliebt bei den Anderen, wie es Obito zu Ohren kam. Kakashi wurde immer gleichgültiger und Rin sah, wie Obito ihn heimlich zu seinem Rivalen auserkor. Der Sandaime Hokage sah in Kakashi großes Potenzial, war jedoch nicht zufrieden mit Kakashis Sozialverhalten - Abhilfe sollte dort Minato Namikaze schaffen. Doch um ein Team zu bilden, bedarf es anderer Teammitglieder: Obito verspätete sich zur Abschlussfeier der Akademie, aber Rin war so lieb und brachte ihn auf die Bühne des leeren Saals und verlas dort sein Zertifikat. Obito war zu Tränen gerührt und freute sich schon auf seine Zukunft als Genin und wurde Teil des Team Yondaime. Anfangs erledigten sie einfache Missionen, um ihr Teamwork zu stärken, waren jedoch so erfolgreich, dass sie schnell eine C-Rank-Mission bekamen. Dort hatten sie den Auftrag, Minato lediglich zu begleiten und sich von einem Kampf fernzuhalten, was Obito jedoch nicht recht war. Als er dann noch den Gegnern gegenüber stand, stürzte er sich direkt in den Kampf, entgegen Minatos Anweisungen. Minato musste Obito retten, aber als die Gegner auch noch Kakashi und Rin verfolgten, änderte sich die Lage...
Während Sakura weiterhin Naruto behandelt, trifft Madara ein. Obito hält Zetsu fest in sich und will von Madara wissen, was er eigentlich für ihn ist. Madara erklärt, dass alle, die ihm folgen wollen, Madara sind. Bevor Obito zu ihm gehen kann, greifen Kakashi, Gaara und Minato an, werden jedoch zurückgeschlagen. Zum Glück greift Obito Madara an und kann Hachibi und Ichibi entfernen. Kakashi kann Naruto und Sakura wegteleportieren und schließt sich danach Obito an. Dieser erinnert sich an alte Zeiten.
Naruto hat seine Ausbildung im Land der Kröten abgeschlossen und stellt sich nun den übermächtigen sechs Gestalten des Pain entgegen, um seine Heimat Konoha zu retten…
Naruto kehrt in letzter Sekunde zurück, doch reichen seine Kräfte aus, um den übermächtigen Pain zu besiegen?
Ist es wirklich möglich, dass die fünf Kage gemeinsam gegen den übermächtigen Feind kämpfen, um den Krieg endlich siegreich zu beenden? Es scheint so. Aber es tauchen immer neue, durch Edo Tensei wiederbelebte Figuren auf, unter anderem Utataka, der mit seiner Schülerin Hotaru einst auf Wanderschaft gehen wollte, dann aber in einen Hinterhalt geriet und getötet wurde...
Kiba hat bei seinem Kampf mit Sakon noch viel schlechtere Chancen, als er ohnehin schon angenommen hatte, denn Sakons besondere Fähigkeit besteht darin, dass sein Bruder Ukon in ihm wohnt – und immer dann in Erscheinung tritt, wenn ein Kampf ansteht. Kiba hat es also mit zwei starken Gegnern zu tun und sein Vorhaben, Sakon außer Gefecht zu setzen, scheint aussichtslos zu sein. Doch dann greift er zu einem außergewöhnlichen Trick…
Bei einem Kampf zwischen den Otos und Shikamarus Team, geraten Sakon und Kiba aneinander und stürzen in einen Abgrund. Nun steht Tayuya gegen Shikamaru und Naruto – doch sie bekommt unerwartet Hilfe, denn Kimimaro taucht auf – und verschwindet sofort. Naruto nimmt die Verfolgung auf, während Shikamaru sich mit Tayuya herumschlägt… und Orochimaru immer mehr verfällt.
Yamato versucht, Naruto klar zu machen, dass er nicht die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses benutzen darf, nur um schneller an sein Ziel, nämlich Sasuke zu finden, zu gelangen. Kabuto, Orochimaru und Sai sind unterdessen auf dem Weg in ihr Versteck und haben bisher offenbar Yamatos Doppelgänger, der ihnen folgt wie ein Schatten, noch nicht bemerkt. Im Versteck angekommen erwartet sie dort tatsächlich Sasuke. Sakura findet inzwischen erstaunliches über Sai heraus…
Yamato und sein Team kommen langsam dahinter, warum Sai verschwunden ist. Sie nehmen an, dass er von Danzo in das Team geschmuggelt wurde, um an Orochimaru heranzukommen, den der sich zum Verbündeteten machen will. Er will vermutlich Konoha zerstören, so dass sich der Unmut der Bevölkerung gegen Tsunade richtet und sie somit aus dem Amt stürzen. Derweil verfolgt Yamatos Holzdoppelgänger Orochimaru, Kabuto und Sai…
Als Lee erfährt wie schwer es für Shira war Shinobi zu werden, erkennt er wie ähnlich er ihm ist und beschließt den Angreifern zu folgen. Doch bevor es zu einem richtigen Kampf kommen kann, geht Shira dazwischen. Um die Situation friedlich zu lösen, will er den Angreifern seine Schriftrolle überlassen. Zu seiner Überraschung lehnen sie ab, geben stattdessen ihm ihre Schriftrollen und ziehen sich zurück. Daraufhin fordert Lee Shira zu einem freundschaftlichen Kampf heraus.
Die zweite Runde der Chunin-Prüfung beginnt. Es gilt in der Dämonenwüste zu überleben und Schriftrollen von einem anderen Team zu bekommen. Neji, Lee und Tenten tappen in ein Illusions-Jutsu von Shiras Team und werden daraufhin in ein Sandbecken gestürzt. Shira will, dass alle aus Sunagakure durchkommen, doch seine Kameraden aus dem Dorf stellen sich gegen ihn. Neji und die anderen können sich befreien und Shira und sein Team in letzter Sekunde retten.