Danzo erfährt von einem Untergebenen, dass Hiruzen mit den ANBU dem flüchtigen Orochimaru auf der Spur ist und schickt daraufhin Kinoe los, um Orochimaru an einem Treffpunkt seiner Einheit abzufangen und zu warnen. Orochimaru wiederum trifft Kakashi und es kommt zu einem Kampf, bei dem beide verwundet werden, aber nicht schwer, sodass Orochimaru flüchten kann.
Kakashi wird immer wieder von Albträumen geplagt. Er erfährt, dass ein Junge von den ANBU-Ne das Holzversteck anwendet und möchte wissen, wie man es beherrschen kann. Dabei findet er ein Dokument, aus dem hervorgeht, dass in Konohamaru Versuche unternommen wurden, Hashiramas Zellen zu kopieren, um den Kyuubi kontrollieren zu können...
Naruto geht Tsunade ziemlich auf den Geist, weil er ihr dauernd damit in den Ohren liegt, Sasuke suchen zu wollen – was Tsunade allerdings unsinnig findet, da es keine neuen Anhaltspunkte gibt, wo sich Orochimaru und somit auch Sasuke aufhalten. Doch dann hat Shino eine Idee: die besten Spurenleser sind nicht etwa Hunde, sondern eine ganz besondere Käferart, die allerdings schwer zu finden ist. Aber diese Käfer können auch noch den schwächsten Duft aufnehmen und ihn bis zu seiner Quelle zurückverfolgen und da Sasuke noch ein paar Sachen von sich im Dorf hat… Tsunade schickt Shino, Kiba, Hinata und Naruto auf die Mission, diese besonderen Käfer aufzuspüren. Doch nicht nur sie sind hinter dem Tierchen her…
Mizuki hat eine merkwürdige Substanz getrunken und dadurch unglaubliche Kräfte bekommen. Iruka und Naruto haben keine Chance gegen ihn – bis Pakkun plötzlich auffällt, dass Mizuki langsamer wird. Iruka schließt daraus, dass die Wirkung der Rezeptur nachlässt und lockt Mizuki in eine Falle. Kurz darauf verwandelt er sich in einen alten Mann, weil die Rezeptur die Zellalterung so massiv vorantreibt. Tsunade kann ihn zwar retten, aber Mizuki wird sein Leben als Shinobi nicht weiterführen können. Sakura, die sich entschieden hat, Sanitäterin zu werden, gelingt es endlich, eine wichtige Hürde zu nehmen…
Sakura ist beflügelt von der Idee, Naruto mit ein paar Nahrungspillen beim Training zu unterstützen und stellt welche her. Unterwegs trifft sie Iruka, mit dem sie über alte Zeiten plaudert und als er andeutet, dass er die Klassenclowns immer am coolsten fand, ist sie beleidigt. Derweil trainiert Naruto weiter fleißig die Chakra-Manipulation, um einen Wasserfall teilen zu können…
Naruto und Hinata werden heiraten. Nach altem Brauch sollen ihre Freunde ein Video für das Brautpaar drehen, in dem sie ihre Glückwünsche für die beiden aussprechen. Doch die richtigen Worte zu finden ist schwieriger als anfangs gedacht.
Die Shinobi stehen, trotz seiner Abwesenheit, immer noch unter Gengos Jutsu. Sie kämpfen Mann gegen Mann – solange sie sich nicht befreien können. Shikamaru hat Gengo unterdessen eingeholt – kann er ihn mit seinen eigenen Waffen schlagen?
Der gefangene Shikamaru bekommt einen Zellengenossen: Rou. Können sie zusammen die Flucht ergreifen?
Soku wird in die Leichenhalle gebracht, von wo aus sie anschließend verschwindet. Doch sie ist nicht die Einzige, die fälschlicherweise für tot gehalten wird.
Die Shinobi aus Konohagakure treffen auf einen weiteren Clan. Es kommt zum Kampf und Soku kennt kein Erbarmen – bei ihren eigenen Leuten.
Die Hokage gehen wieder ihre eigenen Wege, ebenso wie die Bijuu. Obwohl sie nun frei sind, entschließen sich zwei, Hachibi und Kurama, bei ihren alten Meistern zu bleiben. Doch Sasuke zerstört die Idylle und entfacht damit Ungeahntes.
Naruto und Sasuke können Teile ihres eigenen Chakras gegen Kaguya einsetzen und sie damit versiegeln. Jetzt müssen sie es nur noch aus der fremden Dimension herausschaffen, um pünktlich auf Narutos 17. Geburtstag zu sein.
Kagashi steckt in einer Krise: Obitos vermeintlicher Tod belastet ihn ebenso, wie der Gedanke, dass er für die Shinobi-Krieger nutzlos geworden sei. Unterdessen geht der Kampf zwischen Naruto, Sasuke und Kaguya immer noch weiter. Doch mit den schwindenden Kräften offenbart sich auch eine Chance, man muss sie nur ergreifen.
Obito Uchiha überrascht alle, als er Kakashi das Leben rettet. Es scheint, als würde der alte, noch nicht wahnsinnige Tobi sich wieder zeigen. Umso mehr bemühen sich Naruto und seine Freunde ihm zu helfen, doch es scheint zu spät.
Hagoromo Otsutsuki berichtet den Hokage, dass die Shinobi in verschiedenen Dimensionen sind. Dort haben die vier um ihr Überleben zu kämpfen – werden sie gewinnen und wieder nach Hause zurückkehren können?
Sasukes und Narutos Plan wird von Kaguya und Zetsu vereitelt. Die Shinobi werden voneinander getrennt und müssen sich alleine ihren Gegnern stellen. Können sie sich in der Eisdimension wiederfinden?
Naruto, Sasuke und Sakura langweilen sich nach ihrer Mission und erfinden daher ihre eigene: Sie wollen herausfinden, was sich hinter Kakashis Maske verbirgt und warum er sie überhaupt trägt. Doch nicht nur die Freunde sind hinter der Lösung des Mysteriums her.
Indora ist verständnislos, als sein Vater verkündet, wer dessen Nachfolger werden soll. Selbst durch die Rechtfertigung für seine Entscheidung ist Indora nicht zu beruhigen und tötet sogar zwei seiner Anhänger. Wer wird seinen Zorn noch zu spüren bekommen?
Auf ihrer Reise kommen Ashura, Taizou und Kanna in das Dorf, das von der Fruchtbarkeit des Shinju profitiert. Doch was zunächst positiv erscheint, stellt sich als tödlich heraus und fordert eine ethische Entscheidung von Ashura.