Nach der Zerstörung von "Proxima B" muss die Crew der "Ark One" schwierige Entscheidungen treffen. Soll sie ausgerechnet ihre ärgste Widersacherin Evelyn Maddox um Hilfe bitten?
Beckett, ein Mann aus der Zukunft, reist in die Vergangenheit. Da in seiner Zeit eine tödliche Seuche ausgebrochen ist, hofft er nun, den Überträger stoppen zu können. Er muss eine Frau namens Amy Barrett beseitigen, die sich als Erste mit dem Erreger infiziert hat. Doch bald ändert er seine Meinung. Anstatt Amy zu töten, glaubt Beckett einen Weg gefunden zu haben, wie er die Menschheit retten kann.
Das Leben von Manager Jerry Miller gerät außer Kontrolle. Er ist überarbeitet, seine Frau Brooke fühlt sich vernachlässigt und die Kinder sind unerzogen. Als Jerry einen Werbespot für einen Roboter namens Gideon 4000 sieht, bestellt er die hochgelobte Haushaltskraft. Und tatsächlich entpuppt sich der Roboter als wahre Hilfe. Doch bald bemerkt Jerry, dass Gideon seine Rolle eingenommen hat und die Familie manipuliert.
Nach einem grausamen Krieg mit technologisierten Waffen, wird im Jahr 2076 in Washington ein Anti-Technologie-Gesetz verabschiedet. Etwa zeitgleich macht Dr. Theresa Givens, Erfinderin einer Zeitreisemaschine und zum Tode verurteilt, eine schreckliche Ankündigung. Sie komme aus der Zukunft und sage vorher, dass im Jahr 2105 die gesamte Menschheit durch einen todbringenden Virus ausgelöscht werde.
Trudy hat Schlaftabletten geschluckt. Geweckt von dem weinenden Baby, findet Salene die Schlafende. Sie sieht auch das leere Tablettenglas, doch unternimmt nichts, um Hilfe zu holen. Bray ist es schließlich, der Trudy findet und Alarm schlägt. Gemeinsam mit Dal, Amber und der schuldbewussten Salene gelingt es ihm, Trudy zu retten. Jack ist total entnervt, denn nun kümmert sich Dal ausschließlich um Trudy und nicht mehr um ihr gemeinsames Projekt, die Windmühle.
Crichton hat gelernt, auch durch die Zeit zu reisen. Gemeinsam mit der Moya-Besatzung landet er auf der Erde des Jahres 1985. Bestürzt stellt Crichton fest, dass er dabei den Zeitverlauf verändert hat. Die Crew muss sich deshalb mit unzähligen Merkwürdigkeiten herumschlagen. Crichton versucht, die Zeitlinie zu reparieren. Doch das hat schreckliche Folgen.
Crichton glaubt zu wissen, wo sich das nächste Wurmloch öffnen wird, und macht sich auf die Suche danach. Prompt wird er von dem Loch verschluckt. Im Inneren trifft er auf eine rätselhafte Kreatur. Die offenbart ihm, dass man mit den Wurmlöchern nicht nur im Raum, sondern auch in der Zeit reisen kann. Das allerdings birgt ungeahnte Gefahren.
Der Arzt Tumii kommt an Bord der Moya, um die Crew auf eine gefährliche Weltraumkrankheit zu untersuchen. Während Crichton und seine Freunde in Quarantäne sitzen, teilen sie sich ein Mahl aus sonderbaren außerirdischen Weichtieren. Mit schrecklichen Folgen: Jeweils zwei der Crewmitglieder werden untrennbar miteinander verbunden. Bevor Tumii die Crew heilen kann, fällt er einem Attentat zum Opfer.
Die Moya-Crew landet auf einem abgelegenen Planeten, der in einer Gegend der Galaxie liegt, aus der noch niemand lebend zurückgekehrt ist. Aeryn hat schon nach kurzer Zeit erschreckende Wahnvorstellungen: Sie sieht, wie sie ein Kind schlägt und wenig später einen Mann erschießt. Als Crichton von einem Insekt gebissen wird, fängt er ebenfalls an zu halluzinieren.
Kopfgeldjäger haben es auf Crichton abgesehen. Doch der hält sich mit Scorpius auf Moya versteckt. Gemeinsam versuchen die beiden die Verbrecher unschädlich zu machen. Doch dabei gibt es ein entscheidendes Problem: Die Kopfgeldjäger haben die restliche Moya-Crew geschrumpft und tragen sie in Behältern mit sich herum. Allzu leicht könnten Crichtons Freunde zwischen die Fronten geraten.
Critchon und Chiana sind in einem Videospiel gefangen, das aus den Gedanken des toten John programmiert wurde. Dort müssen die beiden die absurdesten Abenteuer bestehen. Sie treffen dort auf einen melkenden devilianischen Priester und einen Ritter, der Flammen aus seinem Allerwertesten spuckt. Zudem macht ihnen Scorpius als Butler das Leben schwer.
Trudy ist nur noch unausstehlich. Sie gibt Amber deutlich zu verstehen, dass sie sich gefälligst um ihre eigenen Sachen kümmern soll. Amber ist entsetzt über Trudy und Bray, welchen sie für Trudys Zustand verantwortlich macht. Lex zeigt nach wie vor mehr Interesse an Tai-San als an Zandra, was diese auf die Plame bringt. Zudem wundert sich Zandra, warum Salene nichts von Trudys Zustand bemerkt hat, als sie das Baby aus ihrem Zimmer geholt hat.
Trudy hat Schlaftabletten geschluckt. Geweckt von dem weinenden Baby, findet Salene die Schlafende. Sie sieht auch das leere Tablettenglas, doch unternimmt nichts, um Hilfe zu holen. Bray ist es schließlich, der Trudy findet und Alarm schlägt. Gemeinsam mit Dal, Amber und der schuldbewussten Salene gelingt es ihm, Trudy zu retten. Jack ist total entnervt, denn nun kümmert sich Dal ausschließlich um Trudy und nicht mehr um ihr gemeinsames Projekt, die Windmühle.
Agent Jameson Locke (Mike Colter) wird vom Office of Naval Intelligence (ONI) mal wieder auf Menschenjagd geschickt. Diesmal geht es in die weit entfernte Kolonie Sedra, um Terroristen aufzuspüren. Doch während der Mission werden er und sein Team plötzlich mit einer unbekannten und grausamen biologischen Waffe angegriffen. Es bleibt vorerst nur der Rückzug. Um sich neu zu formieren nehmen sie Kontakt zu Commander Randall Aiken (Randall Aiken) auf. Der hat eine bemerkenswerte Vergangenheit aufzuweisen, hegt aber auch ein tiefes Misstrauen gegenüber ONI, der mächtigsten und geheimsten Militärorganisation auf der Erde. Als sie eine Verschwörung aufdecken, die mit einem teuflischen und uralten Artefakt zu tun hat, müssen sie gemeinsam um ihr Überleben kämpfen und alles in Frage stellen, woran sie bisher geglaubt haben.
Die Besatzungsmitglieder der beiden "Ark"- Raumschiffe stehen vor einer folgenschweren Entscheidung: Arbeiten sie zusammen oder wollen sie gemeinsam untergehen? Und wer kann wem vertrauen?
Die Rettungsmission von Garnet ist weiterhin in vollem Gange. Damit die riskante Befreiung der Besatzungsmitglieder gelingt, muss sich die Crew der "Ark One" in ihren Rivalen hineinversetzen.
Nach einem grausamen Krieg mit technologisierten Waffen, wird im Jahr 2076 in Washington ein Anti-Technologie-Gesetz verabschiedet. Etwa zeitgleich macht Dr. Theresa Givens, Erfinderin einer Zeitreisemaschine und zum Tode verurteilt, eine schreckliche Ankündigung. Sie komme aus der Zukunft und sage vorher, dass im Jahr 2105 die gesamte Menschheit durch einen todbringenden Virus ausgelöscht werde.
In einem entlegenen Labor in der Arktis kommen drei Forscher mysteriös ums Leben. Gerichtspsychologe Jack Burrel will die Todesursache feststellen. Schon bald erkennt er an den verbliebenen Forschern eine Psychose, die durch große Käferschwärme ausgelöst wird. Die Insekten nisten sich im menschlichen Körper ein und vermehren sich dort rapide. Einzig Robby Archer, Leiter der Forschungsgruppe, scheint immun gegen die Tiere zu sein.
Big Brother in der Zukunft: Alle Menschen können anhand eines Computerchips jederzeit von der Regierung kontrolliert werden. Kaum jemand lehnt sich dagegen auf. Einer der wenigen Rebellen heißt Zig Fowler. Er fingiert seinen Tod und dringt unter dem Namen Cliff Unger in die obersten Kreise vor. Dort macht er die Bekanntschaft eines wichtigen Regierungsbeamten und lässt sich schließlich als Agent in eine Gruppe von Widerständlern einschleusen.
Amber erwacht mitten in der Nacht und findet Lex im Käfig eingeschlossen. Sie alarmiert sofort die Tribe – Ebony ist geflohen und es findet sich keine Spur von ihr in der Mall. Zandra verlangt eine Erklärung von Lex, welche diesem sichtlich schwer fällt. Deshalb vertröstet er Zandra, schließlich hat er eine wichtige Sicherheitsoperation vorzubereiten! Trudy hat ganz andere Sorgen, sie kann sich ein Leben ohne Bray einfach nicht vorstellen …