Die Wissenschaftler im Forschungslabor befürchten, dass Kawakis aggressives Verhalten eine Gefahr für die Außenwelt darstellt. So wird der Junge unter höchster Sicherheitsstufe festgehalten, bis die Untersuchungen weitere Erkenntnisse über seine rätselhaften Fähigkeiten liefern. Für Kawaki selbst ist die Gefangenschaft jedoch reine Tortur. In seiner Wut startet er einen Fluchtversuch …
Trotz des unermesslichen Werts, den Kawaki für die Organisation Kara hat, verwickelt Garo ihn in einen erbarmungslosen Kampf. Als der Junge mit dem besonderen „Karma“-Zeichen besiegt zu Boden geht, scheint er durch eine mysteriöse Verbindung zu Boruto wieder an Kraft zu gewinnen. Diese besondere Fähigkeit wirkt auf die Shinobi aus Konoha so beeindruckend, dass sie den geschwächten Kawaki zur Untersuchung mitnehmen.
Bei Delta macht sich die Ungeduld breit, als Koji mit dem Gefäß auf sich warten lässt. So nimmt sie die Bergung des wertvollen Objekts selbst in die Hand und reist mit Jigens Einverständnis zum verunglückten Luftschiff. Am Ort des Geschehens erkennt sie den Grund für die Verzögerung: Boruto und seine Kameraden haben sich den Inhalt des bedeutsamen Behältnisses bereits zu eigen gemacht
Ohne mit der Wimper zu zucken, versetzt Koji seinem Kameraden Ao den letzten Todesstoß. Nach diesem ersten kaltblütigen Mord sollen nun auch Boruto und seine Kameraden dran glauben. Mutig stellt sich Konohamaru dem Mitglied von Kara in den Weg, um seine Freunde zu beschützen, doch Koji hat einige Tricks auf Lager. In dieser brenzligen Situation beginnt jedoch auch Boruto ungeahnte Kräfte zu entwickeln
Voller Kampfeslust tritt Ao aus seinem Versteck hervor. Aufgrund der von Katasuke geraubten Shinobi-Technologie kann er seinen Gegnern trotz ihrer deutlichen Überzahl die Stirn bieten. Erst durch Borutos List, wird der ehemalige Shinobi in die Enge getrieben und der verbitterte Kampf findet ein von Erfolg gekröntes Ende. Bevor die Gruppe jedoch ihren Sieg feiern kann, erscheint Koji Kashin auf der Bildfläche …
Der Schock über Muginos selbstlose Opferung sitzt tief in der Freundesgruppe. Dennoch ist keine Zeit, um über den Tod ihres Kameraden zu trauern, denn Ao scheint den Einsturz der Höhle überlebt zu haben. Gemeinsam schmieden sie nun einen Plan, mit dem dem ehemaligen Shinobi ein Ende bereitet werden soll. Zwar gibt es unter den Kriegern viele Unstimmigkeiten, doch in einer Sache sind sich alle einig: Im Kampf gegen den Feind darf es keine weiteren Opfer mehr geben.
Nach der erfüllten Aufgabe in Ryutan erklären sich die Gefährten bereit, sich auf die Suche nach Mugino und Konohamaru zu machen. Im Zuge dessen stoßen sie auf das verunglückte Luftschiff von Kara, welches noch immer von angriffslustigen Marionetten bewacht wird. Dank Katasukes Technologie gelingt es den Shinobi, aus der glimpflichen Situation zu fliehen. Doch schon bald treffen sie auf einen alten Bekannten: Ao.
Wider Erwarten ist Narutos Auftrag mit der Abgabe seiner Prothese nicht erledigt. So müssen sich Mitsuki, Sarada und Boruto nun auch aktiv an den Forschungen zur Ninja-Werkzeugtechnik beteiligen, womit sich Boruto nur bedingt anfreunden kann. Unterdessen werden Karas Mitglieder von der Nachricht eines weiteren Verräters in Aufregung versetzt.
Sarada, Mitsuki und Boruto werden beauftragt, den Transport einer wertvollen Ware nach Ryutan zu begleiten. Bei Boruto hält sich die Begeisterung über diese Anordnung in Grenzen – schließlich ist auch sein verhasster Professor Katasuke mit von der Partie. Auf ihrer Reise treffen sie auf den ehemaligen Shinobi Ao, welcher den vieren gegenüber jedoch nicht mit offenen Karten spielt.
Nach dem Absturz des Luftschiffes inklusive des wertvollen Gefäßes herrscht bei Kara Krisenstimmung. Während immer mehr Mitglieder Victor für die Misere beschuldigen, lacht sich dieser ins Fäustchen. Schließlich ist es ihm dank seines Diebstahls der Schiffdaten möglich, die Unfallstelle zu lokalisieren. Andernorts möchte Boruto seine neu erlernten Fähigkeiten im Kampf gegen seinen Vater zur Schau stellen.
Hinatas Geburtstag steht an, weswegen Boruto loszieht, um seiner Mutter ein besonderes Geschenk zu besorgen. So weit soll es jedoch nicht kommen, denn Mugino macht ihm einen Strich durch die Rechnung, als er den kleinen Shinobi zu sich nach Hause einlädt. Dort angekommen beginnt Mugino in der Vergangenheit zu schwelgen und über sein Attentäter-Dasein zu erzählen, welches ihn auch heute noch beschäftigt.
Metal Lee, ein ambitionierter Taijutsu-Nutzer aus Borutos Klasse leidet an Lampenfieber. Sobald er im Mittelpunkt steht, kann er seine Kräfte nicht mehr kontrolliert nutzen. Shikadai Nara konfrontiert ihn etwas unbedacht damit und beide geraten in einen Kampf, in dem sich auch Boruto wiederfindet. Dieser muss feststellen, dass auch Metall Lees Chakra einer seltsamen Verzerrung unterliegt
Nachdem Boruto am Tag der Einschulung einen Tumult verursacht hat und zu Hausarrest verdonnert wurde, steht endlich sein erster Schultag an der Akademie bevor. Jedoch scheint Boruto durch seine Untaten bei seinen Klassenkameraden in Ungnade gefallen zu sein. So bricht er einen Streit mit Iwabee Yuino vom Zaun. Als sich Denki einmischt, um zu schlichten, eskaliert die Lage.
Im Mittelpunkt der Geschichte steht Boruto Uzumaki, der Sohn des siebten Hokage und Held des Dorfes Konohagakure, Naruto Uzumaki. Eines Tages rettet Boruto Denki Kaminarimon, der Sohn eines wohlhabenden Geschäftsmanns, als er von Schlägern bedrängt wird. Die beiden Jungen stellen fest, dass sie beide eine problematische Beziehung zu ihren Vätern haben und freunden sich an.
Jigens Hoffnung, Naruto in einer Dimension weitab von Konoha ungestört zur Strecke zu bringen, wird von Sasuke zerschlagen. Zwar sind die beiden nun in der Überzahl, jedoch hat das Mitglied von Kara große Kraftreserven in sich. Zudem scheint der Angriff von langer Hand geplant zu sein. Das wird auch Naruto schmerzhaft bewusst, als sich über ihm ein metallener Sarg zu schließen beginnt …
Ein scheinbar normaler Tag nimmt eine gefährliche Wendung, als Borutos und Kawakis „Karma“-Zeichen verrückt zu spielen beginnen. Auch Ino nimmt ein düsteres Chakra wahr, welches Unheilvolles erahnen lässt. Wie aus dem Nichts tauch Jigen auf, um Kawaki wieder zurück zu Kara zu bringen. Doch Naruto denkt gar nicht daran, Kawaki kampflos seinen Feinden zu überlassen.
Boro kehrt zu seinem Kult zurück, um die Weichen für die Ankunft eines vermeintlichen Erlösers zu stellen. So soll ein Otsutsuki wiederkehren und sich an allen Shinobi der fünf Großreiche rächen. Unterdessen stößt Sasuke auf einen geheimnisvollen Ort, an dem Kara verschiedene Riten durchzuführen scheint. Die Verwunderung ist groß, als er dort auf Otsutsuki-Projektionen stößt. Eines ist jedoch klar: Er muss die anderen warnen.
Durch Kurama wird Kawaki bewusst, welche Herausforderungen auch Naruto im Laufe seines Lebens durchmachen musste. Zwar verleiht der Geist dem Hokage unvorstellbare Kräfte, jedoch kommt dies mit dem Preis der Einsamkeit. Erst jetzt erkennt Kawaki die starke Verbindung zu Naruto und es fällt ihm leichter denjenigen zu offenbaren, der ihm das „Karma“-Mal verliehen hat: Jigen.
Die Schäden an Kawakis Arm sind irreparabel. Damit dieser dadurch dennoch nicht eingeschränkt wird, stellt Naruto seinem Gast eine Prothese zur Verfügung. Nach den Geschehnissen ist Kawakis Angst vor Delta so groß, dass er den Hokage um Trainingseinheiten zur Kontrolle seines Chakras bittet. Andernorts herrscht unter den Mitgliedern von Kara Krisenstimmung. Die Nachricht, dass auch Boruto ein „Karma“-Zeichen aufweist, ändert einiges …
Deltas hochmoderne Ninja-Werkzeugtechnik ist nicht unfehlbar. Während des Kampfes fällt Naruto auf, dass ihre Speicher zur Absorption der Attacken ein Limit haben, was der Hokage sogleich zu seinem Vorteil nutzt. Besiegt geht Delta zu Boden, doch bevor sie zum Verhör abtransportiert werden kann, neutralisiert sich ihr Körper von selbst. Indes schmiedet Boro für Kara einen eigenen Plan …