An einem schönen Sommertag liegen Tomoya, Ushio und Fuko in einer Waldlichtung unter einem grünen Baum, als Tomoya anfängt, Ushio seine Geschichte zu erzählen. Die Geschichte von Nagisa und ihm, und wie alles begann…
Was wäre... wenn alles anders wäre? Tomoya geht noch in die 2. Klasse der Oberschule. Nagisa, die immer noch auf der Suche nach Freunden ist, hat er nie kennengelernt. Unterdessen führen Youhei und Tomoya Kyou an der Nase herum...
Tomoya ist am Ende. Er wünscht sich, Nagisa nie kennengelernt zu haben. Im nächsten Moment revidiert er seinen Wunsch und wünscht sich stattdessen, dass Nagisa niemals gestorben wäre. Wird sein Wunsch in Erfüllung gehen?
Ushios Zustand verschlechtert sich zunehmend. Das kleine Mädchen wird immer schwächer. Um rund um die Uhr für seine Tochter da sein zu können, kündigt Tomoya seinen Job. Doch alles scheint vergebens...
Tomoya lernt Ushios Kindergärtnerin kennen. Es stellt sich heraus, dass es seine alte Schulfreundin Kyou ist. Zusammen mit Akio plant er, am Sporttag des Kindergartens teilzunehmen. Doch dann wird Ushio plötzlich krank...
Ushio zieht bei Tomoya ein - endlich sind Vater und Tochter wieder vereint. Doch Tomoya muss in seine neue Rolle als Vater erst einmal hineinwachsen. Indes spricht Tomoya nach langer Zeit erstmals wieder mit seinem Vater...
Tomoya ist suspendiert - nun wollen sich alle um ihn kümmern. In der Zwischenzeit wurden böse Gerüchte über Tomoyo in Umlauf gebraucht und sie muss ihren Ruf wieder herstellen...
Tomoyo weckt Tomoya und Youhei jeden Morgen höchstpersönlich, damit die beiden pünktlich zur Schule erscheinen. Dabei lauern ihr jedoch eines Tages ein paar fiese Schlägertypen auf...
Kyou, Ryou, Nagisa und Tomoya fordern das Basketball-Team der Schule zu einem Match heraus, um die Mitglieder der Musik-AG zu überzeugen, Koumura zu „teilen".
Tomoya und Nagisa widmen sich wieder der Theater-AG. Doch sie finden keinen Lehrer für die Aufsicht. Als Nagisa dann noch einen Drohbrief bekommt, weiß sie gar nicht mehr, was sie machen soll...
Ike plant einen Willkommenstag für Konoe im Freizeitpark. Damit will er hauptsächlich Kazumi beeindrucken, doch schon bald läuft sein Plan aus dem Ruder und es ergeben sich erste Probleme. Obwohl er deshalb sein Selbstvertrauen verliert, nimmt er seinen Mut zusammen, um Kazumi zu einer Fahrt im Riesenrad einzuladen.
Die Schüler werden mit der Ankündigung eines Tests überrascht und beschließen, sich zusammen bei Satou darauf vorzubereiten. Auch Shana kommt widerwillig mit, doch der Abend nimmt für sie eine positive Wendung, als Margery Daw mit ihr, Ogata und Kazumi ein wichtiges Gespräch führt, um das Selbstbewusstsein der Mädchen zu stärken.
Langsam, aber sicher gewöhnen sich die Mädels an Herrn Inokumas hartes Training. Als sie dann allerdings von ihrem Lehrer, Herrn Kawakita, auch noch eine Klassenarbeit aufgebrummt bekommen, fangen sie doch wieder an zu stöhnen. Da trifft es sich gut, dass man sich zu Hause bereits Sorgen um die Mädchen macht und Herr Hongo beschließt, sich selbst ein Bild von der Situation zu machen.
Shirakawa, Kitami und Mishima haben genug von Herrn Inokumas Trietzereien. Sie verlassen kurzerhand das Trainingslager. Am Bahnhof überlegt es sich Mishima dann doch noch anders. Sie kehrt um und bittet Mila, ihr ein Einzeltraining zu geben, um ihre spielerischen Schwachstellen zu verbessern.
Obwohl Mila Herrn Inokuma bittet, das Training etwas lockerer zu gestalten, fährt der mit seinen Schikanen fort. Darüberhinaus schürt das Treffen zwischen Mila und Herrn Inokuma neue Gerüchte: Sanyo, die Mila eins auswischen will, behauptet, dass sich Mila beim Trainer eingeschleimt hat.
Herr Hongo hat eine gute Nachricht für Mila und Midori: Die beiden sollen bei den Junioren Weltmeisterschaften in den USA antreten. Im Trainingslager treffen sie alte Bekannte wieder: Kakinouchi und Yoshimura gehören ebenfalls zu den Auserwählten. Insgesamt haben zwölf Spielerinnen eine Chance bekommen, aber nur sechs davon dürfen nach Amerika fahren.
Weil viele Mädchen aus Milas Mannschaft kurz vor dem Schulabschluss stehen, werden neue Spielerinnen für das Volleyballteam gesucht. Während der Nachwuchs sich in harten Trainingseinheiten bewähren muss, erhalten Mila und Midori eine ganz besondere Auszeichnung: Sie werden unter die zwölf besten Spielerinnen Japans gewählt.
Während eines Turniers trickst Kakinouchi Mila aus, so dass die sich den Knöchel verstaucht und nicht weiterspielen kann. Ohne Mila hat die gegnerische Mannschaft leichtes Spiel und gewinnt. Doch nach dem Match fühlt sich Kakinouchi überhaupt nicht gut und entschuldigt sich bei Mila.
Nach dem Sommer folgt der Herbst und da steht ein Sportturnier an. Genauer gesagt, Völkerball. Diese Sportart ist nicht gerade Lees Lieblingsdisziplin, aber Sensei Guy findet einen Weg ihn zu motivieren. Wieder mal geht ein Plan von Orochimaru schief. Kabuto glaubt es besser machen zu können. Er will sich bei Lee und den anderen einschmeicheln.
Eines Tages steht plötzlich Gaara vor den Toren Konohas. Da sich das Zeichen auf seiner Stirn verändert hat, gehen Lee und die anderen davon aus, dass er sich verliebt haben muss. Etwas später bekommen unsere Helden Geschenke. Lee ein Trainingsstirnband, Neji eine Sonnenbrille und Tenten eine Mütze. Allerdings stellt schon bald heraus, dass diese Geschenke von Orochimaru stammen.