Tosaka offenbart seine wahren Absichten: Er setzt Jugo für zwielichtige Zwecke ein und möchte so eine absolute Fluchmal-Waffe erschaffen. Derweil müssen sich Sarada, Sumire und auch Karin in einem Kampf gegen starke Zwillinge beweisen, die sich absichtlich mit dem Fluchmal infiziert haben.
Sumire ist noch immer verschwunden. Boruto, Sarada und Mitsuki machen sich auf den Weg, um nach ihr zu suchen. Dabei finden sie diese ohnmächtig am Boden auf. Ihr gegenüber stehen zwei umhüllte Gestalten. Als die beiden ihre Maske fallen lassen, kommen zwei vertraute Gesichter zum Vorschein: Karin und Suigetsu. Als Sumire wieder zu sich kommt, lüftet sie ein dunkles Geheimnis.
Nicht nur Jugo ist mit einem Fluchmal gebrandmarkt, sondern auch die Vögel des Waldes. Dank einem Medikament kann Jugo seine Verwandlung in ein Monster unterbinden. Doch das Mittel schwächt ihn zunehmend, sodass er mehr Zeit benötigt, um die Vögel von ihrem Fluchmal zu retten. Als sich Jugo erneut in das Monster verwandelt, wird er von einem Forschungsteam außer Gefecht gesetzt und festgenommen.
Boruto und Sarada haben Jugo verfolgt und dabei eine schreckliche Entdeckung gemacht: Er ist das Monster, welches im Wald sein Unwesen treibt. Aufgrund eines Fluchmales verwandelt sich Jugo in eine unaufhaltsame Bestie. Doch in welchem Zusammenhang steht das Fluchmal mit dem seltsamen Verhalten der Waldvögel?
Das Team 7 wird zusammen mit Team 15 zu einem Einsatz geschickt. Anlass der Mission ist das ungewöhnliche Verhalten von Waldvögeln. Um der Ursache nachzugehen, bekommen sie tatkräftige Unterstützung von dem Ornithologen Herrn Tosaka.
Shikadai plagt das schlechte Gewissen. Er war erneut nicht in der Lage, bei einer Mission sein „Schattenfesseln-Jutsu“ anzuwenden. Sein Scheitern beschäftigt ihn so sehr, dass er sich über den Rat des Ältesten des Nara-Clans, eine Karriere in der Politik anzustreben, tatsächlich Gedanken macht.
Das Team 15 stellt sich im Kampf gegen Kunsträuber. Als Namida dabei verletzt wird, kann sie ihre Emotionen nicht mehr zurückhalten, sodass sie unkontrolliert ihr starkes „Heul-Jutsu“ anwendet. Die Räuber konnten zwar in die Flucht geschlagen werden, jedoch musste auch ihr Team unter der Attacke leiden. Um dieses bei künftigen Missionen nicht mehr in Gefahr zu bringen, möchte sie ein anderes Jutsu perfektionieren.
Sarada zeigt sich verständnisvoll, als ihre Mutter am Eltern-Kind-Tag keine Zeit für sie hat. Ausgerechnet ihr Vater, zu dem sie keine enge Beziehung pflegt, sucht sie auf und möchte den Tag mit ihr verbringen. Um seine Tochter besser zu verstehen, macht er jedoch keine sonderlich gute Figur.
Aufgrund des Eltern-Kind-Tages findet ein Wettessen statt, bei dem auch Kinder antreten dürfen – dies lässt sich Chocho nicht entgehen. Sie tritt gemeinsam mit ihrem Vater Chouji an. Letzterer hofft, mit dem Gewinn die Gunst seiner Frau zurückzugewinnen. Schnell hat das Vater-Tochter-Team die erste Runde überstanden. Allerdings müssen die beiden feststellen, dass sie es fortan mit einer starken Konkurrenz zu tun haben.
Der Eltern-Kind-Tag, ein neuer Feiertag in Konoha, löst Freude bei Himawari aus. Sie möchte unbedingt mit ihrem Vater Naruto einkaufen gehen, um einen Spielzeug-Fuchs zu ergattern. Schnell erkennen die beiden, dass es wohl nicht so einfach ist, an eines dieser begehrten Spielzeuge zu gelangen.
Die Katastrophe in Iwagakure konnte gerade noch verhindert werden. Boruto und seine Kameraden kehren nach Oonokis Tod mit Mitsuki nach Konohagakure zurück. Dort müssen sie sich den Konsequenzen stelle. Auch wenn der Alltag so langsam wiederkommt – die vergangenen Ereignisse sind an keinem vorrübergegangen und als Mitsuki erneut das Dorf verlassen will, muss Boruto, Team 7 wieder vereinen.
Kuu, der sich durch das gestohlene Herz regeneriert hat, hat es auf Mitsuki, Boruto und Sarada abgesehen. Die Lage scheint fast ausweglos. Doch Kuu hat die Rechnung ohne den Oonoki gemacht. Unter Einsatz seines Lebens stellt sich der dritte Tsuchikage dem Anführer der künstlichen Menschen und es kommt zum erbitterten Kampf in Iwagakure. Und auch für Boruto und seine Kameraden gibt es Hoffnung.
Konohamaru wird wegen Kankitsus in Konoha unter Hausarrest gestellt. Boruto und Akasi versuchen Kankitsu davon abzuhalten, den nächsten Schritt seines Planes durchzuführen. Um ihn zu stoppen, benötigt Boruto allerdings Konohamarus Hilfe.
Boruto und Konohamaru erfahren, dass Remon bald ihren Verlobten Kankitsu heiraten wird. Die beiden Ninjas finden heraus, dass hinter der Hochzeit mehr steckt als zunächst gedacht. Auf Drängen von Remons Bediensteter Asaki hin, stellen sie weitere Nachforschungen an – bis Asaki plötzlich verschwindet.
Konohamaru kommt in einem Dorf einer Frau namens Remon zu Hilfe – diese wird von seltsamen Männern verfolgt und belästigt. Damit sie die Besichtigung des Ortes weiter fortsetzen kann, beschließen Boruto und Konohamaru sie zu beschützen.
Die Mitglieder des Team 25 sind durch mehrere vermasselte Missionen in Ungnade gefallen. Nun sollen sie in einer Postfiliale aushelfen, doch auch dabei bricht schnell Chaos aus. Als sie einen Überraschungsbesuch bekommen, müssen sich Hoki, Hako und Renga endlich zusammenreißen, um erfolgreich zusammenzuarbeiten.
Boruto und seine Freunde sind passionierte Sammler der Ultra-Shinobi-Karten. Diese sind so beliebt, dass die erste Auflage innerhalb kürzester Zeit vergriffen war. Doch nun gibt es Nachschub und das lassen sich Boruto, Shikadei und Metal natürlich nicht entgehen.
Shikadai wurde inzwischen zum Chunin befördert und bekommt seinen ersten Auftrag. Zusammen mit Boruto, Iwabee und Wasabi, soll er eine seltene Blume finden, die nur alle paar Jahre einmal blüht. Das Team muss sich allerdings beeilen, denn sie sind nicht die einzigen, die hinter der außergewöhnlichen Pflanze her sind …
Naruto und Shikamaru versuchen, einen passenden Kandidaten für die Position des Chunin zu bestimmen. Dafür begutachten sie die Prüfungsergebnisse noch einmal ganz genau an. Doch es kommt nicht nur auf gute Leistungen an – der Chunin muss sich schließlich auch unter Druck beweisen können.