Shredder confie à Tiger Claw la mission de détruire les tortues. Karai doit leur tendre un piège. Elle réussit à convaincre April qu'elle est du côté des tortues.
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Les tortues percutent le vaisseau des Salamandres et atterrissent en catastrophe sur une planète recouverte de glace de méthane. Elles doivent de toute urgence récupérer de l'irrilium pour réparer leur vaisseau.
Les tortues ont embarqué pour un voyage sidéral sur le vaisseau du Fugitoïde. Elles partent à la recherche du vaisseau amiral des Tricératons après un bond Tachyonique qui leur a permis de changer d'époque.
Les tortues et tous leurs alliés (Slash et les mutanimaux, Mondo Gecko, Muckman) tentent d'empêcher les Tricératons d'activer le générateur de trou noir et d'aspirer la Terre. En vain. Le capitaine Mozar kidnappe Mikey et l'emmène dans l'espace.
Les tortues rencontrent le mystérieux Bishop, qui signe ses messages d'une pièce d'échecs (le fou, pour Bishop). Il leur apprend que la Terre est doublement menacée par les Krangs qui ont enfin réparé leur Technodrome.
La légende urbaine de l'homme-dinosaure, sur laquelle enquêtait Kurtzman, rattrape Doc Rockwell et Slash dans les égouts de New York. Ces derniers sont mis K.O. par une créature étrange, et Raphaël est appelé à la rescousse pour la neutraliser.
À l'aide des Mascottes de Baxter Stockman, Karaï parvient à attirer les tortues une à une. Elle veut ainsi pousser Splinter à l'affronter en duel. Mais son plan machiavélique ne s'arrête pas là...
Mikey fait l'idiot dans le labo de Donnie, qui travaille sur un nouveau sérum anti-parasite destiné à Karaï. À force de jouer, il fait tomber des flacons d'une étagère au contenu dangereux et renverse le sérum sur Donnie, mais pas seulement.
Après plusieurs tentatives ratées et une entorse au pied, les tortues réussissent à s'introduire dans le labo de Stockman la mouche et dérober un parasite du cerveau. Le but : permettre à Donnie d'inverser le processus et de sauver Karaï.
Les quatre frères poursuivent leur voyage dans le temps et se retrouvent au Japon, dans un passé pas si lointain. Aucune trace de Reinette. Par contre, ils sont cernés par des ninjas du clan Hamato.
Leo et ses frères font une étrange rencontre, venue du futur. La jeune et belle Reinette est poursuivie par un horrible démon mutant du nom de Savanti Romero. Celui-ci veut lui subtiliser le Sceptre du Temps.
Stockman mouche a rendu sa forme humaine à Karaï. Il lui enfonce un parasite dans l'oreille, qui conditionne son cerveau à obéir aux ordres de Shredder sans discuter.
Casey et Mikey font du skate et rencontrent un nouveau mutant, Jason, qui est devenu un gecko.
Shredder et Stockman la mouche tiennent enfin la substance indispensable pour mettre au point leur formule de contrôle de la pensée.
Shredder envoie Rocksteady et Bebop récupérer des produits chimiques pour mettre au point un sérum de manipulation mentale pour Karaï.
Casey Jones garde une dent contre les tortues, pour ne pas avoir été du voyage dans la Dimension X. Il aura à cœur de démontrer que la ville de New York peut compter sur lui comme justicier.
Les tortues n'ont toujours pas retrouvé Karaï. L'inquiétude atteint son paroxysme lorsque Splinter leur annonce que l'invasion des Krangs est imminente. Dans la ville, April et Irma sont poursuivies par des Footbots.
En voulant trouver une source d'énergie pour sa Tortue Mécha, Donnie ouvre un portail vers la dimension X. Il capte alors un message de Leatherhead, qui est prisonnier des Krangs. Celui-ci l'informe que les Krangs ont perfectionné le mutagène.
Pendant qu'ils cherchent Karaï, les tortues croisent les Dragons Pourpres qui paraissent beaucoup plus forts qu'à l'accoutumée. En effet, un mystérieux esprit sorti d'une dague les a dotés de pouvoirs. L'un maîtrise la foudre l'autre, le tonnerre.
Karai est enfermée dans les prisons de Shredder. Les tortues la font évader et la ramènent au repaire. Splinter lui explique l'histoire de la guerre entre le Clan des Foot et la famille Hamato.
Les Krangs testent une nouvelle machine pour envahir la Terre, qui consiste à permuter les cerveaux. Ils pourront ainsi manœuvrer les leaders terriens et parvenir à leurs fins.
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