Orochimaru wird schwächer und schwächer und kann es kaum noch erwarten, dass Sasuke endlich auftaucht und ihm als nächstes Traumgefäß dienen wird… und der ist auf dem Weg zu ihm, immer noch verfolgt von Naruto…
Nachdem Naruto und das Team wieder nach Konoha zurückgekehrt sind, beschäftigt sich Sai intensiv damit, seinen zwischenmenschlichen Beziehungen zu verbessern. Er liest Bücher über Kommunikation und lernt, dass es Nähe schafft, wenn man einem Menschen einen Spitznamen gibt, der zu dessen Eigenschaften oder seinem Charakter passt. Aufgrund Sakuras medizinischer Fähigkeiten, nennt er sie ‚Hexe‘ und ist erstaunt, dass er damit nicht so gut ankommt. Naruto hingegen spricht mit Kakashi, er ist besorgt, da er gegen Sasuke überhaupt keine Chance mehr hat und Kakashi rät ihm trocken, einfach stärker zu werden als Sasuke. Er solle doch sein ganz persönliches, neues Jutsu entwickeln…
Nachdem Naruto, Sai, Sakura und Yamato Sasuke nun endlich gefunden haben, begreift Naruto immer noch nicht, dass er sich mit Orochimaru zusammengetan hat. Naruto versucht Sasuke klar zu machen, dass Orochimaru nur seinen Körper will, um weiterleben zu können, aber Sasuke weiß das längst und es ist ihm egal. Wenn er dafür die Stärke erreicht, die er schon so lange anstrebt…
Tenten hat ihren Platz in der neuen Welt immer noch nicht gefunden. Sie sucht Hilfe bei Kurenai. Doch auch das bringt sie nicht weiter. Kurz darauf lernt sie in einem Teehaus einen fremden Mann kennen, der ihre Situation ausnutzt und sie in eine Falle lockt.
Tenten, die unter dem Einfluss von Madaras aktiviertem Mugen Tsukuyomi steht, wacht plötzlich in ihrem Zimmer auf. Und irgendwie ist alles komplett anders als zuvor…
Als Madara das Mugen Tsukuyomi aktivieren will, kann Oonoki ihm nichts mehr entgegensetzen, da sein Chakra verbraucht ist…
Während der zweiten Runde der Chunin-Prüfung bringt ein gewaltiger Sandsturm die Teilnehmer in Gefahr. Sofort wird die Prüfung unterbrochen und alles daran gesetzt die Teilnehmer in Sicherheit zu bringen. Auch Gaara eilt in die Wüste, um zu helfen. Da der Sandsturm allerdings Teil eines Plans der Verschwörer ist, spielt er ihnen damit ungewollt in die Karten.
Nach einem kurzen mentalen Schlagabtausch, gelingt es Ino Choji aus Sayas Jutsu zu befreien. Als dieser Saya angreift stellt sich heraus, dass sie eigentlich nur eine Marionette war. Zur selben Zeit will Jiraiya Naruto beibringen, wie er das Chakra des Kyubi unter Kontrolle bringen kann. Das endet allerdings für beide im Krankenhaus. Als Inos Team noch einmal von Saya und ihren Leuten angegriffen wird, werden sie und Choji vergiftet. Jetzt liegt es an Sakura ihre Teamkameraden zu beschützen und den Feind in die Flucht zu schlagen
Sakura, Ino und Choji glauben mit einem Umweg sind sie in Sicherheit. Sakura schwächelt, weil sie nicht genug Chakra hat. Plötzlich werden die drei von Sayas Team angegriffen. Choji wird von Sayas Puppen-Technik in Besitz genommen. Ino findet dabei heraus, dass Saya keine Puppenspielerin ist, sondern eine Technik anwendet, die ihrer Shintenshin-Technik ähnelt. Sie versucht nun mit allen Mitteln, Saya aus Chojis Kopf zu bekommen. In der Zwischenzeit erinnert sich Sakura an ihre alten Teammitglieder Naruto und Sasuke, die sie stets vor allem beschützt haben.
Auf der Suche nach Wasser begegnen Sakura, Ino und Choji Ameno und ihrem Team. Im folgenden Kampf geht Ino als erste zu Boden. Nur zu zweit, haben Sakura und Choji kaum eine Chance. Doch Ino hat nur geblufft und überrascht alle mit nie zuvor gesehenen Fähigkeiten, die ihr und ihrem Team den Sieg einbringen.
Ameno und ihr Team versorgen noch ein anderes Team aus Suna, danach brechen sie auf. Woanders ziehen Sakura, Ino und Choji durch die Dämonenwüste. Ihr Vorankommen wird durch die Zankerei der beiden Mädchen erschwert. Nach dem Sieg über einen Riesenskorpion, erinnert sich Ino an ihr Training unter ihrem Vater und unter Tsunade, das sie gemeinsam mit Sakura absolviert hat, bis die erkannte, was ihr Platz im Leben ist. Sie raufen sich schließlich zusammen.
Nachdem Tenten und Ajisai in eine alte Ruine gestürzt sind, müssen sie feststellen, dass sie da nicht so leicht wieder rauskommen. An der Oberfläche suchen Suiren und Fuyo inzwischen nach einem Weg in die Ruine. Dabei werden sie allerdings von Komugi und seinem Team überrascht. Nur konnten die nicht damit rechnen, dass sich Lee und Neji auf die Seite der Genin aus Amegakure stellen und hauen lieber ab. In der Ruine werden Tenten und Ajisai mittlerweile von Riesenameisen verfolgt und geraten in eine Sackgasse. Letztlich gelingt es Tenten aber einen Weg ins Freie schaffen.
Asaji und ihr Team können Komugi und die anderen besiegen. Die Shinobi aus Amegakure ziehen weiter. Als Lee Tenten wieder als nützlich bezeichnet, wird diese sauer. Sie erinnert sich an ihr Training mit Sensei Guy. Sie will nicht länger nur als „nützlich“ gelten. Doch die zweite Runde der Chunin-Prüfung geht weiter. Neji, Tenten und Lee treffen auf Asajis Team. Während des Kampfes stürzen Tenten und ihre Gegnerin in den Abgrund einer zerfallenden Ruine.
Burami und sein Team werden von Hinata, Kiba und Shino verfolgt. Doch sie können ihren Geruch verbergen und lauern den Ninjas aus Konoha auf. Während des Kampfes kommt Kiba auf eine Idee. Er erinnert sich an Naruto und an sein Training. Er und die anderen können Burami und sein Team täuschen und letztendlich überraschen. Endlich haben sie beide Schriftrollen in der Hand.
Auf der Suche nach einer passenden Schriftrolle, um die zweite Runde der Prüfung zu bestehen, beschließen Kiba und sein Team den Gegner in einen Hinterhalt zu locken. Wer darauf reagiert muss zwangsläufig die richtige Rolle haben. Es dauert nicht lange, bis sie an Kazami, Burami und Muyami geraten. Nach einem kurzen Kampf entdeckt Burami die Schriftrolle bei Kiba und sorgt dafür, dass diese seinem Team in die Hände fällt. Daraufhin beschwört Muyami einen Riesenmaulwurf und die Drei suchen das Weite. Kibas Team nimmt die Verfolgung auf, gerät dabei aber in eine Falle aus Treibsand. Mit Akamarus Hilfe können sie sich letztlich befreien und die Verfolgung wiederaufnehmen.
Shira und Lee treten in einem Freundschaftskampf gegeneinander an. Beide geben ihr Bestes und sind sich ebenbürtig. Letztlich gelingt es Lee die Angriffe seines Gegners auszurechnen und ihn zu schlagen. Da seine Wunde wieder aufgeplatzt ist, gibt Shira den Kampf verloren. Daraufhin erzählt er, dass das sein letzter Kampf war und dass er beschlossen hat sich nach Prüfung der Grenzwache anzuschließen. Neji, Lee und Tenten haben also zwei Schriftrollen in ihrem Besitz. Zuletzt erfährt Gaar, dass es sich bei den vermeintlichen Genin aus Takigakure mit Kegon und Yoro in Wirklichkeit um Jonin handelt und dass Fu ein Jinchuriki ist.
Als Lee erfährt wie schwer es für Shira war Shinobi zu werden, erkennt er wie ähnlich er ihm ist und beschließt den Angreifern zu folgen. Doch bevor es zu einem richtigen Kampf kommen kann, geht Shira dazwischen. Um die Situation friedlich zu lösen, will er den Angreifern seine Schriftrolle überlassen. Zu seiner Überraschung lehnen sie ab, geben stattdessen ihm ihre Schriftrollen und ziehen sich zurück. Daraufhin fordert Lee Shira zu einem freundschaftlichen Kampf heraus.
Die zweite Runde der Chunin-Prüfung beginnt. Es gilt in der Dämonenwüste zu überleben und Schriftrollen von einem anderen Team zu bekommen. Neji, Lee und Tenten tappen in ein Illusions-Jutsu von Shiras Team und werden daraufhin in ein Sandbecken gestürzt. Shira will, dass alle aus Sunagakure durchkommen, doch seine Kameraden aus dem Dorf stellen sich gegen ihn. Neji und die anderen können sich befreien und Shira und sein Team in letzter Sekunde retten.
Die Teilnehmer die bestanden haben, erreichen die Grenze zur Dämonenwüste. In dieser wird die zweite Runde stattfinden. Doch vorerst können sie sich eine Nacht ausruhen. Beim Abendessen kommt es zu einem Vorfall, so dass das Essen ungenießbar wird. Choji eilt, trotz Verbot, nach draußen. Ino und Sakura folgen ihm und alle drei werden von Riesenskorpionen angegriffen. Die verrückte Fu kann sie jedoch retten und Aufmerksamkeit auf sich ziehen. Am Morgen geht es los.
Es steht der schriftliche Teil der ersten Runde für die Chunin-Prüfung an. Neiji kommt auf eine geniale Lösung, wie alle Teilnehmer bestehen können. Selbst als Sajin dazwischenfunkt, funktioniert sie noch. Die nächste Aufgabe ist nicht so leicht und Sajin und sein Team fallen durch Egoismus durch. Nun steht der Weg zur zweiten Runde an. Die letzten 30 Teilnehmer, die in Sunagakure ankommen, fallen durch.