Trong phần phim này, Haibara trở thành mục tiêu hàng đầu của Tổ chức, và cô phải đối mặt với những nhân vật nguy hiểm như Vermouth và Bourbon (Amuro Tooru). Đây là một trong những cuộc đối đầu kịch tính và đầy thách thức nhất của Haibara, buộc cô phải thể hiện sự thông minh và dũng cảm để bảo vệ bản thân và những người bạn.