Boruto ist frustriert. Team 7 wird nur noch für banale Aufgaben und Botengänge abgestellt. Konohamaru erinnert die Truppe daran, dass solche Dienste zum Alltag eines Ninjas dazugehören. Doch dann scheint eine Mission auf die Truppe zuzukommen: Ein Geiselnehmer hat sich in einer Bank verschanzt. Boruto will den Übeltäter bezwingen, doch der Fall nimmt eine überraschende Wendung.
Iori zeigt sein wahres Gesicht. Die Täuschung hatte er von Anfang an geplant. Nachdem er Lady Kiri entführt hat, bringt er diese zu Hidari. Konohamaru zeigt sich und gibt vor, die Besitzurkunde für Hidari an einem Baum zu deponieren. Doch das ist Teil eines größer angelegten Plans. Team 7 muss effektiv zusammenarbeiten, sonst steht nicht nur das Gelingen der Mission auf dem Spiel.
Mitsuki erinnert sich daran, wie er in der Vergangenheit ohne Erinnerungen bei Orochimaru aufgewacht ist. Dieser erzählte ihm, dass sein Gedächtnis von einem Shinobi namens Log geraubt worden sei. Er bittet Mitsuki, ihn auf einer Mission zu begleiten, um sowohl Mitsukis Erinnerungen als auch einen wichtigen Gegenstand von Log zurückzubekommen.
Die frisch gebackenen Genin werden in Dreierteams aufgeteilt. Von Teamgeist ist bei den drei ehemaligen Klassenkameraden Sarada, Mitsuki und Boruto jedoch nichts zu spüren. Die Streithähne Sarada und Boruto werden sich nicht einig und so bittet Sarada schließlich darum, in ein anderes Team wechseln zu dürfen. Ihr Gesuch müssen die drei allerdings beim Siebten Hokage persönlich stellen.
Boruto erreicht Kakashi während der Prüfung als erster. Doch trotz aller Anstrengung wird er von Kakashi überwältigt. Der sechste Hokage hat für die Einstellung von Boruto und seinen Klassenkameraden nur harte Kritik übrig. Mit der Hilfe seiner Freunde gelingt es Boruto zwar zu entkommen, doch Kakashis Worte sind nicht spurlos an ihm vorbeigegangen.
Nach der schriftlichen Abschlussprüfung müssen die Genin in einer praktischen Prüfung ihre Kampfkünste unter Beweis stellen. Und so heißt es: Lehrer vs. Schüler. Auch Kakashi, der Sechste Hokage, ist mit von der Partie. Die Schüler müssen sich Kakashis berühmt berüchtigter Glöckchen-Prüfung unterziehen. Die Aufgabe ist nicht leicht, denn die Erwachsenen halten sich keineswegs zurück.
Vor den Abschlussprüfungen gibt es Gespräche mit Schülern, Eltern und Lehrern. Boruto hat seine Ninjutsu-Kurse mit Bestnoten abgeschlossen. Während der Prüfungsvorbereitungen taucht ein mysteriöser Journalist namens Scare auf, der einen Artikel über die Schüler schreiben will. Borutos gleichgültige Art beunruhigt ihn, deshalb spricht er ihm eine Warnung aus.
An der Akademie stehen die Abschlussprüfungen an. Während sich alle fleißig darauf vorbereiten, hat Boruto ganz andere Sorgen: er befürchtet, dass die Freundschaften mit seinen Klassenkameraden nach der Akademie auseinander gehen könnten. Deshalb plant er einen Campingausflug, um damit den Zusammenhalt der Gruppe zu stärken und Erinnerungen zu schaffen, die den Abschluss überdauern.
Runde Drei der Chunin-Auswahlprüfung besteht wie gewohnt aus direkten Eins gegen Eins-Kämpfen! Boruto trifft in erster Instanz auf Yurui aus Kumogakure. Shikadai bekommt es mit Yodo aus Sunagakure zu tun. Doch dann muss Chocho ausgerechnet gegen Shinki antreten …Kann der Genin aus Konoha gegen diesen übermächtigen Kontrahenten bestehen?
Sakura hatte Naruto erzählt, dass sie in ihn verliebt ist, doch nun stellt sich heraus, dass sie ihn damit nur davon abbringen wollte, weiterhin nach Sasuke zu suchen. Dieser Versuch ist gescheitert und so machen Sakura, Sai, Lee und Kiba sich auf eigene Faust auf die Suche nach Sasuke. Als Kiba eine Spur aufnimmt und feststellt, dass er nicht weit entfernt sein kann, wendet Sakura ein Jutsu an, dass die Anderen einschlafen lässt, so dass sie Sasuke allein treffen kann. Auf dem Weg zu Sasuke denkt sie zurück an die Zeit, als sie noch mit Sasuke, Naruto und Kakashi in einem Team war. Dann trifft sie ihren alten Teamkameraden endlich wieder und macht ihm ein überraschendes Angebot…
Danzo und Sasuke stehen sich im Kampf gegenüber. Danzo rechnet sich gute Chancen aus, seinen Widersacher besiegen zu können, doch das ist ein Trugschluss. Sasuke hat ihn mit einem Gen-Jutsu belegt, das ihn das glauben lässt, einige der Sharingan-Augen auf seinem Arm seien noch geöffnet. In Wahrheit ist Danzo jedoch am Ende. Als letzten Ausweg schnappt er sich Karin, die Sasuke bei einem Angriff Danzos zur Hilfe geeilt war, um mit ihr Sasuke zur Aufgabe zu bewegen. Doch Sasuke hat einen anderen Plan.
Während Naruto geschwächt ist und von Sakura wiederhergestellt wird, verschärft sich die Lage. Zum Glück hat Shikamaru eine Idee, um den Juubi zumindest kurzzeitig aufzuhalten und verbindet sich dafür mit allen anderen Shinobis, um gemeinsam zu kämpfen. Die Zeit reicht aus und es kommt unerwartete Verstärkung aus dem Reich der Toten und von allen vier Hokages.
Der Kampf zwischen Obito und Madara auf der einen und Naruto mit seinen Freunden und Kakashi auf der anderen Seite geht weiter. Es wird mit allen Tricks gearbeitet und Naruto scheint in Gefahr zu sein. Kakashi, der sich eigentlich vornehm im Hintergrund hält, versucht, auf Obito einzuwirken, zumal Madara sich im Moment relativ ruhig verhält.
Naruto und Choji wollen in Ichirakus Nudelsuppenrestaurant etwas Leckeres essen, aber es ist geschlossen. Tatsächlich stellt Teuchi ganz allein in der Küche ein neues Rezept zusammen. Und das hat seine Gründe: Seine Tochter Ayame wurde entführt, denn genau auf dieses Rezept haben es Ninja-Chefköche abgesehen, die für die Ernährung der Ninjas auf den Missionen besonders gesunde Speisen anbieten wollen, um die Leistung zu steigern, damit aber keinen Erfolg haben. Es kommt zu einem spannenden Kochduell.
Naruto versucht mit Lady Tokis Freund Chisima, das Mädchen aus den Händen seiner Entführer zu befreien. Chisima ist allerdings wegen seiner Verletzung ausserstande zu helfen, ja er wird plötzlich sogar ohnmächtig. Jetzt steht Naruto allein den Entführern gegenüber. Er versucht, mit seinem Jutsu der Schattendoppelgänger, seine Gegner zu besiegen, aber es funktioniert nicht. Plötzlich kommen aber Sensei Kakashi, Ten Ten und Neji zu Hilfe. Lady Toki wird befreit, und kann nun versuchen, dem Wunsch ihrer Familie entsprechend, ihrem Land der Vögel zu neuer Blüte verhelfen.
Guren ist sauer, weil sie von Orochimaru den Auftrag erhält, „Babysitter“ für Yukimaru zu spielen. Naruto hat inzwischen herausgefunden, dass weder Gamakichi noch Gamatatsu die Technik „Wasserversteck“ beherrschen, was er höchst ärgerlich findet, denn Kröten sollten das seiner Meinung nach draufhaben. Trotzdem geben sich die beiden Mühe, Naruto bei seinem Training zu unterstützen…
Naruto trainiert unter Anleitung von Jiraiya mit Gamatatsu den Gleichklang, den er mit seinem vertrauten Geist haben sollte. Das beginnt damit, dass er die Bewegungen von Gamatatsu synchron ausführen soll. Um das zu üben, singen die beiden zunächst ein Lied, was Naruto ziemlich nervt, aber wenn es der Sache dient… Der nächste Schritt ist es, die Gefühle des Anderen zu erahnen und entsprechend darauf zu reagieren. Doch wie analysiert man die Gefühle einer Kröte…
Runde Drei der Chunin-Auswahlprüfung besteht wie gewohnt aus direkten Eins gegen Eins-Kämpfen! Boruto trifft in erster Instanz auf Yurui aus Kumogakure. Shikadai bekommt es mit Yodo aus Sunagakure zu tun. Doch dann muss Chocho ausgerechnet gegen Shinki antreten …Kann der Genin aus Konoha gegen diesen übermächtigen Kontrahenten bestehen?
Trotz Sasukes Bedenken, startet der zweite Teil der Chunin-Auswahl-Prüfung. Ziel ist die Eroberung der feindlichen Flagge – gekämpft wird in Dreier-Teams. Sarada und Mitsuki gehen in die Offensive, während Boruto die Aufgabe zufällt, die eigene Flagge zu beschützen. Doch er gerät schneller in Schwierigkeiten, als ihm lieb ist.