Neji ist zurückgeblieben und kämpft gegen die ANBU-Ne, um den anderen den Vorsprung zu sichern. Es sind nur noch zwei Angreifer übrig, doch die werden seine größte Herausforderung in diesem Kampf. Naruto arbeitet sich unterdessen weiter durch Orochimarus Turm, als er unerwartet von einem ANBU angegriffen wird.
Der Kampf gegen die ANBU-Ne ist in vollem Gange, als Naruto die Intention hinter dem Angriff versteht: Die Gegner wollen verhindern, Sasuke von der Begegnung mit Orochimaru abzuhalten. Können sie ihrem Freund nach dieser Erkenntnis noch zu Hilfe eilen, oder ist es schon zu spät?
Sasuke macht sich trotz des Verbots auf den Weg zu Orochimaru. Seine Freunde und sein Mentor versuchen ihn abzuhalten, doch vergebens. Naruto und die anderen haben kurz darauf ein Krisengespräch – sollen sie Sasuke auf seiner gefährlichen Reise folgen?
In Tsunades Traum ist Sasuke wegen seines großen Erfolgs nun zum Leutnant der Konoha-Polizei befördert worden.
Die drei Jinchuuriki und die Akatsuki-Mitglieder treffen aufeinander. Itachi nimmt sich vor, Akatsuki zurückzulassen. Als dann Fu auftaucht, verschwinden Sasori und Deidara.
Killer B träumt davon, Gaara zu befreien. Naruto befindet sich ebenfalls in Gefangenschaft.
Tenten hat ihren Platz in der neuen Welt immer noch nicht gefunden. Sie sucht Hilfe bei Kurenai. Doch auch das bringt sie nicht weiter. Kurz darauf lernt sie in einem Teehaus einen fremden Mann kennen, der ihre Situation ausnutzt und sie in eine Falle lockt.
Tenten, die unter dem Einfluss von Madaras aktiviertem Mugen Tsukuyomi steht, wacht plötzlich in ihrem Zimmer auf. Und irgendwie ist alles komplett anders als zuvor…
Als Madara das Mugen Tsukuyomi aktivieren will, kann Oonoki ihm nichts mehr entgegensetzen, da sein Chakra verbraucht ist…
Madara kommt in der Kamui-Dimension an, während Sakura wegen Obito auf dem Schlachtfeld zurückbleibt. Nun ist es Obito, der Madara gegenübersteht.
Nachdem Naruto Gai das Leben gerettet hat, kommt es zwischen Madara und Naruto zum Kampf. Dann kommt noch Sasuke dazu. Wird Madara das Geheimnis um die neuen Kräfte der beiden Jungen lüften?
Konohamaru trainiert angestrengt weiter, um Naruto aufzuholen. Dieser bleibt zwar stärker, ist aber beeindruckt von Konohamarus Fortschritt. So unterrichtet Naruto ihn weiter. Zwischendurch muss Naruto auf Trainingsreise und als das Dorf von Pain angegriffen wird, kommt Konohamarus große Stunde
Nach drei Jahren Training mit Jiraiya, kehrt Naruto endlich nach Konohagakure zurück. Dort wird er auch gleich von Sakura, Moegi, Udon und Konohamaru empfangen. Letzterer war so frei Narutos Bude rechtzeitig auf Vordermann zu bringen und hofft im Gegenzug darauf, dass Naruto ihm ein neues Jutsu beibringt. Naruto zeigt ihm dann auch das Rasengan. Da er aber einige wichtige Missionen zu bestreiten hat, muss Konohamaru zu sehen wie er ohne ihn klarkommt. Mit Hilfe seiner Freunde und des einen oder anderen Sexy Jutsu macht er aber große Fortschritte.
Naruto und Sasuke sind die Widergeburten von Hagoromos Söhnen, Ashra und Indra. Ihre Aufgabe ist nun klar, Madara aufhalten. Bevor sie eingreifen können, gibt Guy alles was er hat. Sogar sein letzter Angriff, der seinen sicheren Tod bedeutet, ist nicht stark genug, um Madara zu besiegen. Doch da erscheint endlich Naruto auf dem Schlachtfeld und kann Guy vor Madara retten.
Nachdem Guy das letzte der acht inneren Tore geöffnet und damit sein Leben aufs Spiel gesetzt hat, startet er eine Angriffskombination, die er Abendelefant (Sekizu) nennt. Leider übersteht Madara diesen Angriff. In der Zwischenzeit erwacht Naruto in einer Art Zwischenwelt und trifft dort auf den Rikudo Sennin. Nachdem dieser ihm davon erzählt hat, wie seine Mutter Kaguya die Chakra-Frucht vom Gottesbaum stahl und wie es dazu kam, dass seine Söhne Indra und Ashra zu Feinden wurden, eröffnet er Naruto, dass Ashra in ihm wiedergeboren wurde
Bevor Guy zum Angriff auf Madara übergeht erinnert er sich an seine Kindheit und so erfahren wir, wie es seinem Vater Dai gelungen ist ihn zu dem Shinobi zu machen, der er heute ist: durch harte Arbeit und einen Rivalen fürs Leben namens Kakashi. Schließlich lernt er von ihm auch die Technik der Acht inneren Tore. Wieder in der Gegenwart öffnet Guy das letzte der Tore, das Tor des Todes und der Kampf gegen Madara beginnt.
Orochimaru, Karin, Suigetsu und Juugo erreichen Sasuke, der zu bereits von Kabuto behandelt wird. Auf dem anderen Ende des Schlachtfeldes steht Gai Madara gegenüber. Da nur Senjutsu und Taijutsu gegen Madara wirken und Minato wegen seines verlorenen Arms keine Fingerzechen formen kann, ist Guy die letzte Hoffnung. Guy öffnet das siebte Tor und entschließt sich kurz darauf, das letzte Tor, das Tor des Todes zu öffnen. In einer Rückblende wird der 5-jährige Guy von seinem Vater Dai motiviert, stets hart an sich zu arbeiten.
Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Nachdem Kakashis Vater starb, stieg er schnell auf und schloss in sehr jungen Jahren die Ninja-Akademie ab. Er wurde ein richtiger Ninja, war jedoch nicht sehr beliebt bei den Anderen, wie es Obito zu Ohren kam. Kakashi wurde immer gleichgültiger und Rin sah, wie Obito ihn heimlich zu seinem Rivalen auserkor. Der Sandaime Hokage sah in Kakashi großes Potenzial, war jedoch nicht zufrieden mit Kakashis Sozialverhalten - Abhilfe sollte dort Minato Namikaze schaffen. Doch um ein Team zu bilden, bedarf es anderer Teammitglieder: Obito verspätete sich zur Abschlussfeier der Akademie, aber Rin war so lieb und brachte ihn auf die Bühne des leeren Saals und verlas dort sein Zertifikat. Obito war zu Tränen gerührt und freute sich schon auf seine Zukunft als Genin und wurde Teil des Team Yondaime. Anfangs erledigten sie einfache Missionen, um ihr Teamwork zu stärken, waren jedoch so erfolgreich, dass sie schnell eine C-Rank-Mission bekamen. Dort hatten sie den Auftrag, Minato lediglich zu begleiten und sich von einem Kampf fernzuhalten, was Obito jedoch nicht recht war. Als er dann noch den Gegnern gegenüber stand, stürzte er sich direkt in den Kampf, entgegen Minatos Anweisungen. Minato musste Obito retten, aber als die Gegner auch noch Kakashi und Rin verfolgten, änderte sich die Lage...
Der Kampf gegen die ANBU-Ne ist in vollem Gange, als Naruto die Intention hinter dem Angriff versteht: Die Gegner wollen verhindern, Sasuke von der Begegnung mit Orochimaru abzuhalten. Können sie ihrem Freund nach dieser Erkenntnis noch zu Hilfe eilen, oder ist es schon zu spät?