Hagoromo Otsutsuki berichtet den Hokage, dass die Shinobi in verschiedenen Dimensionen sind. Dort haben die vier um ihr Überleben zu kämpfen – werden sie gewinnen und wieder nach Hause zurückkehren können?
Naruto und Itachi stehen sich gegenüber. Auch Sasukes kleiner Bruder ist dabei. Doch es gibt kein Erbarmen, Itachi beschwört ein Jutsu herauf und kann flüchten. Kann Naruto seinen Plan, das Dorf anzugreifen, vereiteln und gleichzeitig auch seinen alten Freund retten, oder wird das ein Kampf auf Leben und Tod?
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
Shusuis Aufnahme in die ANBU endet tragisch: Er stirbt. Sein Tod hat Folgen, denn durch die darauffolgende Beförderung Itachis kommen er und der Uchiha-Clan sich freundschaftlich näher und verschwören sich gegen einen alten Feind.
Itachi ist in tiefer Trauer wegen des Todes seines Freundes und reagiert deshalb heftiger als nötig, als ihn sein Vater für das Sharingan lobt, das er nur durch den emotionalen Stress heraufbeschwören konnte. Um sich abzulenken, macht er sich gleich zu einer Mission auf, die in einer Verfolgungsjagd endet – sie werden den Flüchtigen doch wohl einholen, oder?
Es ist viel Zeit vergangen. Itachi ist mittlerweile seit drei Jahren Genin und will die alte Stärke des Clans wiederaufbauen. Doch der Plan muss warten, denn eine Ninja-Katze treibt ihr Unwesen. Ist Itachi schon stark genug, um sich ihr entgegenzustellen?
Die Dorfbewohner, inklusive Itachi und Sasuke, müssen sich in Sicherheit bringen, denn Obito aktiviert das Kyuubi und es ist auf totale Zerstörung aus. Alle müssen sich in den Schutzbunker retten, doch nicht jeder schafft es.
Es geht den Teams traumhaft: Da Madaras Mugen Tsukuyomi immer noch wirkt, befinden sich alle in einem Traumzustand, der ihre tiefsten Wünsche und Verlangen offenbart. Wer findet aus der Traumwelt heraus, um seine Freunde aus diesem Zustand zu befreien?
Narutos und Sasukes Kampf ist beendet, dennoch sieht Sasuke keinen Grund mit Naruto ins Dorf zurückzukehren. Das führt zu einem erneuten Kampf, wobei sich ihr Schicksal, Feinde zu sein, offenbart – können sie dagegen ankommen und ihre Freundschaft neu aufleben lassen?
Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.
Naruto hat sich in Pains zweiten Mond in das Kyuubi verwandelt, das Amok läuft. Dank Narutos Siegel kann es dennoch keinen großen Schaden anrichten, aber es muss unbedingt beruhigt werden. Wer kann nah genug an Narutos Inneres herantreten, um das Feuerungeheuer zu zähmen, und was hat Narutos Geburt mit dem Monster zu tun?
Shikamaru und die anderen Ausreißer finden Naruto bewusstlos auf der Turmspitze, der letzte Angriff war zu viel für ihn. Doch ihnen bleibt nicht lange Zeit, um sich die Wunden zu lecken: Sasuke ist wieder verschwunden. Zeitgleich müssen Minato und die anderen Dorfbewohner ihr Zuhause vor Angreifern beschützen, doch sind sie stark genug, um alle zu retten?
Neji ist zurückgeblieben und kämpft gegen die ANBU-Ne, um den anderen den Vorsprung zu sichern. Es sind nur noch zwei Angreifer übrig, doch die werden seine größte Herausforderung in diesem Kampf. Naruto arbeitet sich unterdessen weiter durch Orochimarus Turm, als er unerwartet von einem ANBU angegriffen wird.
Der Kampf gegen die ANBU-Ne ist in vollem Gange, als Naruto die Intention hinter dem Angriff versteht: Die Gegner wollen verhindern, Sasuke von der Begegnung mit Orochimaru abzuhalten. Können sie ihrem Freund nach dieser Erkenntnis noch zu Hilfe eilen, oder ist es schon zu spät?
Sasuke macht sich trotz des Verbots auf den Weg zu Orochimaru. Seine Freunde und sein Mentor versuchen ihn abzuhalten, doch vergebens. Naruto und die anderen haben kurz darauf ein Krisengespräch – sollen sie Sasuke auf seiner gefährlichen Reise folgen?
Sasukes und Narutos Plan wird von Kaguya und Zetsu vereitelt. Die Shinobi werden voneinander getrennt und müssen sich alleine ihren Gegnern stellen. Können sie sich in der Eisdimension wiederfinden?
Neji und TenTen machen sich auf den Weg zu Iou, dem genialen Erfinder von Ninja-Waffen. Er steht in Konohas Diensten, hat sein Labor jedoch außerhalb des Dorfes, weil es ihm hin und wieder mal um die Ohren fliegt. TenTen erinnert sich daran, wie sie vor zwei Jahren schon mal bei ihm waren, um seine neuen Erfindungen in Augenschein zu nehmen. Leider war sie sehr enttäuscht, denn alles, was Iou entwickelt hatte, war kompletter Schrott. Dann allerdings waren Iou und sein Assistent Shoseki verschwunden und das Team entdeckte eine Geheimtür, die zu einem ebenso geheimen Trakt des Labores führte. In diesem experimentierte Iou mit den wirklich wahren ultimativen Waffen, doch bevor sie sich weiter darüber informieren konnten, tauchten zwei Typen auf und machen Ärger…
Sakura wundert sich, wie unbeschwert Naruto trotz der Zerstörung Konohas doch ist und erinnert sich dabei an eine Begebenheit von früher. Vor einiger Zeit bestand mal der Verdacht, dass das Chakra-Virus im Dorf umgehen würde. Es sorgt dafür, dass das Chakra sich in Fieber umwandelt und das würde bedeuten, dass kein Shinobi mehr die Kraft hätte, Jutsus anzuwenden und zu kämpfen. Da Naruto auffällig geniest hat und außerdem bei seiner letzten Mission in einem Dorf war, in dem das Chakra-Virus gerade grassierte, glaubt Tsunade, dass er ein Virusträger ist und lässt das Dorf evakuieren. Außerdem setzt sie Leute auf Naruto an, die ihn einfangen sollen, damit er nicht noch mehr Leute ansteckt, denn Sakura geht es sauch schon schlecht. Doch Naruto einzufangen erweist sich als besonders schwierig und Einer nach dem Anderen scheitert an diesem Vorhaben…
Zur Verwunderung aller tun sich Madara und der demaskierte Obito zusammen, um gegen die fünf Kage zu kämpfen und können dabei Erfolge verbuchen, aber endgültig schlagen können sie sie nicht. Tsunade kann Katsuyu im letzten Moment beschwören, das Leben der fünf Kage zu retten. Zwischen Obito und Madara gilt es einige Geheimnisse zu lüften.