Burami und sein Team werden von Hinata, Kiba und Shino verfolgt. Doch sie können ihren Geruch verbergen und lauern den Ninjas aus Konoha auf. Während des Kampfes kommt Kiba auf eine Idee. Er erinnert sich an Naruto und an sein Training. Er und die anderen können Burami und sein Team täuschen und letztendlich überraschen. Endlich haben sie beide Schriftrollen in der Hand.
Auf der Suche nach einer passenden Schriftrolle, um die zweite Runde der Prüfung zu bestehen, beschließen Kiba und sein Team den Gegner in einen Hinterhalt zu locken. Wer darauf reagiert muss zwangsläufig die richtige Rolle haben. Es dauert nicht lange, bis sie an Kazami, Burami und Muyami geraten. Nach einem kurzen Kampf entdeckt Burami die Schriftrolle bei Kiba und sorgt dafür, dass diese seinem Team in die Hände fällt. Daraufhin beschwört Muyami einen Riesenmaulwurf und die Drei suchen das Weite. Kibas Team nimmt die Verfolgung auf, gerät dabei aber in eine Falle aus Treibsand. Mit Akamarus Hilfe können sie sich letztlich befreien und die Verfolgung wiederaufnehmen.
Shira und Lee treten in einem Freundschaftskampf gegeneinander an. Beide geben ihr Bestes und sind sich ebenbürtig. Letztlich gelingt es Lee die Angriffe seines Gegners auszurechnen und ihn zu schlagen. Da seine Wunde wieder aufgeplatzt ist, gibt Shira den Kampf verloren. Daraufhin erzählt er, dass das sein letzter Kampf war und dass er beschlossen hat sich nach Prüfung der Grenzwache anzuschließen. Neji, Lee und Tenten haben also zwei Schriftrollen in ihrem Besitz. Zuletzt erfährt Gaar, dass es sich bei den vermeintlichen Genin aus Takigakure mit Kegon und Yoro in Wirklichkeit um Jonin handelt und dass Fu ein Jinchuriki ist.
Als Lee erfährt wie schwer es für Shira war Shinobi zu werden, erkennt er wie ähnlich er ihm ist und beschließt den Angreifern zu folgen. Doch bevor es zu einem richtigen Kampf kommen kann, geht Shira dazwischen. Um die Situation friedlich zu lösen, will er den Angreifern seine Schriftrolle überlassen. Zu seiner Überraschung lehnen sie ab, geben stattdessen ihm ihre Schriftrollen und ziehen sich zurück. Daraufhin fordert Lee Shira zu einem freundschaftlichen Kampf heraus.
Die zweite Runde der Chunin-Prüfung beginnt. Es gilt in der Dämonenwüste zu überleben und Schriftrollen von einem anderen Team zu bekommen. Neji, Lee und Tenten tappen in ein Illusions-Jutsu von Shiras Team und werden daraufhin in ein Sandbecken gestürzt. Shira will, dass alle aus Sunagakure durchkommen, doch seine Kameraden aus dem Dorf stellen sich gegen ihn. Neji und die anderen können sich befreien und Shira und sein Team in letzter Sekunde retten.
Die Teilnehmer die bestanden haben, erreichen die Grenze zur Dämonenwüste. In dieser wird die zweite Runde stattfinden. Doch vorerst können sie sich eine Nacht ausruhen. Beim Abendessen kommt es zu einem Vorfall, so dass das Essen ungenießbar wird. Choji eilt, trotz Verbot, nach draußen. Ino und Sakura folgen ihm und alle drei werden von Riesenskorpionen angegriffen. Die verrückte Fu kann sie jedoch retten und Aufmerksamkeit auf sich ziehen. Am Morgen geht es los.
Es steht der schriftliche Teil der ersten Runde für die Chunin-Prüfung an. Neiji kommt auf eine geniale Lösung, wie alle Teilnehmer bestehen können. Selbst als Sajin dazwischenfunkt, funktioniert sie noch. Die nächste Aufgabe ist nicht so leicht und Sajin und sein Team fallen durch Egoismus durch. Nun steht der Weg zur zweiten Runde an. Die letzten 30 Teilnehmer, die in Sunagakure ankommen, fallen durch.
Nach zwei Jahren findet in Konoha wieder eine Chunin-Auswahlprüfung statt. Wie bei der letzten Chunin-Prüfung handelt es sich bei der ersten Runde um einen schriftlichen Test. Dazu werden die Teams getrennt und in verschiedene Klassenzimmer eingeteilt. Der Test besteht aus drei Fragen, die unterschiedlich hohe Punkte geben: 30, 40 und 50 Punkte. Jedes Teammitglied darf jeweils nur eine Frage beantworten. Fällt die Gesamtpunktzahl des Teams höher als 100 aus, scheidet es aus. Es besteht das Team, dessen Punktzahl über dem Durchschnitt liegt.
Aus den meisten Regionen melden sich Shinobi zur Chunin-Prüfung an. Auch in Amegakure redet man darüber, einige Leute zu entsenden, um so an mehr Information zu den Jinchuriki zu gelangen. In Konoha wollen Ino und Choji an der Prüfung teilnehmen, aber da Shikamaru bereits Chunin ist, brauchen sie eine dritte Person, um sich überhaupt zu qualifizieren. Ino wendet sich an ihre beste Freundin Sakura, doch diese hat Bedenken.
Um zu sehen, wie die anderen Dörfer zu Konoha stehen und Akatsuki aus der Reserve zu locken, plant Tsunade die Ausrichtung einer neuen Chunin-Prüfung. Da Gaara allerdings herausfinden will, wer seine Feinde im eigenen Dorf sind, einigt man sich letztlich auf eine gemeinsame Ausrichtung der Prüfung. Runde eins soll in Konohagakure und Runde zwei in Sunagakure stattfinden. Jetzt gilt es nur noch die anderen Dörfer von einer Teilnahme zu überzeugen.
Nachdem der Kyubi aus seinem Körper entfernt wurde, schwebt Naruto in Lebensgefahr. Gaara arbeitet gemeinsam mit Sakura an seiner Rettung, denn noch ist nichts verloren. Madara beschreibt derweil den jetzigen Zustand der Welt als Widerspruch, den er auflösen will. Sasuke versucht ihn aufzuhalten, doch auch er scheitert an der Übermacht Madaras.
Der erneut zum Leben erwachte Madara Uchiha steht den freigelassenen Biju gegenüber und will nun Jagd auf diese machen. Schnell wird klar, dass Madara im Besitz eines echten Rinnegan ist. Derweil wehrt sich Otabi, der unter der Kontrolle vom schwarzen Zetsu steht, dagegen das linke Auge rauszurücken. Madara beschwört die Dämonenstatue Gedo Mazo, mit der er die Biju in Ketten legt und sie sich einen nach dem anderen einverleiben will. Gaaras Entschlossenheit veranlasst Shukaku sich an seinen alten Jinchuriki zu erinnern.
Obito sieht endlich ein, dass er falsch gehandelt hat. Um seine Taten zu büßen, will er das Gedo Rinne Tensei no Jutsu nutzen, um alle gefallenen Ninja wieder zu beleben. Doch Kuro Zetsu hält ihn auf und benutzt ihn, um Madara Uchiha wieder aus Fleisch und Blut zu machen. Wieder lebendig, will Madara endlich seine Pläne in die Tat umsetzen.
Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker. Als Hanabi noch etwas später erfährt, dass Naruto mit Hinatas Hilfe das Dorf gerettet hat, erkennt sie endlich, dass auch sie ihren eigenen Weg gehen muss.
Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Nachdem Kakashis Vater starb, stieg er schnell auf und schloss in sehr jungen Jahren die Ninja-Akademie ab. Er wurde ein richtiger Ninja, war jedoch nicht sehr beliebt bei den Anderen, wie es Obito zu Ohren kam. Kakashi wurde immer gleichgültiger und Rin sah, wie Obito ihn heimlich zu seinem Rivalen auserkor. Der Sandaime Hokage sah in Kakashi großes Potenzial, war jedoch nicht zufrieden mit Kakashis Sozialverhalten - Abhilfe sollte dort Minato Namikaze schaffen. Doch um ein Team zu bilden, bedarf es anderer Teammitglieder: Obito verspätete sich zur Abschlussfeier der Akademie, aber Rin war so lieb und brachte ihn auf die Bühne des leeren Saals und verlas dort sein Zertifikat. Obito war zu Tränen gerührt und freute sich schon auf seine Zukunft als Genin und wurde Teil des Team Yondaime. Anfangs erledigten sie einfache Missionen, um ihr Teamwork zu stärken, waren jedoch so erfolgreich, dass sie schnell eine C-Rank-Mission bekamen. Dort hatten sie den Auftrag, Minato lediglich zu begleiten und sich von einem Kampf fernzuhalten, was Obito jedoch nicht recht war. Als er dann noch den Gegnern gegenüber stand, stürzte er sich direkt in den Kampf, entgegen Minatos Anweisungen. Minato musste Obito retten, aber als die Gegner auch noch Kakashi und Rin verfolgten, änderte sich die Lage...
Naruto trifft den Geist seines Vaters und macht ihm Vorwürfe, dass dieser den Fuchsgeist in seinem eigenen Körper versiegelt hat. Aber Minato kann seinem Sohn erklären, dass er gute Gründe dafür hatte, es zu tun. Vor allem kann er Narutos Verdacht zerstreuen, dass die sechs Gestalten des Pain Konoha aus eigenem Antrieb angegriffen haben. Vielmehr werden sie von einer geheimnisvollen Gestalt aus dem Hintergrund manipuliert und gesteuert. Doch wie soll Naruto den echten Pain finden? Zuerst muss er den Fuchsgeist wieder unter Kontrolle bringen und Tendo besiegen. Ein Vorhaben, das Naruto alles abverlangt…
Um Hinata im Kampf gegen Tendo zu helfen, übernimmt der Fuchsgeist die Kontrolle über Naruto.
Naruto möchte unbedingt den Kyuubi von seinem Hass befreien, der ist aber nicht davon überzeugt, dass es funktioniert. Und Madara setzt alles daran, seine Gegner schachmatt zu setzen. Dabei geht es ihm zuerst um die Schweifbestien, durch die er Naruto außer Gefecht setzen will. Den Vierschwänzigen kann er mittels eines Pfahls mit einer Kette fesseln.
Der versiegelte Kyuubi bemerkt, dass der Vierte Hokage die Absicht hat, seine Macht dem jungen Naruto zu übertragen, und das gefällt ihm gar nicht. Allerdings erkennt er, dass er sich dies zu Nutze machen kann, um die Versiegelung zu lösen und freizukommen, denn wenn Naruto besonders viel von seiner Kraft benutzt, wird die Versiegelung schwächer.