Sau các sự kiện của phần phim trước, Milo Thatch và công chúa Kida Nedakh giờ đây đã kết hôn và đang sống yên bình ở thành phố Atlantis dưới đáy biển. Tuy nhiên, sự bình yên này không kéo dài. Một loạt các sự cố kỳ lạ xảy ra trên bề mặt Trái Đất, nơi những sinh vật khổng lồ được gọi là "Kraken" đang gây hỗn loạn. Thuyền trưởng Rourke (người đã chết ở phần một) và đội thám hiểm cũ của Atlantis được triệu tập để điều tra. Milo và Kida quyết định tham gia nhiệm vụ này, mang theo công nghệ pha lê độc đáo của Atlantis.