Im Duell gegen Yami-Yugi spielt Rafael die Karte Austausch. Daraufhin kann er seinen Kontrahenten das Siegel von Orichalcos andrehen.
Yami-Yugi wird von Rafael herausgefordert. Falls Rafael gewinnt, will er die Welt retten indem er die Seele des Pharaos nutzt.
Yami-Yugi schlägt Yami-Marik mit seiner Zauberkarte Ragnarok, sodass dieser nur noch einen Lebenspunkt besitzt. Das Gute in ihm übernimmt wieder die Kontrolle, und um seine dunkle Seite zu vernichten, gibt Marik das Duell auf. Damit hat Yugi gewonnen. Er ist jetzt in Besitz von allen drei Götterkarten und erhält obendrein auch noch den Millenniumsstab und den Millenniumsring. Alle ins Reich der Schatten Verbannten kehren wieder wohlbehalten zurück. Kaiba will den Duell Turm mitsamt der Insel in die Luft jagen. An Bord des Luftschiffes stellt sich heraus, dass die Triebwerke nicht arbeiten. Der Countdown läuft
Im Duell gegen Yami-Yugi gelingt es Yami-Marik, sich selbst und alle seine Monster mit dem Geflügelten Drachen des Ra zu verschmelzen. Mit der Zauberkarte Ragnarok hat Yugi die Möglichkeit jedes Monster auf der Seite seines Gegners zu vernichten, das heißt den Geflügelten Drachen des Ra und mit ihm auch Yami-Marik. Aber ob er das schaffen wird? Odion taucht auf, um seinen Master Marik vor den Schatten zu bewahren …
Yami-Yugi greift mit Obelisk dem Peiniger an, doch Yami-Marik schafft mit einem Schleimmonster ein Ebenbild von Obelisk. Es gelingt ihm mit einigen Tricks, seine Lebenspunkte absolut unangreifbar zu machen. Die gute Seite von Marik verabschiedet sich von Odion, bevor sie für immer im Reich der Schatten versinkt. Da erwacht Odion aus seinem Koma.
Marik kontrolliert das Duell dank seiner ägyptischen Götterkarte, der Geflügelte Drache des Ra. Yami-Yugi vertraut Kaiba und scheint damit alte Energien freizusetzen. Blind zieht er die Karte, die Kaiba ihm gegeben hat und mit ihrer Hilfe kann er Obelisk den Peiniger aufrufen. Ist Yami-Marik jetzt am Ende? Fortsetzung folgt.
Das Finale beginnt. Yami-Marik kämpft gegen Yami-Yugi. Wenn Yami-Yugi verliert, werden Mai und Yugi im Reich der Schatten versinken. Wenn Yami-Marik verliert, wird Marik in die Finsternis verdammt. Ein teuflisch genialer Plan von Yami-Marik. Es gelingt Yami-Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber gleich darauf ruft Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra auf. Und zwar in seinem unverwundbaren Phoenixmodus.
Joey schlägt sich wacker gegen Kaiba, verliert aber letztendlich doch das Duell. Kurz bevor das Finale losgeht, entschließt sich Kaiba, Yugi die einzige Karte zu geben, mit der er den Geflügelten Drachen des Ra schlagen kann. Allerdings muss er sie auf eine ganz besondere Art spielen, sonst hat er das Duell verloren.
Nachdem Joey nur noch mittelstarke Monster auf seiner Hand und in seinem Deck hat, gewinnt Kaiba immer weiter die Oberhand. Als er den Weißen Drachen mit Eiskaltem Blick aufruft, scheint das Spiel für Joey verloren. Doch es gelingt ihm, Kaiba seinen Weißen abzuknöpfen. Rasend vor Zorn ruft Kaiba einen zweiten Weißen Drachen auf's Feld und lässt beide gegeneinander kämpfen. Nachdem beide vernichtet sind, belebt Kaiba mit Monster Reborn seinen Drachen wieder neu.
Nachdem Kaiba verloren hat, wird er von Joey zu einem Kampf um den dritten Platz herausgefordert. Nur widerwillig und äußerst überheblich lässt sich Kaiba auf das Duell ein. Wider Erwarten verliert er bei der ersten großen Schlacht 200 Lebenspunkte. Marik, das heißt die gute Seite von Marik, erscheint seiner Schwester Ishizu in Gestalt von Tea und beschließt, sich seinen Körper zurückzuholen und sich in den Kampf um die Rettung der Welt einzumischen.
Kaiba gewinnt immer mehr die Oberhand. Er hat drei weiße Drachen auf dem Feld und einen auf dem Kartenfriedhof. Beide wählen drei Karten, die in ihrem Deck verbleiben. Der Rest wandert ebenfalls auf den Friedhof. Kaiba scheint unbesiegbar. Yugi glaubt seine Strategie zu erkennen und richtet seine drei verbleibenden Karten darauf aus, dass Kaiba mit Hilfe einer Fusionskarte seine drei weißen zu einem Ultradrachen vereinigen will. Durch eine geschickte Taktik gewinnt Yugi das Halbfinale
Kaiba wird während des Duells immer stärker und hat schließlich drei Weiße Drachen mit eiskaltem Blick auf dem Feld. In seinem Traum verliert Joey das Duell, erscheint aber in einer ausweglosen Situation in Yugis Gedanken und gibt ihm einen Rat, der ihn vor der Niederlage bewahrt. Es sieht so aus, als würde Joey wieder zu sich kommen...
Der Kampf der beiden Göttermonster lässt Kaiba und Yami-Yugi eine Reise in die Zeit des antiken Ägypten machen. Dort sehen sie, wie der alte Pharao und der Hexenmeister sich in einem Kampf gegenüberstehen. Trotz dieser gemeinsamen Vision leugnet Kaiba jeglichen Zusammenhang des gegenwärtigen Duells mit der Vergangenheit. Durch einen geschickten Spielzug von Kaiba, verliert Yugi bei einem Angriff seines Schwarzen Magiers 1500 Lebenspunkte und ist damit in der Defensive
Kaiba und Yugi kämpfen mit ihren ägyptischen Götterkarten einen erbitterten Kampf gegeneinander. Immer wieder gelingt es Yugi seinen Kopf aus der Schlinge zu ziehen. Plötzlich zeigen sich die uralten Kräfte des alten Ägypten. Monitore zerspringen und der Himmel erstrahlt in einem grellen Leuchten.
Durch kluges Taktieren gelingt es Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber bevor er Kaiba damit besiegen kann, bringt dieser Obelisk den Peiniger ins Spiel. Allem Anschein nach ist Obelisk stärker als Slifer ….
Um das Duell zwischen Yugi und sich selbst entsprechend zu würdigen, lässt Kaiba das Halbfinale im Kolosseum stattfinden. Er scheint das Duell zu kontrollieren, mit einem Trick knöpft er Yugi Slifer den Himmelsdrachen ab, aber Yugi erobert ihn wieder zurück.
Marik setzt seine ägyptische Götterkarte transmutiert als Phoenix gegen Joey ein. Da sie null Angriffspunkte besitzt, schadet das zwar Joeys Lebenspunkten überhaupt nicht, aber der Schlag raubt ihm soviel Lebensenergie, dass er trotz aller Willensanstrengung ohnmächtig zusammenbricht. Marik hat das Duell gewonnen. Als nächstes treten Kaiba und Yugi gegeneinander an. Wird es Yugi gelingen aus dem Battle City Turnier als Sieger hervorzugehen? Das Schicksal der Welt hängt von ihm ab.
The Duel between Yusei Fudo and Jack Atlas in the Fortune Cup can begin. During the Duel, Jack remembers what drove him to go to New Domino City with Yusei's old Duel Runner and the "Stardust Dragon" card in the first place.
Im Halbfinalduell Yami-Marik gegen Joey behält Yami-Marik die Oberhand. Er spielt so viele Fallenkarten, dass Joey kaum noch eine Chance hat. Im letzten Moment zieht er Jinzo und vernichtet damit Yami-Mariks Fallenkarten. Joey glaubt sich auf der sicheren Seite, da zieht Yami-Marik Lava Golem. Dafür werden zwei Monster auf Joeys Seite geopfert. Im Gegenzug dazu erhält er Mariks Monsterkarte Lava Golem mit einer Angriffsstärke von 3000 Punkten. Jetzt ist Joey am Zug. Yami-Marik fordert ihn zu einem Angriff heraus. Wo ist der Haken?
Das Duell Yugi gegen Marik beginnt. Wie schon damals gegen Mai, verlegt Marik den Zweikampf ins Reich der Schatten. Jeder der beiden Spieler erhält eine Verbindung zu seinen Monstern. Verlieren die Monster Lebenspunkte, so verliert der Duellant körpereigene Energie. Erst sieht es so aus, als könnte Joey Yami-Marik Paroli bieten, doch dann spielt Yami-Marik eine Karte, die bewirkt, dass Joey bei jedem Zug eine Karte aus seinem Blatt verliert. Fortsetzung folgt.