Fabio Savini wird von einem Zeugen in der Nähe des Brandherdes eines Waldbrandes gesehen. Bei der ersten Vernehmung durch die Polizei gesteht Fabio die Brandstiftung. Doch Don Matteo hat Zweifel und macht sich auf die Suche nach dem wahren Motiv der Tat. Dabei stößt er schon bald auf windige Grundstücksgeschäfte.
Nerino findet bei einem Spaziergang mit Don Matteo im Wald eine versteckte Höhle, die voller wertvoller etruskischer Fundstücke steckt. Die Polizei sperrt den Fundort ab, aber dennoch wird die Höhle in der Nacht geplündert. Der erste Verdacht fällt auf den Schrott und Antiquitätenhändler Eugenio Lanza, in dessen Haus man eine Karte mit der eingezeichneten Höhle findet.
Während des Festumzuges zu Ehren San Giovannis kommt es zu einem gemeinen Zwischenfall. Ein unerkannter Täter lässt den Umzugsteilnehmer Bruno Lippi von einer exotischen, sehr giftigen Schlange beißen. Lippi fällt daraufhin ins Koma und kann nur gerettet werden, wenn sehr schnell ein Gegengift gefunden wird.
Als Sergio ein Motorrad von der Straße bergen will, mit dem seine Freundin kurz zuvor gestürzt ist, wird er von einem Auto angefahren und stirbt. Der Fahrer des Unfallwagens flieht. Sergios Freundin Angela macht sich große Vorwürfe und kommt nur mit Hilfe Don Matteos mit dem Verlust zurecht. Erst nach mehreren Wochen nimmt sie wieder an den Proben des Kirchenorchesters teil.
Maresciallo Cecchini wird eine Falle gestellt. Als er eines Abends einer völlig verstörten Frau zu Hilfe eilt und zu ihr in den Wagen steigt, wird dieser Wagen nach einem anonymen Hinweis von der Polizei angehalten. Es stellt sich heraus, dass die Fahrerin eine Prostituierte ist, der Wagen gestohlen und außerdem noch zum Drogenschmuggel benutzt wurde.
Der berühmte Feinschmecker Renato Rebecchini wird tot neben seinem Wagen gefunden. Er hatte kurz zuvor einen Streit mit den Gebrüdern Bagnetti. Da diese als aggressive Hitzköpfe bekannt sind, geraten sie sofort unter Verdacht. Sogar Don Matteo, den die Brüder um Hilfe bitten, glaubt zunächst nicht an deren Unschuld, da er miterlebt hat, wie sie einen Obdachlosen verprügelt haben.
Der Magier und Wunderheiler Kaspar macht Halt in Gubbio. Dank diverser Wunderheilungen erfährt er großen Zuspruch und scheut sich nicht, die Gunst seiner dankbaren Patienten auszunutzen und diesen ihr Geld abzunehmen. Als Monica Tini zu Don Matteo in die Kirche kommt, die gerade von ihrem Arzt erfahren hat, dass sie unheilbar krank ist, spendet dieser ihr Trost.
Auf dem Klassentreffen von Capitano Anceschi wird der Gastgeber Luigi Chimenti ermordet. Da Capitano Anceschi, der die Leiche findet und mit der Frau des Ermordeten gut befreundet ist, wegen eventueller Befangenheit von den Ermittlungen ausgeschlossen wird, schlägt nun die Stunde des Maresciallo Cecchini, der sich natürlich auf die Hilfe seines Freundes Don Matteo verlassen kann.
Ein junger Fußballspieler stirbt an einer Überdosis Heroin. Fieberhaft versucht die Polizei, die schuldigen Dealer zu finden. Dabei hilft ein anonymer Anruf, der Maresciallo Cecchini in das Tattoostudio der hübschen Marisa Belli führt. Marisa war früher drogenabhängig und ist einschlägig vorbestraft.
Natalina will Don Matteo mit einem Apfelkuchen überraschen. Dazu kauft sie auf dem Markt frische Äpfel. In der Nacht fällt Nerino über den fertigen Kuchen her. Am nächsten Morgen findet die wütende Natalina einen schwerkranken Nerino in seinem Bett. Er kommt mit starken Vergiftungssymptomen ins Krankenhaus.
Ausgerechnet als Capitano Anceschi beruflich in Rom ist, wird bei einer fingierten Kokainübergabe ein Mordanschlag auf einen verdeckt ermittelnden Drogenermittler verübt. Don Matteo kann den schwer verletzten Mann retten, dennoch stellt sich natürlich die Frage, wieso die Tarnung des Polizisten auffliegen konnte. Maresciallo Cecchini weiß nicht, wem er trauen kann. Er bittet Don Matteo um Hilfe.
Der Bauer Augusto ist erbost, denn obwohl seine Tiere krank werden, weil das schmutzige Abwasser von Carlo de Francescos Fabrik sein Land und das Wasser vergiftet, wird Carlo beim Prozess freigesprochen. Wenig später wird De Francesco mit kompromittierenden Bildern erpresst und zeigt das an. Augusto ist der Hauptverdächtige, doch Don Matteo glaubt nicht an dessen Schuld.
Als Don Matteo zu einem Gespräch zum Anwalt Cardarelli fährt findet er die Tür offen vor und hört einen Schuss. Er betritt die Kanzlei und eilt dem getroffenen Anwalt zur Hilfe. Der Mörder ist jedoch noch am Tatort, schlägt Don Matteo hinterrücks nieder und drückt ihm die Tatwaffe in die Hand. Kurz darauf wird Don Matteo mit der Mordwaffe neben der Leiche entdeckt...
Die junge Mutter Christina Piersanti wird im Koma liegend in ihrer Wohnung gefunden. Von ihrem Baby fehlt jede Spur. Die Polizei nimmt Francesco Rinaldi, Christinas Freund, fest. Er hatte am Abend zuvor einen lautstarken Streit mit ihr. Don Matteo, der am Morgen noch mit Francesco gesprochen hatte, glaubt allerdings nicht an seine Schuld und versucht ihm zu helfen.
Annalisa Cotroneo beichtet Don Matteo, dass sie eine Affäre hat. Sie möchte die Beziehung zu ihrem Liebhaber aber beenden und ihre Ehe retten und bittet Don Matteo um Hilfe. Am nächsten Tag wird Annalisa mit einer Rose in der Hand tot aufgefunden. Klar, dass Don Matteo sich einmischt.
Einen Tag bevor die Trüffelsaison beginnt, werden sämtliche Spürhunde in der Region vergiftet. Der Verdacht fällt auf Salvatore Folena, da dessen Hund der einzige noch lebende Trüffelhund ist. Er vertraut Don Matteo an, dass er in der fraglichen Nacht mit seinem Hund schon im Wald gewesen ist und verbotenerweise nach Trüffel gesucht hat. Don Matteo geht dem Geheimnis auf dem Grund.
Don Matteo vertritt den erkrankten Pfarrer der Gefängniskapelle. Er ist kaum dort, da findet man auch schon den Gefangenen Gaetano Serravalle tot in seiner Zelle, offensichtlich ermordet. Unter Verdacht gerät Francesco Pascetti. Don Matteo kommen die Umstände des Mordes verdächtig vor und ermittelt auf eigene Faust.
Don Matteo und Natalina sind nach einer Taufe zur Feier in ein Flüchtlingslager eingeladen. Dort lernen sie die junge Albanerin Anna kennen, die in Schwierigkeiten zu stecken scheint. Anna beichtet Don Matteo, dass sie von einem Bekannten aus Albanien erpresst und auf den Straßenstrich geschickt wird. Für Don Matteo ist klar, dass er Anna unterstützen muss.
Die Gitarristin Gloria Porrini bricht ihr Konzert in Gubbio ab, als sie feststellt, dass mit ihrer Gitarre etwas nicht stimmt. Beim anschließenden Empfang kommt es zum offenen Streit zwischen ihr und dem Gitarrenbauer Rodrigo Ginolfi. Als Ginolfi am nächsten Tag tot in seiner Werkstatt aufgefunden wird, fällt der erste Verdacht natürlich auf Gloria. Bei den Ermittlungen bekommt Capitano Tommasi überraschend Unterstützung von seiner alten Freundin Chiara Brini. Cecchini ist der Meinung, dass Chiara genau die richtige Frau für den Capitano wäre und sorgt mit allerlei romantischen Arrangements für eine Menge Verwirrung.
Bei einer Weinversteigerung im Gasthof „Il Sole“ wird Cassio Volterra tot im Weinkeller gefunden. Die Polizei stellt schnell fest, dass es sich um Mord handelt und nimmt den Gasthofbesitzer Ambrogio fest, der ein Verhältnis zwischen Cassio und seiner Frau Laura vermutete. Unterdessen bricht sich Capitano Tommasi beim Renovieren seiner Wohnung das Bein. Cecchini, der sich für den Unfall verantwortlich fühlt, quartiert ihn daraufhin bei seiner Familie ein.