Eine rechtsradikale Miliz überfällt einen Militärtransport der Army, in dem sie Flugabwehrraketen vermuten. Als sie den Transporter in einer Lagerhalle öffnen, machen sie eine schreckliche Entdeckung: Die Fracht besteht aus einem gefährlichen außerirdischen Lebewesen.
In einem Bergwerk wird das Skelett eines Sauriers freigelegt. Die Biologin Sheila Morrison bringt das Skelett in die Stadt, um es zu untersuchen. Kurz darauf geschehen merkwürdige Dinge: Die Bergarbeiter, die die Knochen fanden, verhalten sich zunehmend aggressiver.
Als der Mond eines Nachts unnatürlich hell scheint, sieht der Physiker Stan einen fürchterlichen Verdacht bestätigt: Die Sonne hat sich in eine Supernova verwandelt. Es bleiben nur noch wenige Stunden, bis die Sonne aufgeht und diese Seite der Erde vernichten wird.
Der Journalist Raymond irrt ohne Orientierung durch die Wildnis. Die Bewohner des einzigen Hauses der Gegend nehmen ihn auf. Dort erfährt er, dass die Welt von einer furchtbaren Katastrophe heimgesucht wurde, doch Raymond kann sich an nichts erinnern.
Ein Raumschiff stürzt auf einem fremden Planeten ab. Der Pilot Chris Lindy kann mit Hilfe eines Notfunkgerätes Kontakt mit einem Raumfahrtzentrum auf der Erde aufnehmen. Dort ist man irritiert: Lindy war Kommandant eines Raumschiffes, das vor zwanzig Jahren spurlos verschwand.
Ellie macht sich Vorwürfe, weil Jack von den Chosen weggebracht wurde. Schließlich war sie es, die ihn dazu angestiftet hat, einen Fluchtweg zu suchen. Tai-San tröstet sie. Gemeinsam mit den anderen versuchen sie, Jack und Lex durch positive Gedanken zu unterstützen. Der Guardian tobt, als er erfährt, dass Trudy den Mallrats heimlich etwas zu essen gegeben hat. Und obwohl Trudy ihm versichert, dass sie das nur getan hat, um ihn und seine Pläne zu unterstützen, nimmt er ihr zur Strafe Brady weg. Die Essensrationen fallen also weg! May und Salene sind so hungrig, dass sie beschließen, das Spiel der Chosen mitzuspielen.
Lex und Ebony suchen vergebens nach Bray. Der Suchtrupp der Chosen hat ihn gefunden und weggebracht. Das erzählt ihnen Pride, der plötzlich aus dem Nichts aufzutauchen scheint. Pride gehört zu einem Stamm, der im Einklang mit der Natur lebt. Er erzählt auch von ihrer Anführerin, die Lex an jemanden aus der Vergangenheit erinnert. In der Zwischenzeit wird Bray dem Guardian vorgeführt. Und auch Trudy setzt ihm zu, sie will Bray unbedingt auf ihre Seite ziehen. Sie behauptet, dass nur die Chosen eine Zukunft hätten. Derweil lässt sich Jack von Ellie überreden, einen Fluchtplan zu entwickeln. Doch die Flucht scheitert.
Der Suchtrupp der Chosen findet Bray und Lex bewegungslos unter ihrem Fluchtfahrzeug am Strand. Deshalb verkünden Luke und seine Leute, dass die beiden verunglückt seien. Trudy besteht darauf, dass sie in die Mall gebracht werden müssen. Als sich daraufhin der Suchtrupp erneut auf den Weg macht, sind Lex und Bray verschwunden. Ebony hat die beiden gefunden und gerettet. Lex hat den Unfall gut überstanden, doch Bray ist verletzt. Er muss gestützt werden und er hat große Schmerzen. Inzwischen ist auch der Suchtrupp wieder hinter ihnen her. Wird ihre Flucht gelingen?
Kiera und Carlos arbeiten an der Freilassung der Geiseln, während die Vereinbarungen zwischen Kellog und Alec auseinanderbricht.
Während Kiera daran arbeitet, einem Studenten zu helfen, der sich mitten in einer Polizeiverschwörung wiederfindet, wird ihre Ansicht des Polizeiverhaltens verändert. Carlos entdeckt unterdessen, dass der Einfluss von Liber8 bis in das VPD reicht. Alec schließt derweil ein Bündnis mit einem unerwarteten Partner.
Nick wird unterwegs auf der Landstraße in einen Autounfall verwickelt. Als er aussteigt und sich einem Mann nähert, der sich gerade vom Boden aufrappelt, traut er seinen Augen kaum: Vor ihm steht sein Bruder Jimmy, der bereits seit einem Jahr tot ist.
Nach dem vermeintlichen Selbstmord von Derek herrscht Trauer unter den verbliebenen Mitgliedern des San Francisco-Hauses. Obwohl seine Leiche nicht gefunden wurde, sind Nick, Rachel und vor allem Franklin Cross sicher, dass er den Sturz von den Klippen nicht überlebt haben kann. Während Alex sich schwere Vorwürfe macht, verliert der angebliche Franklin Cross – in Wirklichkeit Reed Horton – keine Sekunde: Er nimmt Dereks Platz ein und treibt damit seinen teuflischen Plan voran, das Legat zu unterwandern und zu zerschlagen. Das führt zu heftigen Auseinandersetzungen.
Auf der Suche nach Alex, die sich seit einer Woche nicht gemeldet hat, stößt Kristin zufällig auf einen dunklen Punkt in Dereks Vergangenheit. Vor 20 Jahren war er Hauptverdächtiger für den Mord an Archäologie-Professor Reed Horton. Ein Schock für Nick, Rachel und Alex, die ohnehin die Arbeitsweise des Legats ernsthaft in Frage stellt. Ist es möglich, dass der Vorstand des San Francisco-Hauses ein kaltblütiger Mörder ist? Derek verteidigt sich: Horton war einer der besten Agenten des Legats und sein enger Freund, bevor er auf die Seite des Bösen wechselte und acht Menschen tötete. Als er auch Jane Witherspoon, Leiterin des Legats in Boston, ermorden wollte, erschoss Derek ihn – in Notwehr.
Nachdem ein Großteil Amerikas in Trümmern liegt, bereitet sich der Rest der Welt auf einen globalen Hai-Tornado vor. Fin und seine Familie müssen um die Welt reisen, um sie aufzuhalten.
Crichton und seine Crew kehren auf Moya zurück. Sie freuen sich, endlich Aeryn wiederzusehen. Doch die ist an einem Hitzedelirium erkrankt. Es stellt sich heraus, dass die Lukythianer für ihr Leiden verantwortlich sind, da Aeryn ihren Anführer getötet hat. Ein Antiserum wollen sie ihr nur geben, wenn sie ihnen die Namen ihrer Komplizen nennt. Unterdessen haben die Peacekeeper eine Waffe entwickelt, die Leviathane tötet.
Crichton und seine Crew landen auf einem Lava-Planeten. Dort entdecken sie eine Höhle, in der Diebesgut gelagert wird. Beim Versuch, einige der Kostbarkeiten zu stehlen, löst Rygel einen Alarm aus. Er wird von einer sonderbaren Masse umschlossen und der Eingang zur Höhle verriegelt sich. Bald bekommen es die Freunde mit den Eigentümern der Schätze zu tun: Kämpfer mit undurchdringlichen Energieschilden.
Crichton überlebt den Mordanschlag, den Noranti auf ihn verübt hat. D'Argo und Sikozu planen indessen, mit Hilfe von Elack die Peacekeeper-Zerstörer unschädlich zu machen. Sie stürzen Elack auf den Planeten und können tatsächlich zwei der drei Zerstörer außer Gefecht setzen. Nun muss die Crew schnellstens fliehen, denn der Planet wird nicht mehr lange bewohnbar bleiben.
Amber lebt! Bray und Dal sind außer sich – und Amber auch, aber aus unterschiedlichen Gründen. Sie lebt nun ein neues Leben als Eagle – Anführerin des Stammes der Gaian – und hält von Besuchern gar nichts. Vor allem nicht von Besuchern aus der Vergangenheit. Doch sie kann sich nicht wehren, die Erinnerungen stürzen auf sie ein. Auch Bray träumt von der Vergangenheit. Er ist verzweifelt, als Pride ihnen eröffnet, dass sie am nächsten Morgen wieder gehen müssen. Warum will seine große Liebe nicht mal mit ihm reden? Die Situation eskaliert, als Amber Dal zu sich bittet.
Bray ist wütend und irritiert, dass Pride Ambers Ring trägt. Er weiß nicht mehr weiter und traut Pride auch nicht, obwohl dieser ihn gerettet hat. Doch schließlich entschuldigt er sich bei Pride für seinen Ausbruch. Er muss diese geheimnisvolle Eagle kennen lernen und herausfinden, woher sie Ambers Ring hat. So folgen sie Pride zum Lager seines Stamms. Auf dem Weg dorthin finden sie Dal wieder, der sich allein zu Ambers Grab aufgemacht hat – das Grab war leer!
Der Guardian gibt Trudy die Schuld an Brays „Verrat“. Um ihre Treue zu beweisen, will er sie einem teuflischen Test unterziehen. Die Verzweiflung der Mallrats wird immer größer, denn auch Ryan wird fortgebracht. Er muss auf den Feldern der Farm arbeiten, wo ihn Ebony und Lex finden. Ryan berichtet den beiden die Neuigkeiten aus der Mall. Dorthin zurückgekehrt, kann er den anderen ein wenig Hoffnung machen, denn Ebony und Lex wollen ihnen helfen. Kann ihnen das auch wirklich gelingen?