Yusei continues his Duel with Mr. Armstrong, using cards given to him by inmates at the Facility. Despite Armstrong's brutal attack, Yusei refuses to abandon his friends and lose his freedom.
Mr. Armstrong harasses Yusei's friends in front of him and Yusei duels Armstrong with his freedom and the safety of his friends on the line. Armstrong has seized all of Yusei's Decks so Yusei duels him using cards given to him from his friends at the Facility.
The Securities examine Yusei's body for confirmation of his Mark of the Dragon. Meanwhile, Jack has learned of the legend of the Crimson Dragon and forces himself to obey Goodwin and hosts a Turbo Duel between him and Hunter Pace, who wants a rematch with him.
Disgusted by Tanner speaking ill of Yanagi's cards and stomping on them, Yusei Duels Tanner using Yanagi's Deck, in order to teach him that no card is truly unneeded (in the dub he wanted to teach him what respect really means).
Yusei Fudo has been caught by the Sector Security and sent to the Facility. In the paddy wagon, he meets a man called Tenzen Yanagi whom he befriends. The former Pro Duelist, Bolt Tanner, meets Yusei there. Tanner challenges Yusei, who is unable to Duel since he doesn't have a Deck. As a result, Yanagi Duels in his place.
Im zweiten Duell des Kaiba Corporation Grand Championships, kämpfen Rebecca und die asiatische Kung-Fu-Meisterin Vivian Wong gegeneinander.
Das Duell gegen Apdnarg Otum wird für Joey zunehmend aussichtsloser. Es scheint, als würde der Kontrahent genau Joeys Strategie kennen.
Einer der Sechzehn weltweit besten Duellanten kann im Rahmen des Grand Championship sich einem Duell gegen den König des Spiels Yugi stellen.
Yugi ist im Inneren des Duel Domes eingesperrt. Um diesen verlassen zu können, muss sich Yugi einem Duell mit dem Duell Computer stellen.
Nachdem Yugi und seine Freunde es geschafft haben, die Welt vor Dartz zu retten, wollen die Freunde ihre Reise nach Hause antreten.
Yugi konnte mit der Hilfe seiner Freunde und der Monster den großen Leviathan Orichalcos besiegen. Jedoch ist die Gefahr noch nicht gebannt.
Kaiba, Seto und Yugi liefern sich einen Kampf mit dem großen Leviathan Orichalcos. Doch trotz der großen Bemühungen, werden die Freunde absorbiert.
Dartz geht als Verlierer aus dem Duell heraus und flieht im Anschluss. Infolgedessen werden die Seelen einiger Freunde wieder frei gelassen.
Kaibas Seele wurde gefangen genommen, woraufhin der Pharao im Duell gegen Dartz auf sich allein gestellt ist.
Das Duell zwischen Kaiba, dem Pharao und Dartz geht in die entscheidende Phase.
Dartz verbannt die Seele von Yugi in einen Spiegelritter. So kämpfen Kaiba und der Pharao nicht gegen Dartz, sondern gegen eine gesteuerte Puppe.
Nach der Enthüllung der dunkelsten Geheimnisse von Dartz, erkennen Kaiba und der Pharao, wie viel wirklich auf dem Spiel steht.
Nachdem die Geheimbasis entdeckt wurde, machen sich Yugi und seine Freunde auf, Dartz endgültig das Handwerk zu legen.
Aus den Tiefen der Dunkelheit, ruft Rafael ein übermächtiges Monster hervor, welches niemals besiegt werden kann.
Obwohl Rafael kurz vor dem Verlust der Kontrolle im Duell gegen den Pharao steht, hat er noch einige Trümpfe im Deck.