快傑黒頭巾が乗り込んだ長崎は、三百年近くに渡り頑くなに鎖国を守り続けていた徳川幕府が、外回船の出入りを許していた唯一の港であり、それだけに勤王佐幕と風雲急を告げる幕末には、ここを舞台とする数々の陰謀が渦巻いていた・・・。
