Leo begins his final plan to fuse the dimensions and revive his daughter Ray. Reiji and Yuya team up to take down Leo, with Yuya resolving not to let Zarc be revived. Yusho realizes that even this is part of a larger enemy's plan.
Leo continues his story about how Zarc destroyed the original world. Leo's daughter Ray used four cards to stop Zarc and split the world into the four current worlds. He then reveals the true nature of Yuya, Yuzu, and the Arc Area Project.
Leo Akaba reveals to Yusho Sakaki how the four dimensions came to be.
Die Welt steht kurz vor dem Untergang, hinzu kommt das Auftauchen einer riesigen Bestie. Diese ernährt sich dieses von Menschen und Monstern.
Obwohl Yugi das Duell gegen Gurimo gewinnt, sind die Götterkarten nicht in seinem Deck. Die Motorradgang konnten die Karten stehlen.
Yugis Götterkarten wurden gestohlen. Gurimo, der Dieb zwingt daraufhin Yugi zu einem Duell um seine Seele heraus. Zunächst behält Yugi die Oberhand.
Tea führt Serenity durch ihre Heimatstadt Domino und sie besuchen noch einmal die Orte, an denen die wichtigen Duelle stattfanden. Dabei kommen die Erinnerungen bis hin zum Battle City Finale. Dann heißt es Abschied nehmen.
Nachdem Yami-Yugi das Battle City Duell gewonnen hat, will Kaiba seine Insel mitsamt dem Duellturm in die Luft jagen. Als unsere Freunde die Duellinsel verlassen wollen, stellen sie fest, dass das Luftschiff nicht funktionstüchtig ist. Buchstäblich in letzter Sekunde verlassen sie die Insel mit dem Rettungshubschrauber. Kaiba und Mokuba fliegen mit einem dem Weißen Drachen ähnlichen Fluggerät. Kaiba verspricht seinem kleinen Bruder auf der ganzen Welt Disneyland-artige Themenparks aufzubauen. In Domino angekommen, trennen sich unsere Freunde. Endlich kommt es zum letzten Freundschaftsduell zwischen Joey und Yugi.
Yami-Yugi schlägt Yami-Marik mit seiner Zauberkarte Ragnarok, sodass dieser nur noch einen Lebenspunkt besitzt. Das Gute in ihm übernimmt wieder die Kontrolle, und um seine dunkle Seite zu vernichten, gibt Marik das Duell auf. Damit hat Yugi gewonnen. Er ist jetzt in Besitz von allen drei Götterkarten und erhält obendrein auch noch den Millenniumsstab und den Millenniumsring. Alle ins Reich der Schatten Verbannten kehren wieder wohlbehalten zurück. Kaiba will den Duell Turm mitsamt der Insel in die Luft jagen. An Bord des Luftschiffes stellt sich heraus, dass die Triebwerke nicht arbeiten. Der Countdown läuft
Im Duell gegen Yami-Yugi gelingt es Yami-Marik, sich selbst und alle seine Monster mit dem Geflügelten Drachen des Ra zu verschmelzen. Mit der Zauberkarte Ragnarok hat Yugi die Möglichkeit jedes Monster auf der Seite seines Gegners zu vernichten, das heißt den Geflügelten Drachen des Ra und mit ihm auch Yami-Marik. Aber ob er das schaffen wird? Odion taucht auf, um seinen Master Marik vor den Schatten zu bewahren …
Yami-Yugi greift mit Obelisk dem Peiniger an, doch Yami-Marik schafft mit einem Schleimmonster ein Ebenbild von Obelisk. Es gelingt ihm mit einigen Tricks, seine Lebenspunkte absolut unangreifbar zu machen. Die gute Seite von Marik verabschiedet sich von Odion, bevor sie für immer im Reich der Schatten versinkt. Da erwacht Odion aus seinem Koma.
Marik kontrolliert das Duell dank seiner ägyptischen Götterkarte, der Geflügelte Drache des Ra. Yami-Yugi vertraut Kaiba und scheint damit alte Energien freizusetzen. Blind zieht er die Karte, die Kaiba ihm gegeben hat und mit ihrer Hilfe kann er Obelisk den Peiniger aufrufen. Ist Yami-Marik jetzt am Ende? Fortsetzung folgt.
Das Finale beginnt. Yami-Marik kämpft gegen Yami-Yugi. Wenn Yami-Yugi verliert, werden Mai und Yugi im Reich der Schatten versinken. Wenn Yami-Marik verliert, wird Marik in die Finsternis verdammt. Ein teuflisch genialer Plan von Yami-Marik. Es gelingt Yami-Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber gleich darauf ruft Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra auf. Und zwar in seinem unverwundbaren Phoenixmodus.
Joey schlägt sich wacker gegen Kaiba, verliert aber letztendlich doch das Duell. Kurz bevor das Finale losgeht, entschließt sich Kaiba, Yugi die einzige Karte zu geben, mit der er den Geflügelten Drachen des Ra schlagen kann. Allerdings muss er sie auf eine ganz besondere Art spielen, sonst hat er das Duell verloren.
Nachdem Joey nur noch mittelstarke Monster auf seiner Hand und in seinem Deck hat, gewinnt Kaiba immer weiter die Oberhand. Als er den Weißen Drachen mit Eiskaltem Blick aufruft, scheint das Spiel für Joey verloren. Doch es gelingt ihm, Kaiba seinen Weißen abzuknöpfen. Rasend vor Zorn ruft Kaiba einen zweiten Weißen Drachen auf's Feld und lässt beide gegeneinander kämpfen. Nachdem beide vernichtet sind, belebt Kaiba mit Monster Reborn seinen Drachen wieder neu.
Nachdem Kaiba verloren hat, wird er von Joey zu einem Kampf um den dritten Platz herausgefordert. Nur widerwillig und äußerst überheblich lässt sich Kaiba auf das Duell ein. Wider Erwarten verliert er bei der ersten großen Schlacht 200 Lebenspunkte. Marik, das heißt die gute Seite von Marik, erscheint seiner Schwester Ishizu in Gestalt von Tea und beschließt, sich seinen Körper zurückzuholen und sich in den Kampf um die Rettung der Welt einzumischen.
Kaiba gewinnt immer mehr die Oberhand. Er hat drei weiße Drachen auf dem Feld und einen auf dem Kartenfriedhof. Beide wählen drei Karten, die in ihrem Deck verbleiben. Der Rest wandert ebenfalls auf den Friedhof. Kaiba scheint unbesiegbar. Yugi glaubt seine Strategie zu erkennen und richtet seine drei verbleibenden Karten darauf aus, dass Kaiba mit Hilfe einer Fusionskarte seine drei weißen zu einem Ultradrachen vereinigen will. Durch eine geschickte Taktik gewinnt Yugi das Halbfinale
Kaiba wird während des Duells immer stärker und hat schließlich drei Weiße Drachen mit eiskaltem Blick auf dem Feld. In seinem Traum verliert Joey das Duell, erscheint aber in einer ausweglosen Situation in Yugis Gedanken und gibt ihm einen Rat, der ihn vor der Niederlage bewahrt. Es sieht so aus, als würde Joey wieder zu sich kommen...
Shark and Quattro struggle to keep their heads above water as they battle the Barian duelist from the deep, Chironex!
With Vector's patience for failure fading fast, Mr. Heartland begs for a final chance to beat Yuma! Desperate to deliver, Heartland deploys his most dangerous duelist to date, a treacherous Barian armed with toxic tentacles!