Câu chuyện bắt đầu khi Conan Edogawa (Shinichi Kudo bị teo nhỏ) bị trượt chân và đập đầu vào đá trong lúc đang thư giãn tại một nhà tắm công cộng. Khi tỉnh lại, cậu bất ngờ bị mất trí nhớ hoàn toàn, không thể nhớ mình là ai hay mình đến từ đâu. Trong trạng thái hoang mang, Conan vô tình vướng vào một âm mưu của một tổ chức sát thủ và những tên cướp nhà băng. Cậu bị nhầm lẫn với một trong số chúng và bị cuốn vào những tình huống dở khóc dở cười, nguy hiểm cận kề. Trong khi đó, nhóm Thám tử nhí, Ran Mori và Kogoro Mori đang vô cùng lo lắng và tìm kiếm Conan mất tích khắp nơi.