Es brodelt in Konoha, die sozialen Unruhen werden immer lauter. Unzufriedene Arbeiter organisieren Demonstrationen, um die schlechten Arbeitsbedingungen bei den großen Konzernen anzuprangern. Naruto berät sich mit Sai und Shikamaru. Sie stellen fest, dass die stark steigende Unzufriedenheit der Bevölkerung scheinbar mit dem Auftauchen der Byakuya-Bande in Zusammenhang steht.
Die Byakuya-Bande sorgt für Unruhe im Dorf. Die Meinung der Bewohner über die Raubzüge der Gruppe ist jedoch alles andere als einheitlich. Denn die Mitglieder der Bande stellen sich als „edle Räuber“ dar und stehlen ausnahmslos bei den Reichen, um es den Armen zu geben. Als die Byakuya-Bande auf ihren nächsten großen Raubzug geht, stellen sich Temari und einige Genin ihr entgegen.
Es stellt sich heraus, dass der Bombenalarm im Einkaufszentrum ein Ablenkungsmanöver war. Unbekannte haben während des Polizeieinsatzes einen wertvollen Edelstein gestohlen. Mit Hilfe des Forschers Katasuke findet Team 7 heraus, dass der gestohlene Edelstein bald verkauft werden soll. Boruto, Sarada und Mitsuki wollen sich als Interessenten ausgeben, doch die Übergabe endet anders, als geplant.
Boruto ist frustriert. Team 7 wird nur noch für banale Aufgaben und Botengänge abgestellt. Konohamaru erinnert die Truppe daran, dass solche Dienste zum Alltag eines Ninjas dazugehören. Doch dann scheint eine Mission auf die Truppe zuzukommen: Ein Geiselnehmer hat sich in einer Bank verschanzt. Boruto will den Übeltäter bezwingen, doch der Fall nimmt eine überraschende Wendung.
Iori zeigt sein wahres Gesicht. Die Täuschung hatte er von Anfang an geplant. Nachdem er Lady Kiri entführt hat, bringt er diese zu Hidari. Konohamaru zeigt sich und gibt vor, die Besitzurkunde für Hidari an einem Baum zu deponieren. Doch das ist Teil eines größer angelegten Plans. Team 7 muss effektiv zusammenarbeiten, sonst steht nicht nur das Gelingen der Mission auf dem Spiel.
Nachdem Momoshiki seinen Partner Kinshiki absorbiert hat, ist er praktisch zu einem unbesiegbaren Monster geworden. Naruto, Sasuke und die Kage geben alles und schaffen es, trotz herber Rückschläge, Momoshiki beinahe zu bezwingen. Doch der bäumt sich erneut auf und der geschwächte Naruto gibt seine Energie an Boruto weiter, um mit dessen Rasengan Momoshikis Leben endlich ein Ende zu setzen.
Sakura fängt Sasuke ab, um mit ihm zu reden, denn sie hat längst eingesehen, dass sie mit ihm hätte mitgehen sollen, als er das Dorf damals verließ. Sie möchte ihn auf seinem weiteren Weg begleiten, doch Sasuke lehnt ab. So kommt es zu einer Auseinandersetzung, die eskaliert, aber Kakashi taucht im letzten Moment auf und kann Schlimmeres verhindern. Sasuke versucht bei der Gelegenheit zu erklären, warum er so ist, wie er ist und dass er sich von allen nicht ernst genommen fühlt. Sein Wunsch nach Rache ist einfach zu stark, und treibt ihn immer weiter. Darum hat er auch kein Problem damit, gegen Kakashi zu kämpfen. Der Kampf hat gerade erst begonnen, als wie aus dem Nichts Naruto auftaucht…
Naruto liegt nach seiner Bewusstlosigkeit im Bett und denkt über viele Begebenheiten mit Sasuke nach. Yamato passst auf ihn auf, während Kakashi sich auf die Suche nach Sasuke gemacht hat, doch Naruto will nicht einfach im Bett liegen und nichts tun. Darum erschafft er einen Schattendoppelgänger, um Yamato zu täuschen und macht sich selbst wieder auf die Suche. Er denkt die ganze Zeit darüber nach, welche Ratschläge er von wem in Bezug auf seine Suche nach dem Freund bekommen hat und was er dabei über Beziehungen und Freundschaften gelernt hat. Er glaubt jetzt, endlich begriffen zu haben, wie Sasuke sich fühlt und er brennt darauf zu ergründen, ob er die Freundschaft zwischen den beiden wieder entfachen kann.
Im Kampf gegen den Jubi gelingt es Naruto und Sasuke mit Hilfe von Gamakichi und Aodo zum Jubi vorzustoßen und einen schweren Treffer zu landen. Dabei kombinieren sie ihre Attacken so, dass daraus ein völlig neues Jutsu entsteht. Gleichzeitig beginnt Sakura mit Hilfe von Katsuyu die Verletzten zu versorgen. Die neue „Dreier Blockade“ ist also in vollem Gange. Andernorts finden Orochimaru, Karin und Suigetsu die schwer verletzte Tsunade und tun alles nötige um ihre Wunden zu versorgen. Als Tsunade wieder bei Kräften ist, darf zu ihrem Erstaunen feststellen, dass Orochimaru sich nach all den Jahren zum Guten gewandelt zu haben scheint.
Während der Kampf gegen den Jubi immer noch in vollem Gange ist, taucht plötzlich Sasuke auf und schließt sich dem Kampf an. In der Zwischenzeit startet der Jubi einen weiteren gewaltigen Angriff. Den Hokage der vergangenen Generationen gelingt es allerdings den Bannkreis aufrecht zu erhalten und die Attacke abzuwehren. Nun wittert Hashirama die Chance für einen Gegenangriff und sorgt dafür, dass die Truppen durch kleine Öffnungen in den Bannkreis gelangen können. Bevor diese den Jubi aber erreichen können, erschafft er unzählige Doppelgänger und ein erbitterter Kampf entbrennt, bei dem auch alle Teams aus Konoha zeigen wollen, was sie drauf haben
Naruto ist verschwunden, und Sensei Anko, Ino und Shino machen sich auf die Suche nach ihm. Das ist gar nicht so leicht, wenn man Naruto kennt. Denn der ist inzwischen bei Isaribi gelandet, einem Mädchen, das ihm gesteht, einmal vom Seeteufel entführt, aber wieder zurückgekommen zu sein. Seitdem werde sie in dem Dorf, aus dem sie stamme, verachtet und sei deshalb in dem Ort, in dem sie nun lebe. Aber auch dort wird sie von allen angefeindet, das bekommt natürlich auch Naruto zu spüren.
Naruto würde gerne wieder einmal an einer Mission teilnehmen. Auch Ino langweilt sich. Wie es der Zufall will, kommt Shino zu ihnen und bittet die beiden zu Tsunade. Es geht tatsächlich um eine Mission, die von Anko angeführt wird, jener strengen Prüferin aus der Zeit der Chunin Auswahlprüfungen. Die jungen Ninjas sind nicht gerade begeistert, aber sie beugen sich Tsunades Anweisungen. Ziel der Mission soll es sein, den berüchtigten Seeteufel, der an der Küste des Landes der Ozeane mit Raubzügen und Entführungen sein Unwesen treibt, das Handwerk zu legen.
Naruto versucht nach wie vor, gemeinsam mit Gamatatsu, sein neues Jutsu zu beherrschen. Doch dafür müssen sie absolut synchron handeln, was sich als fast unmöglich erweist. Dennoch darf er zusammen mit Sakura und Yamato auf die Mission gehen, um Kakashi und Co. zu unterstützen. Die wiederum haben endlich die Spur von Rinji und seinen Leuten aufgenommen und stehen ihnen nun gegenüber…
Naruto versucht immer noch, ein Kombinations-Jutsu hinzubekommen, indem er sein Wind-Chakra mit Gamatatsus Wasser mischen will. Der Knackpunkt ist allerdings, dass sie dafür synchron agieren müssen und dabei hapert es zwischen den beiden noch erheblich. Wenn Gamatatsu Wasser spuckt, ist Naruto mit seiner Chakra-Zugabe unkonzentriert oder umgekehrt. Gamakichi kommt auf die Idee, dass Naruto in Gamatatsus Mund liegen soll, weil er so genau die Bewegungen und Abläufe spürt – ein Vorschlag, der bei Beiden nicht auf Gegenliebe stößt…
Naruto wird vom Ootsutsuki-Clan festgehalten. Sie wollen sein Chakra extrahieren, doch Naruto gibt nicht auf und leistet Widerstand. Und auch in Konoha plant man nicht, Narutos Entführung einfach hinzunehmen: Sämtliche Kage schließen sich mit Sasuke und Boruto zusammen. Ihr Ziel: Die Befreiung des Hokages von Konoha! Eine erbitterte Schlacht beginnt!
Naruto setzt alles auf eine Karte, um die Anwesenden vor dem Ootsutsuki-Clan zu schützen. Boruto hingegen versteht endlich das ganze Ausmaß der Liebe seines Vaters gegenüber dem Dorf mitsamt seinen Bewohnern. Doch dann wird Naruto verschleppt. Sasuke beginnt damit Vorbereitungen für Narutos Rettung zu treffen und erkennt in Boruto einen gereiften und fähigen Mitstreiter für diese Mission.
Boruto hat das Finale für sich entscheiden können. Als ihm Naruto gegenübersteht werden die beiden von Momoshiki und Kinshiki angegriffen. Die Anhänger des Ootsutsuki-Clans, offenbaren ihnen, welchen düsteren Plan sie verfolgen. Während Naruto ein erbitterter Kampf gegen Momoshiki bevorsteht, bittet er Sasuke darum, die Kinder in Sicherheit zu bringen. Wird er diesen Kampf überleben?
Im Finale stehen sich Sarada, Boruto und Shinki gegenüber. Ausweglos müssen die beiden einstigen Teamkollegen feststellen, dass sie ihren Gegnern nicht gewachsen sind. Im Team versuchen sie Shinki zu Fall zu bringen – doch auch dabei scheitern sie. Als Sarada nicht mehr kämpfen kann, liegt es an Boruto, Shinki zu besiegen. Für den finalen Kampf setzt er ein nicht erlaubtes Hilfsmittel ein. Bleibt seine Tat unbestraft?
Das Turnier nähert sich seinem Finale und auch Sarada und Mitsuki müssen sich nun Sunagakure stellen: Sarada trifft auf Araya, Mitsuki auf Shinki. Kann sich Team 7 gegen Gaaras Schützlinge behaupten? Sarada kämpft mit Hilfe ihrer Shuriken- und Sharingan-Fähigkeiten, doch Araya kontert mit Leichtigkeit. Mitsuki und Shinki hingegen liefern sich ein beeindruckendes Match auf Augenhöhe!