Yuya comes across Ruri, who is still under the control of the Doctor's parasites. Yuya attempts to fight off Ruri, made harder when Serena joins the fight. Yuto decides to take control and face the two girls.
Asuka stays behind to fight Yuri while Sora and the others go on ahead. Yuri uses a different deck and fights Asuka, who tries to reach out a helping hand to Yuri. That's when Yuri reveals the real reason why he does what he does.
Da Yugi die rechte Kampfentschlossenheit fehlt, ist Mai auf dem besten Wege ihn zu besiegen. Ihm bleiben nur noch wenige Lebenspunkte. Mit Hilfe des Millenniumspuzzles findet er einen Ausweg.
Yugi tritt im Duell gegen Mai an. Da er sie eigentlich mag, versucht er sein Millenniumspuzzle und damit Yami Yugi unter Kontrolle zu halten. Aber so kann er sich kaum auf den Kampf konzentrieren.
Pegasus' Computer entscheidet, dass Yugi gegen Mai, und Bandit Keith gegen Joey spielen soll. In der Nacht vor der großen Entscheidung erkunden Tristan, Bakura und Tea einen mysteriösen Turm, in dem sie nach Beweisen für Pegasus' Falschspiel suchen. Dort werden sie von ihm überrascht.
Mitten im Duell zieht Pegasus Kaibas Drachen auf seine Seite und infiziert das gesamte Deck. Nachdem er das Spiel verloren hat, wird Kaibas Seele wie die seines Bruders mit Hilfe einer Karte in einer anderen Dimension gefangen gehalten.
Joey, Tristan, Yugi, Tea, Mai und Bakura schauen sich in dem Haus von Pegasus das Duell ‚Kaiba gegen Pegasus‘ an. Pegasus spielt den Unterlegenen. Da er aber mit Hilfe des Millenniumsauges in die Karten seines Gegners sehen kann, ist er ihm immer einen Zug voraus. Kaiba liegt mit 1000 Punkten zurück.
Mai will dem depremierten Yugi ihre restlichen Sternchips schenken. Nur will Tea gegen Mai in einem Duell um eben diese Sternchips antreten. Tea spielt die Karte ‚Freundschaft‘ und wider Erwarten gewinnt die Anfängerin gegen den Profi.
Da es Yugi gelingt, den Ultradrachen zu schwächen, steht er kurz vor seinem Sieg. Da stellt sich Kaiba auf die Zinne eines Turms, und überlässt Yugi die Entscheidung, ihn durch die Druckwelle seines nächsten Zuges zu vernichten. Yugi kämpft gegen Yami Yugi um die richtige Entscheidung und lässt schließlich Kaiba gewinnen. Jetzt kann Kaiba in die Burg und gegen Pegasus antreten.
Nachdem Pegasus' Schergen sicher sind, dass Kaiba tot ist, setzt Pegasus einen von ihm kreierten Geist Kaibas ein, um mit Yugi zu kämpfen. Doch dieser besitzt Kaibas Deck, inklusive der fast unbesiegbaren Karte, Weißer Drache mit dem eiskalten Blick. Und während dessen bricht der wahre Kaiba mit Hilfe seines Computers in Pegasus' Großrechner ein, um Yugi bei seinem Duell zu unterstützen.
Mokuba, Kaibas kleiner Bruder, befreit sich aus Pegasus' Gefangenschaft und will unbedingt gegen Yugi kämpfen. Die fünf Geschäftsführer der Kaiba Corporation machen mit Pegasus einen Deal: Er soll Kaiba aus dem Weg räumen, seinen kleinen Bruder gefangen halten und Yugi schlagen. Im Gegenzug dazu erhält er Einblick in die Firmengeheimnisse.
Yugi trifft auf Mako, den Fischer, der ihn zum Duell herausfordert. Doch gegen das Monster der Meere scheint er keine Chance zu haben. Bis die Mondkarte ins Spiel kommt.
Joey nimmt die Duellforderung von Mai an, hat aber wenig Chancen gegen ihre Harpyie und die Zauberkarten. Gerade noch rechtzeitig fällt ihm der Zauberer der Zeit ein. Dieser mutiert seinen Babydrachen zu einem tausendjährigen Drachen und lässt Mais Harpyien um tausend Jahre altern.
Der Kampf zwischen Weevil und Yugi nimmt kein Ende. Damit sich das Blatt wendet, erschafft Weevil die unbesiegbare Riesenmotte. Yugi hat ebenfalls einen Trumpf bereit: Makiu, den teuflischen Sprühregen.
Weevil lockt Yugi während des Duells in einen Hinterhalt, übersieht aber, dass Yugi eine Fallenkarte aufgebaut hat, die seinen eigenen Angriff wie ein Spiegel reflektiert. Der clevere Weevil gibt sich nicht geschlagen. Er spielt seinen letzten Triumph aus.
Yugi erhält von Pegasus eine Einladung zu einem Duell im Königreich der Duellanten. Dies ist eine Insel, und nur speziell geladene Gäste werden an Bord eines Luxusliners dorthin gebracht. Joey, Tea und Tristan schleichen sich heimlich mit an Bord. Einer der Kursteilnehmer, Weevil, schmeißt Yugis Karten zu Beschwörung der Exodia über Bord. Joey springt hinterher.
Weevil gewinnt mit Hilfe seiner Insektenkarte gegen Rex Raptor. Pegasus entführt Yugi in eine andere Dimension und erreicht trotz seines magischen Millenniumsauges nur ein Unentschieden gegen Yugi. Um ihn zu einem weiterem Duell zu zwingen entführt Pegasus die Seele von Yugis Großvater.
Bei einem brutalen Monsterduell zwischen Yugis Großvater und dem Geschäftsmann Kaiba, um die Karte des ‚Weißen Drachen mit dem eiskalten Blick‘ stirbt der Alte. Der Junge schwört Rache und verwandelt sich mit Hilfe der Macht des Millennium-Puzzles in den Kämpfer Yami Yugi. Bei einer erneuten Auseinandersetzung mit Kaiba hat dieser das Nachsehen: Yami Yugi hat Exodia, das unbesiegbare Supermonster heraufbeschworen.
Yuma learns the details of Dr. Faker's diabolical plan to destroy Astral World! Can Yuma figure out a way to stop Faker, or is the future of Astral World a thing of the past?
This is it! The earth-shattering ending of Yuma's duel against Vetrix! Can Yuma rise above Vetrix's unrelenting onslaught, or will he meet defeat and lose everything he holds dear – his soul, his Numbers and… Astral?